Proizvodi

Evoluciona genetika

Evoluciona genetika je prepuna usluga sekvenciranja dizajnirana za pružanje sveobuhvatnog tumačenja evolucionih informacija datih materijala na osnovu genetskih varijacija, uključujući SNP, InDels, SV i CNV.Pruža sve fundamentalne analize potrebne za opisivanje evolucijskih promjena i genetskih karakteristika populacija, kao što su struktura populacije, genetska raznolikost, filogenski odnosi, itd. Takođe sadrži studije o protoku gena, koje omogućavaju procjenu efektivne veličine populacije, vremena divergencije.

Kontaktiraj nas

Detalji usluge

Demo Results

Studija slučaja

Prednosti usluge

Takagi et al.,Biljni časopis, 2013

● Procjena vremena i brzine divergencije vrsta na osnovu varijacija na nivou nukleotida i aminokiselina
● Otkrivanje pouzdanije filogenetske veze između vrsta sa minimiziranim uticajem konvergentne evolucije i paralelne evolucije
● Izgradnja veza između genetskih promjena i fenotipova kako bi se otkrili geni povezani sa osobinama
● Procjena genetske raznolikosti, koja odražava evolucijski potencijal vrsta
● Brže vrijeme obrade
● Veliko iskustvo: BMK je akumulirao ogromno iskustvo u projektima vezanim za populaciju i evoluciju više od 12 godina, pokrivajući stotine vrsta, itd. i doprinio je u preko 80 projekata visokog nivoa objavljenih u Nature Communications, Molecular Plants, Plant Biotechnology Journal, itd.

Specifikacije usluge

Materijali:

Obično se preporučuju najmanje tri podpopulacije (npr. podvrste ili sojevi).Svaka podpopulacija treba da sadrži najmanje 10 jedinki (biljke ＞15, može se smanjiti za rijetke vrste).

Strategija sekvenciranja:

* WGS se može koristiti za vrste sa visokokvalitetnim referentnim genomom, dok je SLAF-Seq primjenjiv na vrste sa ili bez referentnog genoma, ili referentni genom lošeg kvaliteta.

Primjenjivo na veličinu genoma	WGS	SLAF-Tags (×10.000)
≤ 500 Mb	10×/pojedinačno	WGS se više preporučuje
500 Mb - 1 Gb		10
1 Gb - 2 Gb		20
≥2 Gb		30

Bioinformatičke analize

● Evoluciona analiza

● Selektivni pregled

● Protok gena

● Demografska istorija

● Vrijeme divergencije

Zahtjevi za uzorke i dostava

Uzorci zahtjeva:

Vrste	Tkivo	WGS-NGS	SLAF
Životinja	Visceralno tkivo	0,5~1g	0,5g
	Mišićno tkivo
	Krv sisara	1.5mL	1.5mL
	Krv peradi/ribe
Plant	Fresh Leaf	1~2g	0,5~1g
	Petal/Stem
	Korijen/Sjeme
Ćelije	Kulturna ćelija

gDNK

Koncentracija
(ng/ul)

Iznos

(ug)

OD260/OD280

SLAF

≥35

≥1.6

1.6-2.5

WGS-NGS

≥1

≥0,1

Tok rada usluge

Dizajn eksperimenta

Isporuka uzorka

Izgradnja biblioteke

Sekvenciranje

Analiza podataka

Usluge nakon prodaje

Prethodno: Bulked Segregant analiza

Sljedeći: Metabolomics

*Ovdje prikazani demo rezultati su svi iz genoma objavljenih sa BMKGENE

1.Evoluciona analiza sadrži konstrukciju filogenetskog stabla, strukture populacije i PCA na osnovu genetskih varijacija.

Filogenetsko stablo predstavlja taksonomske i evolucijske odnose među vrstama sa zajedničkim pretkom.
PCA ima za cilj vizualizaciju bliskosti između podpopulacija.
Struktura populacije pokazuje prisustvo genetski različite subpopulacije u smislu frekvencije alela.

3-1 Filogenetsko stablo 3-2PCA 3-3 Struktura stanovništva

Chen, et.al.,PNAS, 2020

2.Selektivni pregled

Selektivni pregled se odnosi na proces kojim se odabire povoljna lokacija i povećava se učestalost povezanih neutralnih lokacija, a smanjuje one nepovezanih, što rezultira smanjenjem regionalnih.

Detekcija u cijelom genomu na regijama selektivnog pregleda se obrađuje izračunavanjem populacijskog genetskog indeksa (π，Fst, Tajimov D) svih SNP-ova unutar kliznog prozora (100 Kb) u određenom koraku (10 Kb).

Nukleotidna raznolikost (π)
4Nukleotidna raznolikost (π)

Tajima D
5Tajima's-D

Indeks fiksacije (Fst)

6Indeks fiksacije (Fst)

Wu, et.al.,Molecular Plant, 2018

3.Gene Flow

7Gene-flow

Wu, et.al.,Molecular Plant, 2018

4.Demografska istorija

8Demografska istorija

Zhang, et.al.,Ekologija i evolucija prirode, 2021

5. Vrijeme divergencije

9Vrijeme divergencije

Zhang, et.al.,Ekologija i evolucija prirode, 2021

BMK Case

Mapa genomskih varijacija pruža uvid u genetsku osnovu selekcije proljetnog kineskog kupusa (Brassica rapa ssp. Pekinensis)

Objavljeno: Molecular Plant, 2018

Strategija sekvenciranja:

Ponovno sekvenciranje: dubina sekvenciranja: 10×

Ključni rezultati

U ovoj studiji, 194 kineskog kupusa su obrađena za ponovno sekvenciranje sa prosječnom dubinom od 10×, što je dalo 1,208,499 SNP-a i 416,070 InDels.Filogenetska analiza ovih 194 linije pokazala je da se ove linije mogu podijeliti na tri ekotipa, proljetni, ljetni i jesenski.Pored toga, struktura populacije i PCA analiza pokazuju da je proljetni kineski kupus nastao od jesenskog kupusa u Shandongu, Kina.Oni su naknadno uvedeni u Koreju i Japan, ukršteni su s lokalnim linijama, a neke od kasnijih sorti uvedene su nazad u Kinu i konačno su postale proljetni kineski kupus.

Skeniranje u cijelom genomu na proljetnom kineskom kupusu i jesenjem kupusu na selekciji otkrilo je 23 genomska lokusa koji su prošli kroz snažnu selekciju, od kojih su dva bila preklapana s regijom kontrole vremena zatvaranja na osnovu QTL-mapiranja.Utvrđeno je da ova dva regiona sadrže ključne gene koji regulišu cvetanje, BrVIN3.1 i BrFLC1.Studija transkriptoma i transgenični eksperimenti su dodatno potvrdili da su ova dva gena uključena u vrijeme zatvaranja.

PB-puna-length-RNA-Sequencing-case-study

Analiza strukture populacije na kineskom kupusu

PB-RNA-puna dužina-alternativno spajanje

Genetske informacije o selekciji kineskog kupusa

Referenca

Tongbing, et al.“Mapa genomskih varijacija pruža uvid u genetsku osnovu selekcije proljetnog kineskog kupusa (Brassica rapa ssp.pekinensis).”molekularne biljke,11(2018):1360-1376.