প্ল্যাটফর্ম: ইলুমিনা নোভাসেক প্ল্যাটফর্ম, PE150
লাইব্রেরির ধরন: 350bp ইনসার্ট cDNA লাইব্রেরি (পিক ডিস্ট্রিবিউশনের উপর নির্ভর করে)
সিকোয়েন্সিং কৌশল: পেয়ারড-এন্ড 150 bp
ডেটা পরিমাণ সুপারিশ করুন: 2 Gb কাঁচা ডেটা/নমুনা
(1) সিকোয়েন্সিং ডেটা মান নিয়ন্ত্রণ: নিউক্লিওটাইড বিতরণ, বেস গুণমান বিতরণ, আরআরএনএ অনুপাত মূল্যায়ন;
(2) ক্রম প্রান্তিককরণ বিশ্লেষণ: প্রান্তিককরণ ফলাফল পরিসংখ্যান, অনুক্রমের স্যাচুরেশন, সিকোয়েন্সিং কভারেজ;
(3) রেফারেন্স জিনোম টীকা (NR, Swiss-Prot, Pfam, COG, GO, KEGG);
(4) অভিব্যক্তি বিশ্লেষণ: অভিব্যক্তি বিতরণ (দুই বা ততোধিক নমুনার সাথে), নমুনার মধ্যে অভিব্যক্তির বিশ্লেষণ (ভেন বিশ্লেষণ, পারস্পরিক সম্পর্ক বিশ্লেষণ, পিসিএ বিশ্লেষণ);
(5) ডিফারেনশিয়াল এক্সপ্রেশন বিশ্লেষণ (দুই বা ততোধিক নমুনার সাথে);
(6) জিন সেট বিশ্লেষণ: ভেন বিশ্লেষণ, ক্লাস্টার বিশ্লেষণ, ফাংশন টীকা বিশ্লেষণ (COG, GO, KEGG), ফাংশন সমৃদ্ধকরণ বিশ্লেষণ (GO, KEGG), ফাংশন সমৃদ্ধকরণ কর্ডাল গ্রাফ, Ipath বিশ্লেষণ;
(7) sRNA বিশ্লেষণ: sRNA পূর্বাভাস, sRNA টীকা (Blast, sRNAMap, sRNATarBase, SIPHT, Rfam), sRNA সেকেন্ডারি স্ট্রাকচার প্রেডিকশন, sRNA টার্গেট জিন ভবিষ্যদ্বাণী;
(8) ট্রান্সক্রিপ্ট গঠন বিশ্লেষণ: অপেরন বিশ্লেষণ, ট্রান্সক্রিপশন শুরু এবং শেষ সাইটগুলির পূর্বাভাস, UTR টীকা এবং বিশ্লেষণ, প্রমোটার সিকোয়েন্স ভবিষ্যদ্বাণী, SNP/InDel বিশ্লেষণ (SNP/InDel টীকা, SNP/InDel আঞ্চলিক বন্টন, SNP পরিসংখ্যান)।