জিনোম বিবর্তন
পিএনএএস
গোল্ডফিশের বিবর্তনীয় উত্স এবং গৃহপালিত ইতিহাস (ক্যারাসিয়াস অরাটাস)
PacBio |ইলুমিনা |Bionano জিনোম মানচিত্র |হাই-সি জিনোম সমাবেশ |জেনেটিক মানচিত্র |GWAS |RNA-Seq
হাইলাইট
1.গোল্ডফিশ জিনোম একটি উচ্চ-মানের অ্যাসেম্বলি সংস্করণের সাথে আপডেট করা হয়েছিল, 95.75% কনটিগকে 50 টি সিউডোক্রোমোসোমে (স্ক্যাফোল্ড N50=31.84 Mb) নোঙর করে।দুটি সাবজিনোম বিচ্ছিন্ন ছিল।
2. গৃহপালনের সময় নির্বাচনী ঝাড়ু দেওয়ার জিনোমিক অঞ্চলগুলিকে 201 জনের ডেটা রিকোয়েন্সিং থেকে চিহ্নিত করা হয়েছে, 390 টিরও বেশি প্রার্থী জিন উন্মোচন করা হয়েছে যা সম্ভবত গৃহপালিত বৈশিষ্ট্যের সাথে যুক্ত।
3. গৃহপালিত গোল্ডফিশের ডোরসাল ফিনের উপর GWAS 378 টি প্রার্থী জিন প্রকাশ করেছে যা সম্ভাব্যভাবে যুক্ত।একজন টাইরোসিন-প্রোটিন কিনেস রিপোর্টারকে স্বচ্ছতার সাথে যুক্ত প্রার্থীর কার্যকারণ জিন হিসাবে চিহ্নিত করা হয়েছিল
পটভূমি
গোল্ডফিশ (ক্যারাসিয়াস অরাটাস) হল সবচেয়ে গুরুত্বপূর্ণ চাষকৃত মাছ, যা প্রাচীন চীনে ক্রুসিয়ান কার্প থেকে গৃহপালিত হয়েছিল।তারা চার্লস ডারউইন দ্বারা মন্তব্য করেছিলেন যে "বর্ণের প্রায় অসীম বৈচিত্র্য অতিক্রম করে, আমরা কাঠামোর সবচেয়ে অসাধারণ পরিবর্তনের সাথে দেখা করি"।অত্যন্ত বৈচিত্র্যময় বৈশিষ্ট্য এবং গৃহপালিত ও প্রজননের দীর্ঘ ইতিহাস গোল্ডফিশকে ফিজিওলজি এবং বিবর্তনের জন্য একটি চমৎকার জেনেটিক মডেল সিস্টেম করে তোলে।
অর্জন
গোল্ডফিশ জিনোম
JPacBio এবং Illumina পেয়ার-এন্ড সিকোয়েন্সিং ডেটার মলম বিশ্লেষণ একটি প্রাথমিক 1.657 G খসড়া সমাবেশ (Contig N50=474 Kb) দেয়।Bionano অপটিক্যাল মানচিত্র তৈরি করা হয়েছিল এবং সমাবেশটিকে 1.73 Gb আকারে সংশোধন করা হয়েছিল (আনুমানিক জিনোমের আকার: 1.8 Gb)।হাই-সি ভিত্তিক সমাবেশ স্ক্যাফোল্ড N50 কে 606 Kb থেকে 31.84 Mb-এ উন্নত করেছে এবং 95.75% (1.65 Gb) ওরিয়েন্টেড এবং অর্ডার করা অ্যাঙ্করিং রেট অর্জন করেছে।জিনোমে 56,251টি কোডিং জিন এবং 10,098টি দীর্ঘ নন-কোডিং ট্রান্সক্রিপ্ট রয়েছে।অধিকন্তু, 50টি ক্রোমোজোমের মধ্যে 38টি সম্ভাব্য সেন্ট্রোমেরিক অঞ্চলের পূর্বাভাস দেওয়া হয়েছিল।
চিত্র.1 সোনার মাছের জিনোম
Tএকটি প্রাচীন সংকরকরণ ঘটনার ফলে 50টি গোল্ডফিশ ক্রোমোজোমে সাবজিনোমের স্পষ্ট সেট সনাক্ত করা হয়েছিল।গোল্ডফিশ এবং বারবিনির মধ্যে সারিবদ্ধ রিডের উচ্চ অনুপাত সহ ক্রোমোজোমের সেটটিকে সাবজেনোম A (ChrA01~A25), অর্থাৎ বারবিনার সাধারণ সাবজেনোম এবং অবশিষ্টগুলি সাবজেনোম B (ChrB01~B25) হিসাবে সংজ্ঞায়িত করা হয়েছিল।
গৃহপালিত এবং নির্বাচনী ঝাড়ু
