2021 সালে, BMKGENE প্রত্যক্ষ করেছে 31টি ডি নভো জিনোম গবেষণা সফলভাবে হাই-ইমপ্যাক্ট জার্নালে প্রকাশিত হয়েছে যার মোট ইমপ্যাক্ট ফ্যাক্টর 320 টিরও বেশি। এর মধ্যে 15টি নিবন্ধ সহ-লেখক ছিল তাদের মধ্যে 4টি BMKGENE দ্বারা প্রথম লেখক হিসাবে সহ-লেখক।
2022 সালের শুরুর ঠিক পরে, ইতিমধ্যেই যথাক্রমে "ন্যাচারাল জেনেটিক্স" এবং "মলিকুলার প্ল্যান্ট" জার্নালে দুটি গবেষণা নিবন্ধ প্রকাশিত হয়েছে।সেগুলি হল, "একটি উচ্চ ভিন্নধর্মী লিচি জিনোম থেকে দুটি ভিন্ন ভিন্ন হ্যাপ্লোটাইপগুলি প্রাথমিক এবং দেরীতে পরিপক্ক জাতগুলির জন্য স্বাধীন গৃহপালনের ইভেন্টের পরামর্শ দেয়" (লিচি জিনোম গবেষণা, কলেজ অফ হর্টিকালচার, দক্ষিণ চীন কৃষি বিশ্ববিদ্যালয় দ্বারা পরিচালিত, এবং বৈজ্ঞানিক সহযোগীরা, ন্যাচারাল জিনে প্রকাশিত৷ ), এবং "Aegilops এর পাঁচটি Sitopsis প্রজাতির Genome sequences and the origin of polyploid wheat B-subgenome" (ফাইভ সিটোপসিস প্রজাতির জিনোম, নর্থইস্ট নরমাল ইউনিভার্সিটির অধ্যাপক বাও লিউ এর গবেষণা দল দ্বারা পরিচালিত।)আমরা এই দুটি নিবন্ধ পর্যালোচনা করব এবং আমাদের পাঠকদের সাথে শেয়ার করব।
এখন, BMK এবং আমাদের সহযোগী সুবিধাগুলির সহ-লেখক 2021-এ প্রকাশিত চমৎকার গবেষণা নিবন্ধগুলিকে এক নজরে দেখে নেওয়া যাক।
উদ্ভিদ জিনোম - বহু-প্রজাতির উপর অগ্রগতি।
1. একটি উচ্চ-মানের জিনোম সমাবেশ রাইয়ের জিনোমিক বৈশিষ্ট্য এবং কৃষিগতভাবে গুরুত্বপূর্ণ জিনগুলিকে হাইলাইট করে
সহযোগী সুবিধা: হেনান কৃষি বিশ্ববিদ্যালয়
জার্নাল: প্রাকৃতিক জেনেটিক্স
প্রভাব ফ্যাক্টর: 38.31
এই প্রকল্পে, ওয়েনিং রাইয়ের জিনোম, একটি অভিজাত চীনা রাইয়ের জাত, ক্রমানুসারে করা হয়েছিল।একত্রিত কন্টিগস (7.74 গিগাবাইট) আনুমানিক জিনোমের আকারের (7.86 গিগাবাইট) 98.47% জন্য দায়ী, যার 93.67% কন্টিগ (7.25 গিগাবাইট) সাতটি ক্রোমোসোমের জন্য নির্ধারিত।পুনরাবৃত্ত উপাদানগুলি একত্রিত জিনোমের 90.31% গঠন করে।ওয়েনিং অ্যাসেম্বলির আরও বিশ্লেষণগুলি জিনোম-ওয়াইড জিনের অনুলিপি এবং স্টার্চ জৈব সংশ্লেষণ জিনের উপর তাদের প্রভাব, জটিল প্রোলামিন লোকির শারীরিক সংগঠন, প্রাথমিক শিরোনাম বৈশিষ্ট্যের অন্তর্নিহিত জিনের অভিব্যক্তি বৈশিষ্ট্য এবং পুটেটিভ গৃহপালিত-সম্পর্কিত ক্রোমোসোমাল অঞ্চল এবং রাইয়ের লোকিগুলির উপর নতুন আলোকপাত করেছে।এই জিনোম ক্রমটি রাই এবং সম্পর্কিত সিরিয়াল শস্যের জিনোমিক এবং প্রজনন গবেষণাকে ত্বরান্বিত করার প্রতিশ্রুতি দেয়।
