-
ক্রোমাটিন ইমিউনোপ্রিসিপিটেশন সিকোয়েন্সিং (ChIP-seq)
ChIP-Seq হিস্টোন পরিবর্তন, ট্রান্সক্রিপশন ফ্যাক্টর এবং অন্যান্য ডিএনএ-সম্পর্কিত প্রোটিনের জন্য ডিএনএ লক্ষ্যগুলির জিনোম-ওয়াইড প্রোফাইলিং প্রদান করে।এটি নির্দিষ্ট প্রোটিন-ডিএনএ কমপ্লেক্স পুনরুদ্ধার করার জন্য ক্রোমাটিন ইমিউনো-রিসিপিটেশন (ChIP) এর নির্বাচনকে একত্রিত করে, পুনরুদ্ধার করা ডিএনএর উচ্চ-থ্রুপুট সিকোয়েন্সিংয়ের জন্য পরবর্তী প্রজন্মের সিকোয়েন্সিং (এনজিএস) এর শক্তির সাথে।উপরন্তু, যেহেতু প্রোটিন-ডিএনএ কমপ্লেক্সগুলি জীবন্ত কোষ থেকে পুনরুদ্ধার করা হয়, বাঁধাই সাইটগুলি বিভিন্ন কোষের প্রকার এবং টিস্যুতে বা বিভিন্ন পরিস্থিতিতে তুলনা করা যেতে পারে।ট্রান্সক্রিপশনাল রেগুলেশন থেকে শুরু করে ডেভেলপমেন্টাল পাথওয়েজ থেকে ডিজিজ মেকানিজম এবং এর বাইরেও অ্যাপ্লিকেশনের পরিসীমা।
প্ল্যাটফর্ম: ইলুমিনা নোভাসেক প্ল্যাটফর্ম
-
পুরো জিনোম বিসালফাইট সিকোয়েন্সিং
সাইটোসিনে (5-mC) পঞ্চম অবস্থানে থাকা ডিএনএ মেথিলেশন জিনের অভিব্যক্তি এবং সেলুলার কার্যকলাপের উপর একটি মৌলিক প্রভাব ফেলে।অস্বাভাবিক মেথিলেশন প্যাটার্নগুলি ক্যান্সারের মতো বিভিন্ন অবস্থা এবং রোগের সাথে যুক্ত হয়েছে।WGBS একক বেস রেজোলিউশনে জিনোম-ওয়াইড মেথিলেশন অধ্যয়নের জন্য সোনার মান হয়ে উঠেছে।
প্ল্যাটফর্ম: ইলুমিনা নোভাসেক প্ল্যাটফর্ম
-
উচ্চ থ্রুপুট সিকোয়েন্সিং (ATAC-seq) সহ ট্রান্সপোজেস-অ্যাক্সেসিবল ক্রোমাটিনের জন্য অ্যাস
ATAC-seq হল জিনোম-ওয়াইড ক্রোমাটিন অ্যাক্সেসিবিলিটি বিশ্লেষণের জন্য একটি উচ্চ-থ্রুপুট সিকোয়েন্সিং পদ্ধতি, যা জিনের প্রকাশের বিশ্বব্যাপী এপিজেনেটিক নিয়ন্ত্রণের জন্য গুরুত্বপূর্ণ।সিকোয়েন্সিং অ্যাডাপ্টারগুলি হাইপারঅ্যাকটিভ Tn5 ট্রান্সপোজেস দ্বারা খোলা ক্রোমাটিন অঞ্চলে ঢোকানো হয়।পিসিআর পরিবর্ধনের পরে, একটি সিকোয়েন্সিং লাইব্রেরি তৈরি করা হয়।সমস্ত খোলা ক্রোমাটিন অঞ্চলগুলি একটি নির্দিষ্ট স্থান-কাল অবস্থার অধীনে প্রাপ্ত করা যেতে পারে, শুধুমাত্র একটি ট্রান্সক্রিপশন ফ্যাক্টরের বাঁধাই সাইট বা একটি নির্দিষ্ট হিস্টোন পরিবর্তিত অঞ্চলের মধ্যে সীমাবদ্ধ নয়।
-
হ্রাসকৃত প্রতিনিধিত্ব বিসালফাইট সিকোয়েন্সিং (RRBS)
ডিএনএ মেথিলেশন গবেষণা সবসময়ই রোগ গবেষণায় একটি আলোচিত বিষয়, এবং এটি জিনের অভিব্যক্তি এবং ফেনো-টাইপিক বৈশিষ্ট্যের সাথে ঘনিষ্ঠভাবে সম্পর্কিত।আরআরবিএস হল ডিএনএ মেথিলেশন গবেষণার জন্য একটি সঠিক, দক্ষ এবং লাভজনক পদ্ধতি।বিসালফাইট সিকোয়েন্সিংয়ের সাথে মিলিত এনজাইমেটিক ক্লিভেজ (Msp I) দ্বারা প্রবর্তক এবং CpG দ্বীপ অঞ্চলের সমৃদ্ধকরণ, উচ্চ রেজোলিউশন ডিএনএ মিথিলেশন সনাক্তকরণ প্রদান করে।
প্ল্যাটফর্ম: ইলুমিনা নোভাসেক প্ল্যাটফর্ম
