10x Genomics Visium prostorni transkriptom
Karakteristike
● Rezolucija: 100 µM
● Prečnik tačke: 55 µM
● Broj spotova: 4992
● Površina snimanja: 6,5 x 6,5 mm
● Svaka tačka sa bar kodom je puna prajmera koji se sastoji od 4 sekcije:
- poli(dT) rep za mRNA prajming i cDNK sintezu
- Jedinstveni molekularni identifikator (UMI) za ispravljanje pristranosti pojačanja
- Prostorni bar kod
- Sekvenca vezivanja parcijalnog čitanja 1 sekvencijskog prajmera
● H&E bojenje preseka
Prednosti
●Usluga na jednom mestu: integriše sve korake zasnovane na iskustvu i vještini, uključujući krio-sekciju, bojenje, optimizaciju tkiva, prostorno barkodiranje, pripremu biblioteke, sekvenciranje i bioinformatiku.
● Visoko obučen tehnički tim: sa iskustvom u preko 250 vrsta tkiva i 100+ vrsta uključujući ljude, miševe, sisare, ribe i biljke.
●Ažuriranje cijelog projekta u realnom vremenu: sa potpunom kontrolom napretka eksperimenta.
●Sveobuhvatna standardna bioinformatika:Paket uključuje 29 analiza i 100+ visokokvalitetnih brojki.
●Prilagođena analiza i vizualizacija podataka: dostupno za različite zahtjeve istraživanja.
●Opciona zajednička analiza sa sekvenciranjem jednoćelijske mRNA
Specifikacije
| Zahtjevi za uzorke | Biblioteka | Strategija sekvenciranja | Podaci se preporučuju | Kontrola kvaliteta |
| Krio uzorci ugrađeni u OCT, FFPE uzorci (Optimalni prečnik: cca. 6x6x6 mm3) 3 bloka po uzorku | 10X Visium cDNK biblioteka | Illumina PE150 | 50K PE očitavanja po tački (60Gb) | RIN>7 |
Za više detalja o smjernicama za pripremu uzoraka i toku rada usluge, slobodno razgovarajte sa aBMKGENE ekspert
Service Workflow
U fazi pripreme uzorka, početno ispitivanje ekstrakcije RNK vrši se kako bi se osiguralo da se može dobiti visokokvalitetna RNK.U fazi optimizacije tkiva sekcije se boje i vizualiziraju, a uvjeti permeabilizacije za oslobađanje mRNA iz tkiva su optimizirani.Optimizovani protokol se zatim primenjuje tokom izgradnje biblioteke, nakon čega sledi sekvenciranje i analiza podataka.
Kompletan radni tok usluge uključuje ažuriranja u realnom vremenu i potvrde klijenata kako bi se održala petlja povratnih informacija koja je odgovorna, osiguravajući nesmetano izvođenje projekta.
Uključuje sljedeću analizu:
Kontrola kvaliteta podataka:
o Izlaz podataka i distribucija rezultata kvaliteta
o Detekcija gena po tački
o Pokrivenost tkiva
Analiza unutrašnjeg uzorka:
o Bogatstvo gena
o Spot grupiranje, uključujući analizu smanjene dimenzije
o Analiza diferencijalne ekspresije između klastera: identifikacija markerskih gena
o Funkcionalno označavanje i obogaćivanje markerskih gena
Međugrupna analiza
o Rekombinacija mrlja iz oba uzorka (npr. oboljelih i kontrolnih) i ponovno grupiranje
o Identifikacija markerskih gena za svaki klaster
o Funkcionalno označavanje i obogaćivanje markerskih gena
o Diferencijalni izraz istog klastera između grupa
Analiza unutrašnjeg uzorka
Spot clustering
Identifikacija markerskih gena i prostorna distribucija
Međugrupna analiza
Kombinacija podataka iz obje grupe i ponovno grupiranje
Markerski geni novih klastera
Istražite napredak koji je omogućio BMKGene-ov servis prostorne transkriptomike od strane 10X Visiuma u ovim istaknutim publikacijama:
Chen, D. et al.(2023) 'mthl1, potencijalni homolog Drosophile adhezionih GPCR-a kod sisara, uključen je u antitumorske reakcije na ubrizgane onkogene ćelije kod muva', Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America, 120(30), str.e2303462120.doi: /10.1073/pnas.2303462120
Chen, Y. et al.(2023) 'STEEL omogućava razgraničenje prostorno-vremenskih transkriptomskih podataka visoke rezolucije', Briefings in Bioinformatics, 24(2), str. 1–10.doi: 10.1093/BIB/BBAD068.
Liu, C. et al.(2022) 'Prostorno-vremenski atlas organogeneze u razvoju cvijeća orhideja', Istraživanje nukleinskih kiselina, 50(17), str. 9724–9737.doi: 10.1093/NAR/GKAC773.
Wang, J. et al.(2023) 'Integracija prostorne transkriptomike i sekvenciranja RNK sa jednim jezgrom otkriva potencijalne terapijske strategije za lejomiom materice', International Journal of Biological Sciences, 19(8), str. 2515–2530.doi: 10.7150/IJBS.83510.