2. কাঁটা ছাড়া গোলাপ: আর্দ্রতা অভিযোজনের সাথে যুক্ত জিনোমিক অন্তর্দৃষ্টি
সহযোগী সুবিধা: কুনমিং ইনস্টিটিউট অফ বোটানি, চাইনিজ একাডেমি অফ সায়েন্সেস
জার্নাল: ন্যাশনাল সায়েন্স রিভিউ
ইমপ্যাক্ট ফ্যাক্টর: 17.273
এই প্রকল্পে, 'Basye's Thornless' (BT, রোজা উইচুরাইনার একটি কাঁটা-মুক্ত চাষ), 'ওল্ড ব্লাশ' (ওবি, গোলাপের গৃহপালিত একটি প্রতিষ্ঠাতা জিনোটাইপ), তাদের F1 হাইব্রিড এবং BCF1-এর নমুনা সংগ্রহ করা হয়েছিল।এবং স্টেম প্রিকেল ডেভেলপমেন্টের সাথে সম্পর্কিত জেনেটিক উপাদানগুলি সনাক্ত করার জন্য একটি উচ্চ-মানের রেফারেন্স জিনোম সমাবেশ তৈরি করা হয়েছিল।জিনোমের আকার প্রায় 530.6 Mb।একত্রিত জিনোমের গুণমান যাচাই করার জন্য, জেনেটিক মানচিত্র তুলনা, BUSCO, NGS রিডস রিডস, ওবি হ্যাপ্লোটাইপের সাথে তুলনা, সিকোয়েন্সিং বেস এরর রেট নিয়ন্ত্রণ এবং জিনোম-ওয়াইড এলটিআর অ্যাসেম্বলি সূচক মান পরীক্ষা (LAI=20.03) এর মতো বিশ্লেষণ পরিচালিত হয়েছিল।এই গবেষণাটি কান্ডের কাঁটাগুলির জটিল উত্তরাধিকার প্যাটার্ন এবং নিয়ন্ত্রক প্রক্রিয়া প্রকাশ করে এবং গুরুত্বপূর্ণ বৈশিষ্ট্যগুলির সাথে যুক্ত গোলাপ জীববিজ্ঞান এবং খনি আণবিক মার্কারগুলি অধ্যয়নের জন্য আমাদের একটি ভিত্তি এবং অভিনব সংস্থান সরবরাহ করে।
3. কুকুমিসে সংশ্লেষিত অ্যালোপলিপ্লয়েডের সম্পূর্ণ-জিনোম ক্রম অ্যালোপলিপ্লয়েডাইজেশনের জিনোম বিবর্তনের অন্তর্দৃষ্টি প্রকাশ করে
সহযোগী সুবিধা: নানজিং কৃষি বিশ্ববিদ্যালয়
জার্নাল: অ্যাডভান্সড সায়েন্স
প্রভাব ফ্যাক্টর: 16.801
এই গবেষণায় শসা (C. sativus, 2n = 14) এবং এর বন্য আপেক্ষিক প্রজাতি (C. hystrix, 2n = 24) এবং পরবর্তী ক্রোমোজোম অনুলিপির মধ্যে আন্তঃস্পেসিফিক হাইব্রিডাইজেশন ব্যবহার করে প্রাপ্ত একটি সিন্থেটিক অ্যালোট্র্যাপ্লয়েডের উচ্চ-মানের জিনোম রিপোর্ট করা হয়েছে, যা প্রথম। সম্পূর্ণ অনুক্রমযুক্ত সিন্থেটিক অ্যালোপলিপ্লয়েড।জিনোমের সমাবেশটি "PacBio+BioNano+Hi-C+Illumina" সিকোয়েন্সিংয়ের কার্যপ্রবাহ প্রয়োগ করে, ফলে জিনোমের আকার 530.8Mb হয় এবং N50 = 6.5Mb হয়।