BMKCloud Log in
条形banner-03

Proizvodi

16S/18S/ITS Amplicon Sequencing-NGS

16S/18S/ITS sekvencioniranje amplikona ima za cilj otkrivanje filogenije, taksonomije i obilja vrsta u mikrobnoj zajednici istraživanjem PCR proizvoda kućnih genetskih markera koji sadrže i visoko konverzirane i hipervarijabilne dijelove.Uvođenje ovih savršenih molekularnih otisaka prstiju od strane Woesesa et al, (1977) omogućava profiliranje mikrobioma bez izolacije.Sekvenciranje 16S (bakterije), 18S (gljive) i internog transkribovanog razmaknice (ITS, gljive) omogućava identifikaciju kako rasprostranjenih vrsta, tako i retkih i neidentifikovanih vrsta.Ova tehnologija je postala široko primijenjeno i glavno sredstvo u identifikaciji različitog mikrobnog sastava u različitim sredinama, kao što su ljudska usta, crijeva, izmet itd.

Platforma:Illumina NovaSeq platforma


Detalji usluge

Demo Results

Studija slučaja

Prednosti usluge

● Brza identifikacija mikrobnog sastava u uzorcima životne sredine bez izolacije

● Visoka rezolucija u komponentama sa malom količinom u uzorcima životne sredine

● Najnoviji QIIME2 tok analize sa različitim analizama u smislu baze podataka, napomena, OTU/ASV.

● Visoka propusnost, veća preciznost

● Primjenjivo na različite studije mikrobne zajednice

● BMK posjeduje veliko iskustvo sa preko 100.000 uzoraka godišnje, pokrivajući tlo, vodu, gas, mulj, izmet, crijeva, kožu, fermentacijsku juhu, insekte, biljke, itd.

● BMKCloud olakšava tumačenje podataka koji sadrži 45 personalizovanih alata za analizu

Specifikacije usluge

SekvenciranjePlatforma

Biblioteka

Preporučeni prinos podataka

Procijenjeno vrijeme obrade

Illumina NovaSeq platforma

PE250

50K/100K/300K oznake

30 dana

Bioinformatičke analize

● Kontrola kvaliteta sirovih podataka

● OTU grupisanje/uklanjanje buke (ASV)

● OTU napomena

● Alfa raznolikost

● Beta raznolikost

● Međugrupna analiza

● Analiza povezanosti sa eksperimentalnim faktorima

● Predviđanje funkcije gena

16S

Zahtjevi za uzorke i dostava

Uzorci zahtjeva:

ZaDNK ekstrakti:

Tip uzorka

Iznos

Koncentracija

Čistoća

DNK ekstrakti

> 30 ng

> 1 ng/μl

OD260/280= 1,6-2,5

Za uzorke životne sredine:

Tip uzorka

Preporučeni postupak uzorkovanja

Zemlja

Količina uzorkovanja: cca.5 g;Preostalu osušenu tvar potrebno je ukloniti s površine;Samljeti velike komade i proći kroz filter od 2 mm;Alikvotni uzorci u sterilnoj EP-epruveti ili cirotubi za rezervaciju.

Feces

Količina uzorkovanja: cca.5 g;Sakupite i alikvotne uzorke u sterilnu EP-epruvetu ili krioepruvetu za rezervaciju.

Crijevni sadržaj

Uzorke je potrebno obraditi u aseptičnim uslovima.Oprati prikupljeno tkivo sa PBS;Centrifugirajte PBS i sakupite talog u EP-epruvete.

Mulj

Količina uzorkovanja: cca.5 g;Sakupite i alikvotni uzorak mulja u sterilnu EP-epruvetu ili krioepruvetu za rezervaciju

Vodeno tijelo

Za uzorak sa ograničenom količinom mikroba, kao što je voda iz slavine, voda iz bunara, itd., Sakupite najmanje 1 L vode i prođite kroz filter od 0,22 μm kako biste obogatili mikrobi na membrani.Čuvajte membranu u sterilnoj epruveti.

Skin

Pažljivo ostružite površinu kože sterilnim pamučnim štapićem ili hirurškom oštricom i stavite je u sterilnu epruvetu.

Preporučena dostava uzorka

Zamrznite uzorke u tečnom azotu na 3-4 sata i čuvajte u tečnom azotu ili -80 stepeni na dugotrajnu rezervaciju.Potrebna je otprema uzorka sa suhim ledom.

Tok rada usluge

dostava uzorka

Isporuka uzorka

Library Preparation

Izgradnja biblioteke

Sekvenciranje

Sekvenciranje

Analiza podataka

Analiza podataka

Usluge nakon prodaje

Usluge nakon prodaje


  • Prethodno:
  • Sljedeći:

  • 1. Distribucija vrsta

    3

    2. Toplotna karta: Grupiranje bogatstva vrsta

    4

    3. Rijetka frakcija krivulje

    5

    4.NMDS analiza

    6

    5.Lefse analiza

    7

     

     

     

    BMK Case

    Pretile osobe sa i bez dijabetesa tipa 2 pokazuju različite funkcionalne kapacitete i sastav crijevnih mikroba

    Objavljeno:Cell Host & Microbe, 2019

    Strategija sekvenciranja:

    Mršavi nedijabetes (n=633);gojazni nedijabetes (n=494);Debeli dijabetes tipa 2 (n=153);
    Ciljna regija: 16S rDNA V1-V2
    Platforma: Illumina Miseq (sekvenciranje amplikona zasnovano na NGS)
    Podskup DNK ekstrakata je podvrgnut metagenomskom sekvenciranju na Illumina Hiseq

    Ključni rezultati

    Mikrobni profili ovih metaboličkih bolesti su uspješno diferencirani.
    Poređenjem mikrobnih karakteristika generisanih sekvenciranjem 16S, utvrđeno je da je gojaznost povezana sa promenama u mikrobnom sastavu, individualnim karakteristikama, posebno značajno smanjenjem Akkermansia, Faecalibacterium, Oscillibacter, Alistipes, itd. Pored toga, T2D je pronađen povezan sa povećanjem Escherichia/shigella .

    Referenca

    Thingholm, LB, et al.“Gojazni pojedinci sa i bez dijabetesa tipa 2 pokazuju različite funkcionalne kapacitete i sastav crijevnih mikroba.”Cell Host & Microbe26.2 (2019).

     

    dobiti citat

    Napišite svoju poruku ovdje i pošaljite nam je

    Pošaljite nam svoju poruku: