জিনোম বিবর্তন, প্যানজেনোম
প্যান-জিনোম কী?
জমে থাকা প্রমাণগুলি দেখায় যে একটি প্রজাতির বিভিন্ন স্ট্রেইনের মধ্যে পার্থক্য বিশাল হতে পারে।একটি একক জিনোম একটি একক প্রজাতির জেনেটিক তথ্যের সম্পূর্ণ চিত্র লাভ করার জন্য যথেষ্ট নয়।প্যান-জিনোম অধ্যয়নের উদ্দেশ্য হল একটি প্রজাতির আরও ব্যাপক জিনোমিক গ্রাফ প্রাপ্ত করা এবং অসংখ্য স্ট্রেনের জিনোম ডি নভো সমাবেশ পরিচালনা করে বৈশিষ্ট্য এবং জেনেটিক কোডের মধ্যে সম্পর্ক ডিকোড করা, যা বৈচিত্রগুলির একটি গভীর এবং বিস্তৃত খনির অনুমতি দেয়।
প্যান-জিনোম স্টাডির প্রবণতা
চিত্র 1 প্যান-জিনোমের প্রকাশিত গবেষণাপত্রের প্রবণতা।
দ্রষ্টব্য: চিত্রটি প্রকৃতি, কোষ এবং বিজ্ঞান সিরিজের জার্নালে প্রকাশিত নিবন্ধগুলির শিরোনাম অনুসন্ধান করার জন্য মূল শব্দ হিসাবে "প্যান-জিনোম" গ্রহণের ফলাফল দেখায়
কএকাধিক নমুনা থেকে পঠনগুলি একটি রেফারেন্সের সাথে সারিবদ্ধ করা হয় এবং সংযুক্ত না হওয়াগুলিকে নভেল কনটিগগুলিতে একত্রিত করা হয়।মূল রেফারেন্স সিকোয়েন্সে এই নভেল কনটিগগুলি যোগ করে, একটি প্যানজেনোম রেফারেন্স তৈরি করা যেতে পারে।প্যানজেনোমে সমস্ত রিড ম্যাপিংয়ের ভিত্তিতে ডিসপেনসেবল অঞ্চলগুলি নির্ধারণ করা হয়।
খ.একাধিক অ্যাক্সেসের জিনোমের ডি নভো সমাবেশ সম্পূর্ণ জিনোম প্রান্তিককরণ পদ্ধতিগুলিকে ডিসপেনজেবল জিনোমিক অঞ্চলগুলি সনাক্ত করতে দেয়।
গ.একটি প্যান-জিনোম গ্রাফ সম্পূর্ণ জিনোম সারিবদ্ধকরণ থেকে বা ডি নভো গ্রাফ সমাবেশের মাধ্যমে তৈরি করা যেতে পারে, যা গ্রাফের মাধ্যমে অনন্য পাথ হিসাবে ডিসপেনসেবল অঞ্চলের বৈকল্পিক তথ্য দক্ষতার সাথে সংরক্ষণ করে।
কিভাবে একটি প্যান-জিনোম নির্মাণ?
চিত্র 2 প্যান-জিনোম পদ্ধতির তুলনা1
কএকাধিক নমুনা থেকে পঠনগুলি একটি রেফারেন্সের সাথে সারিবদ্ধ করা হয় এবং সংযুক্ত না হওয়াগুলিকে নভেল কনটিগগুলিতে একত্রিত করা হয়।মূল রেফারেন্স সিকোয়েন্সে এই নভেল কনটিগগুলি যোগ করে, একটি প্যানজেনোম রেফারেন্স তৈরি করা যেতে পারে।প্যানজেনোমে সমস্ত রিড ম্যাপিংয়ের ভিত্তিতে ডিসপেনসেবল অঞ্চলগুলি নির্ধারণ করা হয়।
খ.একাধিক অ্যাক্সেসের জিনোমের ডি নভো সমাবেশ সম্পূর্ণ জিনোম প্রান্তিককরণ পদ্ধতিগুলিকে ডিসপেনজেবল জিনোমিক অঞ্চলগুলি সনাক্ত করতে দেয়।
গ.একটি প্যান-জিনোম গ্রাফ সম্পূর্ণ জিনোম সারিবদ্ধকরণ থেকে বা ডি নভো গ্রাফ সমাবেশের মাধ্যমে তৈরি করা যেতে পারে, যা গ্রাফের মাধ্যমে অনন্য পাথ হিসাবে ডিসপেনসেবল অঞ্চলের বৈকল্পিক তথ্য দক্ষতার সাথে সংরক্ষণ করে।
সম্প্রতি প্রকাশিত প্যান-জিনোম
● ধর্ষণ প্যান-জিনোম2
● টমেটো প্যান-জিনোম 3
● রাইস প্যান -জিনোম4
● সূর্যমুখী প্যান-জিনোম5
● সয়াবিন প্যান-জিনোম 6
● রাইস প্যান-জিনোম7
● বার্লি প্যান-জিনোম8
● গমের প্যান-জিনোম9
● সোরঘাম প্যান-জিনোম10
● ফাইটোপ্ল্যাঙ্কটন প্যান-জিনোম11
রেফারেন্স
1. Bayer PE, Golicz AA, Scheben A, Batley J, Edwards D. প্ল্যান্ট প্যান-জিনোম হল নতুন রেফারেন্স।নাট গাছপালা।2020;6(8):914-920।doi:10.1038/s41477-020-0733-0
2. গান JM, Guan Z, Hu J, et al.আটটি উচ্চ-মানের জিনোম প্যান-জিনোম আর্কিটেকচার এবং ব্রাসিকা ন্যাপাসের ইকোটাইপ পার্থক্য প্রকাশ করে।নাট গাছপালা।2020;6(1):34-45।doi:10.1038/s41477-019-0577-7
3. গাও এল, গোন্ডা আই, সান এইচ, এট আল।টমেটো প্যান-জিনোম নতুন জিন এবং ফলের গন্ধ নিয়ন্ত্রণকারী একটি বিরল অ্যালিল উন্মোচন করে।ন্যাট জেনেট।2019;51(6):1044-1051।doi:10.1038/s41588-019-0410-2
4. Zhao Q, Feng Q, Lu H, et al.প্যান-জিনোম বিশ্লেষণ চাষকৃত এবং বন্য ধানের জিনোমিক তারতম্যের পরিমাণ তুলে ধরে [প্রকাশিত সংশোধন ন্যাট জেনেটে প্রদর্শিত হয়।2018 আগস্ট;50(8):1196]।ন্যাট জেনেট।2018;50(2):278-284।doi:10.1038/s41588-018-0041-z
5. Hübner S, Bercovich N, Todesco M, et al.সূর্যমুখী প্যান-জিনোম বিশ্লেষণ দেখায় যে হাইব্রিডাইজেশন জিনের উপাদান এবং রোগ প্রতিরোধের পরিবর্তন করেছে।নাট গাছপালা।2019;5(1):54-62।doi:10.1038/s41477-018-0329-0
6. লিউ ওয়াই, ডু এইচ, লি পি, এট আল।বন্য এবং চাষকৃত সয়াবিনের প্যান-জিনোম।সেল।2020;182(1):162-176.e13।doi:10.1016/j.cell.2020.05.023
7. কিন পি, লু এইচ, ডু এইচ, এট আল।33টি জিনগতভাবে বৈচিত্র্যময় ধানের অ্যাক্সেসের প্যান-জিনোম বিশ্লেষণ লুকানো জিনোমিক বৈচিত্র প্রকাশ করে [মুদ্রণের আগে অনলাইনে প্রকাশিত, 25 মে 2021]।সেল।2021;S0092-8674(21)00581-X।doi:10.1016/j.cell.2021.04.046
8. জয়কোডি এম, পদ্মরাসু এস, হাবেরের জি, এবং অন্যান্য।বার্লি প্যান-জিনোম মিউটেশন প্রজননের লুকানো উত্তরাধিকার প্রকাশ করে।প্রকৃতি।2020;588(7837):284-289।doi:10.1038/s41586-020-2947-8
9. Walkowiak S, Gao L, Monat C, et al.একাধিক গমের জিনোম আধুনিক প্রজননে বিশ্বব্যাপী বৈচিত্র্য প্রকাশ করে।প্রকৃতি।2020;588(7837):277-283।doi:10.1038/s41586-020-2961-x
10. Tao Y, Luo H, Xu J, et al.চাষকৃত এবং বন্য সোরঘামের প্যান-জিনোমের মধ্যে ব্যাপক বৈচিত্র [প্রিন্টের আগে অনলাইনে প্রকাশিত, 2021 মে 20]।নাট গাছপালা।2021;10.1038 / s41477-021-00925-xdoi:10.1038/s41477-021-00925-x
11. ফ্যান এক্স, কিউ এইচ, হান ডব্লু, এট আল।ফাইটোপ্ল্যাঙ্কটন প্যানজেনোম বিভিন্ন ফাংশনের ব্যাপক প্রোক্যারিওটিক অনুভূমিক জিন স্থানান্তর প্রকাশ করে।Sci Adv.2020;6(18):eaba0111।প্রকাশিত হয়েছে 2020 এপ্রিল 29. doi:10.1126/sciadv.aba0111
পোস্টের সময়: জানুয়ারি-০৪-২০২২