রিডগুলি 19 টি সিউডোক্রোমোসোম এবং সাবজেনোমে বরাদ্দ করা হয়েছিল।ফলাফলগুলি ইঙ্গিত করে যে জিনোম সদৃশকরণের পরিবর্তে হাইব্রিডাইজেশন, পারমাণবিক এবং সিপি উভয় জিনোমে বেশিরভাগ জিনোমিক পরিবর্তন ঘটায়।এটি পরামর্শ দিয়েছে যে স্থির হেটেরোজাইগোসিটি বর্ধিত চাপ অভিযোজন সহ C.×হাইটিভাস প্রদান করে।ফলাফলগুলি উদ্ভিদ পলিপ্লয়েডি বিবর্তনের নতুন অন্তর্দৃষ্টি প্রদান করে এবং ভবিষ্যতের ফসলের জন্য একটি সম্ভাব্য প্রজনন কৌশল অফার করে।
4.তুলনামূলক জিনোম বিশ্লেষণ করে হাইলাইট ট্রান্সপোসন মধ্যস্থিত জিনোম সম্প্রসারণ এবং তুলার মধ্যে 3D জিনোমিক ফোল্ডিংয়ের বিবর্তনীয় স্থাপত্য
সহযোগী সুবিধা: হুয়াজং কৃষি বিশ্ববিদ্যালয়
জার্নাল: আণবিক জীববিজ্ঞান এবং বিবর্তন
ইমপ্যাক্ট ফ্যাক্টর: 16.242
এই প্রকল্পটি তিনটি তুলা প্রজাতির জিনোম একত্রিত করতে ন্যানোপোর সিকোয়েন্সিং ব্যবহার করে যথা: গসিপিয়াম রোটুন্ডিফোলিয়াম (K2, জিনোমের আকার = 2.44Gb, contigN50 = 5.33Mb), G. arboreum (A2, জিনোমের আকার = 1.62Gb, contigN0 = 165), এবং। G. raimondii (D5, জিনোমের আকার = 0.75Gb, contigN50 = 17.04 Gb)।তিনটি জিনোমের 99% এরও বেশি হাই-সি এর মাধ্যমে একত্রিত হয়েছিল।BUSCO বিশ্লেষণের ফলাফল যথাক্রমে 92.5%, 93.9% এবং 95.4%।এই সমস্ত সংখ্যা নির্দেশ করে যে তিনটি সমাবেশ জিনোম রেফারেন্স-গ্রেড।তুলনামূলক জিনোম বিশ্লেষণগুলি বংশ-নির্দিষ্ট TE পরিবর্ধনের বিশদ বিবরণ নথিভুক্ত করে যা বড় জিনোম আকারের পার্থক্যগুলিতে অবদান রাখে।এই গবেষণাটি উদ্ভিদের উচ্চ-ক্রম ক্রোমাটিন কাঠামোর বিবর্তনে ট্রান্সপোসন-মধ্যস্থ জিনোম সম্প্রসারণের ভূমিকার উপর আলোকপাত করে।
5. ক্রোমোজোম-স্কেল সমাবেশ এবং জৈববস্তু ফসলের বিশ্লেষণ
সহযোগিতামূলক সুবিধা: আণবিক উদ্ভিদ বিজ্ঞানে শ্রেষ্ঠত্বের জন্য CAS সেন্টার
জার্নাল: প্রকৃতি যোগাযোগ
প্রভাব ফ্যাক্টর: 14.912
এই প্রকল্পটি অক্সফোর্ড ন্যানোপোর সিকোয়েন্সিং এবং হাই-সি প্রযুক্তির সমন্বয়ে মিসক্যানথাস লুটারিওরিপেরিয়াস জিনোমের একটি ক্রোমোজোম-স্কেল সমাবেশের রিপোর্ট করেছে।2.07Gb অ্যাসেম্বলি জিনোমের 96.64% কভার করে, 1.71 Mb এর কনটিগ N50 সহ।মোট সিকোয়েন্সের প্রায় 94.30% 19 টি সিউডোক্রোমোসোমে নোঙ্গর করা হয়েছিল।