16S/18S/ITS Amplicon Sequencing-PacBio
Prednosti usluge
● Dugo čitanje otkriva sekvencu pune dužine 16S/18S/ITS
● Veoma precizno pozivanje baze sa PacBio CCS režimom sekvenciranja
● Rezolucija na nivou vrste u OTU/ASV napomeni
● Najnoviji QIIME2 tok analize sa različitim analizama u smislu baze podataka, napomena, OTU/ASV.
● Primjenjivo na različite studije mikrobne zajednice
● BMK posjeduje veliko iskustvo sa preko 100.000 uzoraka godišnje, pokrivajući tlo, vodu, gas, mulj, izmet, crijeva, kožu, fermentacijsku juhu, insekte, biljke, itd.
● BMKCloud olakšava tumačenje podataka koji sadrži 45 personalizovanih alata za analizu
Specifikacije usluge
| SekvenciranjePlatforma | Biblioteka | Preporučeni podaci | Turnaround Time |
| PacBio nastavak II | SMRT-zvono | 5K/10K/20K oznake | 44 radnih dana |
Bioinformatičke analize
● Kontrola kvaliteta sirovih podataka
● OTU grupisanje/uklanjanje buke (ASV)
● OTU napomena
● Alfa raznolikost
● Beta raznolikost
● Međugrupna analiza
● Analiza povezanosti sa eksperimentalnim faktorima
● Predviđanje funkcije gena
Zahtjevi za uzorke i dostava
Uzorci zahtjeva:
ZaDNK ekstrakti:
| Tip uzorka | Iznos | Koncentracija | Čistoća |
| DNK ekstrakti | ＞ 1 μg | > 20 ng/μl | OD260/280= 1,6-2,5 |
Za uzorke životne sredine:
| Tip uzorka | Preporučeni postupak uzorkovanja |
| Zemlja | Količina uzorkovanja: cca.5 g;Preostalu osušenu tvar potrebno je ukloniti s površine;Samljeti velike komade i proći kroz filter od 2 mm;Alikvotni uzorci u sterilnoj EP-epruveti ili cirotubi za rezervaciju. |
| Feces | Količina uzorkovanja: cca.5 g;Sakupite i alikvotne uzorke u sterilnu EP-epruvetu ili krioepruvetu za rezervaciju. |
| Crijevni sadržaj | Uzorke je potrebno obraditi u aseptičnim uslovima.Oprati prikupljeno tkivo sa PBS;Centrifugirajte PBS i sakupite talog u EP-epruvete. |
| Mulj | Količina uzorkovanja: cca.5 g;Sakupite i alikvotni uzorak mulja u sterilnu EP-epruvetu ili krioepruvetu za rezervaciju |
| Vodeno tijelo | Za uzorak sa ograničenom količinom mikroba, kao što je voda iz slavine, voda iz bunara, itd., Sakupite najmanje 1 L vode i prođite kroz filter od 0,22 μm kako biste obogatili mikrobi na membrani.Čuvajte membranu u sterilnoj epruveti. |
| Skin | Pažljivo ostružite površinu kože sterilnim pamučnim štapićem ili hirurškom oštricom i stavite je u sterilnu epruvetu. |
Preporučena dostava uzorka
Zamrznite uzorke u tečnom azotu na 3-4 sata i čuvajte u tečnom azotu ili -80 stepeni na dugotrajnu rezervaciju.Potrebna je otprema uzorka sa suhim ledom.
Tok rada usluge
Isporuka uzorka
Izgradnja biblioteke
Sekvenciranje
Analiza podataka
Usluge nakon prodaje
1. Stopa anotacije profiliranja mikrobne zajednice zasnovane na V3+V4(Illumina) u odnosu na profiliranje zasnovano na punoj dužini (PacBio).
(Za statistiku su aplicirani podaci od 30 nasumično odabranih projekata)
2. Stopa anotacije sekvenciranja amplikona pune dužine na nivou vrste u različitim tipovima uzoraka
3. Distribucija vrsta
4. Filogenetsko stablo
BMK Case
Izloženost arsenu izaziva oštećenje crijevne barijere i posljedičnu aktivaciju osovine crijevo-jetra što dovodi do upale i piroptoze jetre kod pataka
Objavljeno:Nauka o totalnom okruženju,2021
Strategija sekvenciranja:
Uzorci: Kontrola naspram 8 mg/kg izložene ATO grupe
Prinos podataka sekvenciranja: ukupno 102,583 sirovih CCS sekvenci
Kontrola: 54,518 ± 747 efektivnih CCS
Izloženo ATO: 45,050 ± 1675 efektivnih CCS
Ključni rezultati
Alfa raznolikost:Izloženost ATO značajno je izmijenila bogatstvo crijevnih mikroba i raznolikost u pataka.
Analiza metastata:
Na nivou tipa: 2 bakterijska fila otkrivena samo u kontrolnim grupama
Na nivou roda: pronađeno je 6 rodova značajno različitih u relativnoj brojnosti
Na nivou vrsta: identificirano je ukupno 36 vrsta, od kojih se 6 značajno razlikuju u relativnoj brojnosti
Referenca
Thingholm, LB, et al.“Gojazni pojedinci sa i bez dijabetesa tipa 2 pokazuju različite funkcionalne kapacitete i sastav crijevnih mikroba.”Cell Host & Microbe26.2 (2019).