Aমোট 16টি বন্য ধরণের ক্রুসিয়ান কার্পস এবং 185টি প্রতিনিধি গোল্ডফিশের রূপগুলি ছিল প্রায় 12.5X এর গড় সিকোয়েন্সিং গভীরতার সাথে, যা 4.3 টেরাবেস ডেটা তৈরি করে।ফাইলোজেনেটিক পুনর্গঠন এবং পিসিএ বিশ্লেষণ অন্যান্য গোল্ডফিশের তুলনায় সাধারণ গোল্ডফিশ এবং ক্রুসিয়ান কার্পের মধ্যে একটি ঘনিষ্ঠ সম্পর্ক নিশ্চিত করেছে, যা পরবর্তীতে দুটি বংশে বিভক্ত হয়েছে।
Lউপরোক্ত চারটি উপ-জনসংখ্যার উপর ডি ক্ষয় বিশ্লেষণ গোল্ডফিশের গৃহপালন এবং শক্তিশালী কৃত্রিম নির্বাচনের সময় জনসংখ্যার জেনেটিক বাধার অস্তিত্বকে সমর্থন করে।ক্রুসিয়ান কার্প থেকে সাধারণ গোল্ডফিশ থেকে ওয়েন গোল্ডফিশ এবং এগ গোল্ডফিশ পর্যন্ত জিনগত বৈচিত্র্য (π) বৃদ্ধি তাদের গৃহপালনের সময় জেনেটিক বৈচিত্র্যের একটি উল্লেখযোগ্য সঞ্চয় নির্দেশ করে।25.2 Mb এবং 946 টি জিন কভার করে 50টি নির্বাচিত সুইপ জিনোমিক অঞ্চল প্রতিনিধি ডেটা থেকে সনাক্ত করা হয়েছিল (33টি গোল্ডফিশ এবং 16টি ক্রুসিয়ান ক্র্যাপ)।201 জন ব্যক্তির কাছে বিশ্লেষণ সম্প্রসারিত করা হয়েছে, 393টি জিন সম্পূর্ণ নির্বাচনী ঝাড়ুর অঞ্চল নির্দেশ করেছে।এই জিনগুলি কম-বৈচিত্র্যের পাওয়া গেছে, যা সম্ভবত গোল্ডফিশের প্রধান গৃহপালিত বৈশিষ্ট্যগুলির সাথে যুক্ত ফেনোটাইপগুলিতে অবদান রাখে।
Fig.3 জিনোম-ওয়াইড গৃহপালিত-সম্পর্কিত বিশ্লেষণ
গৃহপালিত গোল্ডফিশের উপর GWAS
Dওরসাল ফিন একটি মূল বৈশিষ্ট্য যা ওয়েন গোল্ডফিশকে ডিম গোল্ডফিশ থেকে আলাদা করে।96টি ওয়েন গোল্ডফিশ এবং 87টি এগ গোল্ডফিশের ডোরসাল ফিনের GWAS 13টি ক্রোমোজোমে ছড়িয়ে থাকা 378টি ক্যান্ডিডেট জিন প্রকাশ করেছে এবং সাবজিনোমের মধ্যে এই জিনগুলির একটি অসম বন্টন পরিলক্ষিত হয়েছে।এই প্রার্থী জিনগুলির কার্যকরী বিশ্লেষণ জৈবিক প্রক্রিয়াগুলিকে হাইলাইট করেছে যার মধ্যে রয়েছে "কোষ পৃষ্ঠের রিসেপ্টর সিগন্যালিং", "ট্রান্সমেমব্রেন পরিবহন", "কঙ্কাল সিস্টেমের বিকাশ" ইত্যাদি।
Fig.4 গৃহপালিত গোল্ডফিশের পৃষ্ঠীয় পাখনার GWAS
In স্বচ্ছ স্কেল-সম্পর্কিত বৈশিষ্ট্যগুলির GWAS, একটি একক শক্তিশালী অ্যাসোসিয়েশন শিখর সনাক্ত করা হয়েছিল।একটি টাইরোসিন-প্রোটিন কিনেস রিসেপ্টর এনকোডিং একটি জিন প্রার্থী অঞ্চলের একটিতে চিহ্নিত করা হয়েছিল।
Fig.5 GWAS স্বচ্ছ স্কেল-সম্পর্কিত বৈশিষ্ট্য
রেফারেন্স
Cহেন ডি এট আল।গোল্ডফিশের বিবর্তনীয় উৎপত্তি এবং গৃহপালিত ইতিহাস (ক্যারাসিয়াস অরাটাস)।PNAS (2020)
খবর বায়োমার্কার টেকনোলজিসের সাথে সাম্প্রতিক সফল ঘটনাগুলি ভাগ করে নেওয়ার লক্ষ্য, অভিনব বৈজ্ঞানিক সাফল্যের পাশাপাশি গবেষণার সময় প্রয়োগ করা বিশিষ্ট কৌশলগুলি ক্যাপচার করা।
পোস্টের সময়: জানুয়ারি-০৪-২০২২