ছোট আরএনএ সিকোয়েন্সিং-ইলুমিনা
পরিষেবার সুবিধা
● 5' প্রান্তে প্রথম বেস নির্দিষ্ট RNA পেতে U-এর জন্য একটি শক্তিশালী পছন্দ রয়েছে
● miRNA টার্গেট জিনের পূর্বাভাস
● ডেটা mRNA এর সাথে যৌথ বিশ্লেষণ করতে ব্যবহৃত হয়
● miRNA ডিফারেনশিয়াল এক্সপ্রেশন
● miRNA টার্গেট জিনের পূর্বাভাস
● BMKCloud-ভিত্তিক ফলাফল বিতরণ: প্ল্যাটফর্মে কাস্টমাইজড ডেটা মাইনিং উপলব্ধ
● বিক্রয়োত্তর পরিষেবাগুলি প্রকল্পের সমাপ্তির পরে 3 মাসের জন্য বৈধ
নমুনা প্রয়োজনীয়তা এবং ডেলিভারি
| লাইব্রেরি | প্ল্যাটফর্ম | প্রস্তাবিত ডেটা | ডেটা QC |
| sRNA | ইলুমিনা SE50 | 10M/20M পড়া হয়েছে | Q30≥85% |
নমুনা প্রয়োজনীয়তা:
নিউক্লিওটাইডস:
| Conc.(ng/μl) | পরিমাণ (μg) | বিশুদ্ধতা | অখণ্ডতা |
| ≥ 80 | ≥ ০.৫ | OD260/280=1.7-2.5 OD260/230=0.5-2.5 জেলে দেখানো সীমিত বা কোন প্রোটিন বা ডিএনএ দূষণ নেই। | উদ্ভিদের জন্য: RIN≥7.5; প্রাণীদের জন্য: RIN≥8.0; 5.0≥28S/18S≥1.0; সীমিত বা কোন বেসলাইন উচ্চতা |
*5 মিলিগ্রামের চেয়ে ছোট টিস্যুর জন্য, আমরা ফ্ল্যাশ হিমায়িত (তরল নাইট্রোজেনে) টিস্যুর নমুনা পাঠানোর পরামর্শ দিই।
সেল সাসপেনশন: সেল সংখ্যা = 3×107
*আমরা হিমায়িত সেল লাইসেট পাঠানোর পরামর্শ দিই।যদি ঘরটি 5×10 এর চেয়ে ছোট হয়5, তরল নাইট্রোজেনে ফ্ল্যাশ হিমায়িত করার পরামর্শ দেওয়া হয়।
রক্তের নমুনা:
PA×geneBloodRNATube;
6mLTRIzol এবং 2mL রক্ত(TRIzol:Blood=3:1)
প্রস্তাবিত নমুনা বিতরণ
ধারক:
2 মিলি সেন্ট্রিফিউজ টিউব (টিনের ফয়েল বাঞ্ছনীয় নয়)
নমুনা লেবেলিং: গ্রুপ+প্রতিলিপি যেমন A1, A2, A3;B1, B2, B3...
