● Sa velikim iskustvom: Preko 200.000 uzoraka je obrađeno u BMK-u koji pokrivaju različite tipove uzoraka, uključujući kulturu ćelija, tkivo, telesnu tečnost, itd. i preko 7.000 mRNA-Seq projekata zatvorenih koji pokrivaju različite oblasti istraživanja.
● Strogi sistem kontrole kvaliteta: Osnovne tačke kontrole kvaliteta kroz sve korake, uključujući pripremu uzoraka, pripremu biblioteke, sekvenciranje i bioinformatiku su pod pomnim nadzorom kako bi se pružili rezultati visokog kvaliteta.
● Više dostupnih baza podataka za anotaciju funkcija i studije obogaćivanja radi ispunjavanja različitih istraživačkih ciljeva.
● Usluge nakon prodaje: Usluge nakon prodaje koje vrijede 3 mjeseca po završetku projekta, uključujući praćenje projekta, rješavanje problema, pitanja i odgovore o rezultatima, itd.
Biblioteka | Strategija sekvenciranja | Podaci se preporučuju | Kontrola kvaliteta |
Poly A obogaćen | Illumina PE150 | 6 Gb | Q30≥85% |
nukleotidi:
Konc. (ng/μl) | Količina (μg) | Čistoća | Integritet |
≥ 20 | ≥ 0,5 | OD260/280=1,7-2,5 OD260/230=0,5-2,5 Ograničena ili nikakva kontaminacija proteina ili DNK prikazana na gelu. | Za biljke: RIN≥6,5; Za životinje: RIN≥7,0; 5.0≥28S/18S≥1.0; ograničeno ili nikakvo podizanje osnovne linije |
Tkivo: Težina (suvo):≥1 g
*Za tkivo manje od 5 mg, preporučujemo da pošaljete fleš zamrznut (u tečnom azotu) uzorak tkiva.
ćelijska suspenzija:Broj ćelija = 3×106- 1×107
*Preporučujemo slanje zamrznutog ćelijskog lizata.U slučaju da ta ćelija broji manji od 5×105.
Uzorci krvi:Volumen≥1 ml
mikroorganizam:Masa ≥ 1 g
Spremnik: epruveta za centrifugiranje od 2 ml (ne preporučuje se limena folija)
Označavanje uzorka: Grupa+replikacija npr. A1, A2, A3;B1, B2, B3... ...
pošiljka:
Bioinformatika
Eukariotski tok rada analize sekvenciranja mRNA
Bioinformatika
ØKontrola kvaliteta sirovih podataka
ØReferentno poravnanje genoma
ØAnaliza strukture transkripta
ØKvantifikacija izraza
ØAnaliza diferencijalnog izraza
ØAnotacija i obogaćivanje funkcija
1.Kriva zasićenja podataka mRNA
2.Analiza diferencijalne ekspresije-Vulkanski dijagram
3.KEGG napomena na DEG
4.GO klasifikacija na DEG