বিএসি সিকোয়েন্স, এলএআই মূল্যায়ন, বুস্কো মূল্যায়ন, এনজিএস ডেটার সাথে পুনরায় সমাবেশ, ট্রান্সক্রিপ্টোম ডেটার পুনরায় সমাবেশের সাথে তুলনার মাধ্যমে, জিনোমটিকে উচ্চ-মানের এবং ধারাবাহিকতা হিসাবে মূল্যায়ন করা হয়েছিল।সেন্ট্রোমেরিক স্যাটেলাইট পুনরাবৃত্তি ব্যবহার করে এম. লুটারিওরিপেরিয়াসের অ্যালোটেট্রপ্লয়েড উৎপত্তি নিশ্চিত করা হয়েছে।এম. লুটারিওরিপেরিয়াসের ট্যান্ডেম ডুপ্লিকেট জিনগুলি শুধুমাত্র স্ট্রেস প্রতিক্রিয়ার ক্ষেত্রেই নয়, কোষ প্রাচীর জৈব সংশ্লেষণের ক্ষেত্রেও কার্যকরী সমৃদ্ধ।জিন সদৃশগুলি সম্ভবত C4 সালোকসংশ্লেষণে ভূমিকা পালন করে এবং নিম্ন তাপমাত্রায় মিসক্যানথাস C4 সালোকসংশ্লেষণে অবদান রাখে।গবেষণা বহুবর্ষজীবী উদ্ভিদ অধ্যয়নের জন্য গুরুত্বপূর্ণ রেফারেন্স প্রদান করেছে।
6.একটি ক্রোমোজোম-স্তরের ক্যাম্পটোথেকা আকুমিনাটা জিনোম সমাবেশ ক্যাম্পটোথেসিন জৈব সংশ্লেষণের বিবর্তনীয় উত্স সম্পর্কে অন্তর্দৃষ্টি প্রদান করে
সহযোগী সুবিধা: সিচুয়ান বিশ্ববিদ্যালয়
জার্নাল: প্রকৃতি যোগাযোগ
প্রভাব ফ্যাক্টর: 14.912
এই প্রকল্পটি একটি উচ্চ-মানের, ক্রোমোজোম-স্তরের C. অ্যাকুমিনাটা জিনোম সমাবেশের রিপোর্ট করেছে, যার জিনোমের আকার 414.95Mb এবং ContingN50 1.47Mb।আমরা দেখেছি যে সি. অ্যাকুমিনাটা একটি স্বাধীন সম্পূর্ণ-জিনোমের অনুলিপি অনুভব করে এবং এটি থেকে প্রাপ্ত অসংখ্য জিন ক্যাম্পটোথেসিন জৈব সংশ্লেষণের সাথে সম্পর্কিত।LAMT জিনের কার্যকরী বিচ্যুতি এবং দুটি SLAS জিনের ইতিবাচক বিবর্তন, অতএব, উভয়ই C. acuminata-এ ক্যাম্পটোথেসিন জৈবসংশ্লেষণে ব্যাপক অবদান রেখেছে।ফলাফলগুলি একটি গৌণ বিপাকের বিবর্তনীয় উত্সের জেনেটিক পরিবর্তনগুলি সনাক্ত করতে উচ্চ-মানের জিনোম সমাবেশের গুরুত্বের উপর জোর দেয়।
7. অ্যালিল-সংজ্ঞায়িত জিনোম কাসাভা বিবর্তনের সময় বাইলেলিক পার্থক্য প্রকাশ করে
সহযোগিতামূলক সুবিধা: চীনা একাডেমি অফ ট্রপিক্যাল এগ্রিকালচারাল সায়েন্সেস
জার্নাল: আণবিক উদ্ভিদ
ইমপ্যাক্ট ফ্যাক্টর: 13.162
এই প্রকল্পটি প্যাসিফিক বায়োসায়েন্সেস (PacBio) সিকোয়েন্সিং প্ল্যাটফর্ম ব্যবহার করে কনটিগএন50 1.1 এমবি সহ কাসাভার জন্য একটি রেফারেন্স জিনোম একত্র করেছে।BUSCO, LAI সূচক এবং উচ্চ-ঘনত্বের জেনেটিক মানচিত্র দ্বারা মূল্যায়নের পরে, একত্রিত জিনোম রেফারেন্স-গ্রেড হিসাবে নিশ্চিত করা হয়।অপ্রয়োজনীয় অঞ্চলগুলি চিহ্নিত করা হয়েছিল এবং হাই-সি লিঙ্কগুলি ব্যবহার করে 18 টি সিউডোক্রোমোসোমে কনটিগগুলি নোঙ্গর করা হয়েছিল।কাসাভার জন্য এই উচ্চ-মানের এবং অ্যালিল-সংজ্ঞায়িত রেফারেন্স জিনোমটি সমজাতীয় ক্রোমোসোমের বিভিন্ন দ্বি-অ্যালিল সনাক্ত করতে মূল্যবান, যা দ্বি-অ্যালিল এবং তাদের অন্তর্নিহিত বিবর্তনীয় চালিকা শক্তিগুলির পার্থক্য এবং প্রকাশের আধিপত্য অন্বেষণ করতে দেয়।এটি কাসাভা এবং অন্যান্য অত্যন্ত ভিন্নধর্মী ফসলে প্রজনন কৌশল উদ্ভাবন করতে সহায়তা করে।
8. Paulownias এর দ্রুত বৃদ্ধি এবং Paulownia witches' ঝাড়ু গঠনের জিনোমিক অন্তর্দৃষ্টি
সহযোগী সুবিধা: হেনান কৃষি বিশ্ববিদ্যালয়
জার্নাল: আণবিক উদ্ভিদ
ইমপ্যাক্ট ফ্যাক্টর: 13.162
এই প্রকল্পটি পলোউনিয়া ফরচুনেইয়ের একটি উচ্চ-মানের পারমাণবিক জিনোম একত্রিত করেছে, যার আকার 511.6 Mb, যার 93.2% সিকোয়েন্স 20 টি সিউডোক্রোমোসোমে নোঙ্গর করা হয়েছে।C3 সালোকসংশ্লেষণ এবং ক্র্যাসুলেসিয়ান অ্যাসিড বিপাক পথকে একীভূত করার মাধ্যমে উচ্চতর সালোকসংশ্লেষক দক্ষতা অর্জন করা হয়, যা পলউনিয়া গাছের অত্যন্ত দ্রুত বৃদ্ধির অভ্যাসে অবদান রাখতে পারে।PaWB ফাইটোপ্লাজমার অতিরিক্ত জিনোম সিকোয়েন্সিং, কার্যকরী বিশ্লেষণের সাথে মিলিত, ইঙ্গিত করে যে ইফেক্টর PaWB-SAP54 সরাসরি Paulownia PfSPla এর সাথে যোগাযোগ করে, যা ফলস্বরূপ ইউবিকুইটিন-মধ্যস্থ পথ দ্বারা PfSPLa-এর অবক্ষয় ঘটায় এবং ডাইনীর রুম গঠনের দিকে পরিচালিত করে।ডেটা পলউনিয়াসের জীববিজ্ঞান এবং PaWB গঠনের নিয়ন্ত্রক প্রক্রিয়া সম্পর্কে গুরুত্বপূর্ণ অন্তর্দৃষ্টি প্রদান করে।
প্রাণীর জিনোম - প্রজাতির বিবর্তনের গভীর অন্তর্দৃষ্টি
1. নটিলাস পম্পিলিয়াসের জিনোম চোখের বিবর্তন এবং জৈব খনিজকরণকে আলোকিত করে
সহযোগী সুবিধা: সাউথ চায়না সি ইনস্টিটিউট অফ ওশেনোলজি, সিএএস
জার্নাল: প্রাকৃতিক পরিবেশ ও বিবর্তন
প্রভাব ফ্যাক্টর: 15.462