জাহাজে প্রেরিত কাজ:
1. শুকনো বরফ: নমুনাগুলি ব্যাগে প্যাক করা এবং শুকনো বরফের মধ্যে সমাহিত করা দরকার।
2.RNAstable টিউব: RNA নমুনাগুলিকে RNA স্ট্যাবিলাইজেশন টিউবে (যেমন RNAstable®) শুকিয়ে ঘরের তাপমাত্রায় পাঠানো যেতে পারে।
সার্ভিস ওয়ার্ক ফ্লো
পরীক্ষামূলক নকশা
নমুনা বিতরণ
আরএনএ নিষ্কাশন
গ্রন্থাগার নির্মাণ
সিকোয়েন্সিং
তথ্য বিশ্লেষণ
পরে বিক্রয় সেবা
বায়োইনফরমেটিক্স
1.miRNA সনাক্তকরণ
miRDeep2 দ্বারা ভবিষ্যদ্বাণী করা উপন্যাস miRNA-এর প্রতিটি প্রার্থীর অগ্রদূতের একটি পিডিএফ চিত্র রয়েছে যা এর গঠন এবং সিকোয়েন্সিং গভীরতা দেখায়।
miRNA অগ্রদূত গঠন এবং সিকোয়েন্সিং গভীরতা
2. DE-miRNA টার্গেটেড জিনের কেইজিজি সমৃদ্ধকরণ
এই সেশনে, বায়োমার্কার প্রথমে পরীক্ষা করে দেখেন যে পথগুলি DE-miRNA টার্গেটেড জিনের সাথে অতিরিক্ত উপস্থাপনা করছে কিনা।সমৃদ্ধকরণের ডিগ্রি এবং পথের তাৎপর্য নির্ধারণে সমৃদ্ধকরণের কারণ এবং ফিশার পরীক্ষা প্রয়োগ করা হয়েছিল।সমৃদ্ধকরণ গণনার সমীকরণ নীচে দেখানো হয়েছে।
DE-miRNA লক্ষ্যযুক্ত জিনগুলিতে KEGG পাথওয়ে সমৃদ্ধকরণ
DE-miRNA টার্গেটেড জিনের উপর GO সমৃদ্ধকরণ বিশ্লেষণ
ক্লাস্টারপ্রোফাইলার DE-miRNA লক্ষ্যযুক্ত জিনগুলিতে GO সমৃদ্ধকরণ বিশ্লেষণে নিযুক্ত ছিল।পদের শ্রেণীবদ্ধ কাঠামো দেখানোর জন্য সমৃদ্ধ পদগুলির নির্দেশিত অ্যাসাইক্লিক গ্রাফ তৈরি করা হয়েছিল।চিত্রে, তীরগুলির দিকটি পদগুলির মধ্যে অন্তর্ভুক্তির সম্পর্ককে প্রতিনিধিত্ব করে, অর্থাৎ নোডগুলি তাদের উপরের নোডগুলির চেয়ে আরও নির্দিষ্ট।DE-miRNA লক্ষ্যযুক্ত জিনের নির্দেশিত অ্যাসিলিক গ্রাফ নীচের চিত্রে দেখানো হয়েছে।
TopGO নির্দেশিত DE-miRNA টার্গেটেড জিনের অ্যাসাইক্লিক গ্রাফ
বিএমকে কেস
MiRNA এবং মাংসের গুণমানের সাথে যুক্ত জিনের সমন্বিত বিশ্লেষণ প্রকাশ করে যে Gga-MiR-140-5p মুরগির মধ্যে ইন্ট্রামাসকুলার ফ্যাট জমাকে প্রভাবিত করে
প্রকাশিত:সেলুলার ফিজিওলজি এবং বায়োকেমিস্ট্রি,2018
মূল ফলাফল
দেরী পাড়ার মুরগি কিশোর মুরগির তুলনায় কম বিশ্বব্যাপী miRNA-এর প্রকাশের মাত্রা প্রদর্শন করে।
mirNA-mrna এর একটি নিয়ন্ত্রক নেটওয়ার্ক তৈরি করা হয়েছিল যা মাংসের গুণমানকে প্রভাবিত করতে পারে
gga-miR-140-5p RXRG নিয়ন্ত্রিত করে অ্যাডিপোসাইট পার্থক্যকে প্রচার করে।
 gga-miR-140-5p RXRG এর 3'UTR লক্ষ্য করে মুরগির ইনস্ট্রামাসকুলার প্রিডিপোসাইট পার্থক্যকে প্রচার করে |
রেফারেন্স
ঝাং এম, লি ডিএইচ, লি এফ, এট আল।MiRNA এবং মাংসের গুণমানের সাথে যুক্ত জিনের সমন্বিত বিশ্লেষণ প্রকাশ করে যে Gga-MiR-140-5p মুরগির মধ্যে ইন্ট্রামাসকুলার ফ্যাট জমাকে প্রভাবিত করে[J]।সেলুলার ফিজিওলজি এবং বায়োকেমিস্ট্রি, 2018:2421-2433।DOI: 10.1159/000489649
