জিনোম বিবর্তন
জিনোম ডি নভো
সমাবেশ|লিঙ্গ নির্ধারণ বায়োমার্কার টেকনোলজিস দ্বারা সম্পূর্ণ সিকোয়েন্সিং কাজ এবং আংশিক বায়োইনফরম্যাটিক পরিষেবা সরবরাহ করা হয়েছিল।
বিমূর্ত
"সিড্রাগনের আইকনিক ফেনোটাইপের মধ্যে রয়েছে পাতার মতো অ্যাপেন্ডেজ, একটি দাঁতবিহীন নলাকার মুখ এবং একটি খোলা "ব্রুড প্যাচে" নিষিক্ত ডিমের ইনকিউবেশন জড়িত পুরুষ গর্ভাবস্থা।আমরা সাধারণ সিড্রাগন (ফাইলোপটেরিক্স টেনিওলাটাস) এবং এর ঘনিষ্ঠভাবে সম্পর্কিত প্রজাতি, অ্যালিগেটর পাইপফিশ (সিংনাথয়েডস বায়কুলিয়াটাস) এর নভো-সিকোয়েন্সড পুরুষ এবং মহিলা জিনোমগুলি।একটি বিবর্তনীয় অভিনবত্ব থেকে ট্রান্সক্রিপশন প্রোফাইল, পাতার মতো অ্যাপেন্ডেজগুলি দেখায় যে সাধারণত ফিন বিকাশের সাথে জড়িত জিনগুলির একটি সেটকে কো-অপ্ট করা হয়েছে সেইসাথে সম্ভাব্য টিস্যু মেরামত এবং ইমিউন ডিফেন্স জিনের জন্য ট্রান স্ক্রিপ্টের সমৃদ্ধকরণ।scpp5-এর জন্য জেব্রাফিশ মিউট্যান্টস, যা সমস্ত সিংনাথিডে হারিয়ে গেছে, তাদের ফ্যারিঞ্জিয়াল দাঁতের অভাব বা বিকৃতি পাওয়া গেছে, এই অনুমানকে সমর্থন করে যে scpp5-এর ক্ষতি সিংনাথিডে দাঁতের ক্ষতিতে ভূমিকা রেখেছে।সাধারণ সিড্রাগন এবং অ্যালিগেটর পাইপফিশ দ্বারা ভাগ করা একটি পুরুষ-নির্দিষ্ট amhr2y জিন এনকোডিং একটি পুটেটিভ লিঙ্গ-নির্ধারক লোকাস সনাক্ত করা হয়েছিল। "
উপকরণ এবং পদ্ধতিসমূহ:
উপকরণ
Fআমাদের সাধারণ সিড্রাগন (P. taeniolatus) এবং দুটি অ্যালিগেটর পাইপফিশ (এস. বায়কুলেটাস) নমুনা।দুটি সাধারণ সিড্রাগন (একটি পুরুষ এবং একটি মহিলা) এবং দুটি অ্যালিগেটর পাইপফিশ (একটি পুরুষ এবং একটি মহিলা) ব্যক্তি সম্পূর্ণ-জিনোম সিকোয়েন্সিংয়ের জন্য ব্যবহৃত হয়েছিল এবং অন্য দুটি পুরুষ সাধারণ সিড্রাগন ব্যক্তিকে জিনোম রিকোয়েন্সিংয়ের জন্য ব্যবহার করা হয়েছিল।
জিনোম সিকোয়েন্সিং কৌশল
270/350 bp লাইব্রেরি (Hiseq 2500) + Pacbio 20Kb (Sequel) অথবা Nanopore 30 Kb (MinION)+ Hi-C (NovaSeq 6000) সিকোয়েন্সিং, এবং আরও দুটি পুরুষ সাধারণ সিড্রাগন ব্যক্তি জিনোম রিকোয়েন্সিংয়ের জন্য ব্যবহার করা হয়েছিল।
ট্রান্সক্রিপ্টোম সিকোয়েন্সিং
Fবা সাধারণ সিড্রাগন, মস্তিষ্ক, চোখ, ফুলকা, লিভার, হার্ট, কিডনি, মেসেন্টারি, অন্ত্র, পেশী, পাখনা, ত্বক, পাতার মতো অ্যাপেন্ডেজ, টেস্টিস এবং ডিম্বাশয় সংগ্রহ করা হয়েছিল।
জিনোম ডি নভো সমাবেশ কৌশল
Cঅনু (সংশোধন) + WTDBG2 (সমাবেশ) + পাইলন (পোলিশ) + ল্যাচেসিস (হাই-সি)।
প্রধান ফলাফল
চিত্র।
চিত্র।
চিত্র 3. সাধারণ সিড্রাগন (পি. টেনিওলাটাস) এবং অ্যালিগেটর পাইপফিশ (এস. বায়কুলেটাস) এর পুটেটিভ লিঙ্গ নির্ধারণের জিন।
চিত্র 4. জেব্রাফিশ scpp5 হোমোজাইগাস মিউট্যান্টে ফ্যারিঞ্জিয়াল দাঁতের ফেনোটাইপ।
পোস্টের সময়: জানুয়ারি-০৮-২০২২