এই প্রকল্পটি নটিলাস পম্পিলিয়াসের জন্য একটি সম্পূর্ণ জিনোম উপস্থাপন করেছে।সিকোয়েন্সড সেফালোপডগুলির মধ্যে এটির ন্যূনতম জিনোম রয়েছে, যা 730.58Mb এবং contigN50 = 1.1Mb।BUSCO মূল্যায়ন ফলাফল 91.31%।ট্রান্সক্রিপ্টোম, প্রোটিওম, জিন পরিবার এবং ফাইলোজেনেটিক বিশ্লেষণের সাথে মিলিত, এই জিনোমটি সেফালোপড উদ্ভাবনের উপর একটি মৌলিক রেফারেন্স প্রদান করে, যেমন পিনহোল আই এবং বায়োমিনারলাইজেশন।গবেষণায় ইঙ্গিত দেওয়া হয়েছে যে হক্স জিন ক্লাস্টারের সম্পূর্ণতার ক্ষতি মোলাস্কের শেল অদৃশ্য হওয়ার সাথে সম্পর্কিত হতে পারে।গুরুত্বপূর্ণভাবে, জিন ক্ষয়, স্বাধীন সংকোচন এবং নির্দিষ্ট জিন পরিবারের সম্প্রসারণ সহ একাধিক জিনোমিক উদ্ভাবন এবং তাদের সম্পর্কিত নিয়ন্ত্রক নেটওয়ার্কগুলি সম্ভবত নটিলাস পিনহোল চোখের বিবর্তনকে ছাঁচে ফেলেছে।নটিলাস জিনোম বিবর্তনীয় পরিস্থিতি এবং জিনোমিক উদ্ভাবনগুলি পুনর্গঠনের জন্য একটি মূল্যবান সম্পদ গঠন করে যা বিদ্যমান সেফালোপডগুলিকে আকৃতি দেয়।
2. সিড্রাগন জিনোম বিশ্লেষণ এর ফিনোটাইপ এবং লিঙ্গ নির্ধারণের অবস্থানের অন্তর্দৃষ্টি প্রদান করে
সহযোগী সুবিধা: সাউথ চায়না সি ইনস্টিটিউট অফ ওশেনোলজি, সিএএস
জার্নাল: সায়েন্স অ্যাডভান্সেস
প্রভাব ফ্যাক্টর: 14.132
এই প্রকল্পটি সাধারণ সিড্রাগন (ফাইলোপটেরিক্স টেনিওল্যাটাস) এবং এর ঘনিষ্ঠভাবে সম্পর্কিত প্রজাতি, অ্যালিগেটর পাইপফিশ (সিংনাথয়েডস বায়কুলেটাস) এর নভো-সিকোয়েন্সড পুরুষ এবং মহিলা জিনোম।Phyllopteryx taeniolatus-এর জন্য জিনোমের আকার হল ~659 Mb（♂） এবং ~663 Mb（♀）, 10.0Mb এবং 12.1mb এর contigN50 সহ।Phyllopteryx taeniolatus-এর জন্য জিনোমের আকার হল 637 Mb（♂） এবং ~648 Mb（♀）, 18.0Mb এবং 21.0Mb-এর contigN50 সহ।ফাইলোজেনেটিক বিশ্লেষণের মাধ্যমে, সাধারণ সিড্রাগন এবং অ্যালিগেটর পাইপফিশ হল সিংনাথিনের বোন ট্যাক্সন, এবং প্রায় 27.3 মা আগে বিচ্যুত হয়।একটি বিবর্তনীয় অভিনবত্ব থেকে ট্রান্সক্রিপশন প্রোফাইল, পাতার মতো অ্যাপেন্ডেজগুলি দেখায় যে সাধারণত ফিনের বিকাশের সাথে জড়িত জিনের একটি সেটকে কো-অপ্ট করা হয়েছে সেইসাথে সম্ভাব্য টিস্যু মেরামত এবং ইমিউন ডিফেন্স জিনের জন্য ট্রান্স-স্ক্রিপ্টের সমৃদ্ধকরণ।সাধারণ সিড্রাগন এবং অ্যালিগেটর পাইপফিশ দ্বারা ভাগ করা একটি পুরুষ-নির্দিষ্ট amhr2y জিন এনকোডিং একটি পুটেটিভ লিঙ্গ-নির্ধারক লোকাস সনাক্ত করা হয়েছিল।এই প্রকল্প অভিযোজিত বিবর্তনের গবেষণার জন্য সমালোচনামূলক প্রমাণ প্রদান করেছে।
পোস্টের সময়: সেপ্টেম্বর-19-2022