জিডব্লিউএএস
শিরোনাম: সম্পূর্ণ-জিনোম রিকোয়েন্সিং এর উন্নতিতে জড়িত ব্রাসিকা ন্যাপাস উৎপত্তি এবং জেনেটিক লোকি প্রকাশ করে
জার্নাল: প্রকৃতি যোগাযোগ
এনজিএস |WGS |রিকোয়েন্সিং |GWAS |প্রতিলিপি |RNAseq |ব্রাসিকা ন্যাপাস |বিবর্তন |গৃহস্থালীকরণ
এই সমীক্ষায়, বায়োমার্কার টেকনোলজিস এনজিএস সিকোয়েন্সিং সংক্রান্ত পরিষেবা প্রদান করে, সেইসাথে সিকোয়েন্সিং ডেটার বায়োইনফরমেটিক্স বিশ্লেষণে প্রযুক্তিগত সহায়তা প্রদান করে।
পটভূমি
ব্রাসিকা ন্যাপাস(রেপসিড) একটি গুরুত্বপূর্ণ তৈলবীজ ফসল এবং পলিপ্লয়েড প্রজাতি, বিবর্তন এবং নির্বাচন প্রক্রিয়ার তদন্তের জন্য একটি চমৎকার মডেল।যাইহোক, বন্য প্রজাতি বা গৃহপালিত দাতারা পিতামাতার পূর্বপুরুষ এবং জিন ছিল যা রেপসিডের গৃহপালন এবং উন্নতিতে অবদান রেখেছিল তা এখনও অজানা।
উপকরণ এবং পদ্ধতিসমূহ
উপকরণ:588খ. ন্যাপাসএশিয়া থেকে 466, ইউরোপ থেকে 102, উত্তর আমেরিকা থেকে 13 এবং অস্ট্রেলিয়া থেকে 7 জন সহ এই সমীক্ষায় যোগদান জড়িত ছিল।বৃদ্ধির অভ্যাস রেকর্ডের উপর ভিত্তি করে, এই উপকরণগুলি তিনটি ইকোটাইপে বিভক্ত ছিল;বসন্ত (86 অ্যাক্সেস), শীত (74 অ্যাক্সেস), এবং আধা-শীতকালীন (428 অ্যাক্সেস)।
সিকোয়েন্সিং:গড় প্রায়5× (3.37× থেকে 7.71× পর্যন্ত)
সিকোয়েন্সিং প্ল্যাটফর্ম:ইলুমিনা হিসেক 4000
তথ্য উৎপাদন:4.03 Tb পরিষ্কার ডেটা
SNP কলিং:BWA + GATK।5,294,158 SNPs এবং 1,307,151 InDels প্রাপ্ত হয়েছিল।
ফলাফল
বি. নপুসের উৎপত্তি
খ. ন্যাপাসএকটি সাবজিনোম ইউরোপীয় শালগমের পূর্বপুরুষ থেকে বিবর্তিত হয়েছে।ইউরোপীয় শালগম থেকে জিন প্রবাহের ঘটনাবি. নপু106-1170 বছর আগে একটি সাবজিনোম ঘটেছিল।খ. ন্যাপাসসি সাবজিনোম এই বংশের সাধারণ পূর্বপুরুষ থেকে বিবর্তিত হতে পারে।এর পূর্বপুরুষখ. ন্যাপাসচারটি বি. ওলেরেসা উপপ্রজাতির সাধারণ পূর্বপুরুষ থেকে বিভক্ত, সাম্প্রতিক জিন প্রবাহের সাথেখ. ন্যাপাস108-898 বছর আগে।খ. ন্যাপাসসি সাবজেনোমের একটি সাবজেনোমের চেয়ে জটিল উত্স রয়েছে।দুটি সাবজেনোমের সময় একটি শক্তিশালী বাধা তৈরি হয়েছিলখ. ন্যাপাসবিবর্তনশীত ও আধা শীতকালখ. ন্যাপাসইকোটাইপগুলি ~60 বছর আগে বিবর্তিত হয়েছিল, যেখানে শীত এবং বসন্তখ. ন্যাপাস~416 বছর আগে, এবং তৈলবীজ এবং নন-তৈলবীজখ. ন্যাপাসবিবর্তিত হয়েছে ~ 277 বছর আগে।
চিত্র 2 জনসংখ্যার কাঠামো 588 বি. ন্যাপাস অ্যাকসেশান এবং 199 বি রেপা অ্যাকসেশান।
চিত্র 3 জনসংখ্যার কাঠামো 588 বি. ন্যাপাস অ্যাকসেশান এবং 119 বি. ওলেরেসা অ্যাকসেশান
সিলেকশন সিগন্যাল এবং জিনোম-ওয়াইড অ্যাসোসিয়েশন স্টাডিজ।
উন্নতির প্রথম পর্যায়ে (FSI), A সাবজেনোমের তুলনায় B. napus C সাবজেনোমে বেশি জেনেটিক বৈচিত্র্য হারিয়ে গিয়েছিল।উন্নতির দ্বিতীয় পর্যায়ের (SSI) তুলনায় FSI-এর সময় কম জেনেটিক পার্থক্য ঘটেছে।এসএসআই-নির্বাচন সংকেত অঞ্চলের জিনগুলি স্ট্রেস সহনশীলতা, বিকাশ এবং বিপাকীয় পথগুলিতে সমৃদ্ধ হয়েছিল।60টি অবস্থান উল্লেখযোগ্যভাবে 10টি লক্ষ্য বৈশিষ্ট্যের সাথে যুক্ত, যার মধ্যে 5টি বীজের ফলনের সাথে সম্পর্কিত, 3টি সিলিক দৈর্ঘ্যের সাথে, 4টি তেলের উপাদানের সাথে এবং 48টি বীজের গুণমানের সাথে সম্পর্কিত।
চিত্র 4 জিনোম-ওয়াইড স্ক্যানিং এবং বি. নেপাসের এসএসআই চলাকালীন নির্বাচিত অঞ্চলের টীকা
ট্রান্সক্রিপ্টোম বিশ্লেষণ
উচ্চ-তেল-কন্টেন্ট এবং ডবল-নিম্ন কাল্টিভার এবং কম তেল-কন্টেন্ট এবং ডবল-হাই কাল্টিভার থেকে 11 টি টিস্যুর RNAseq ডেটা গ্লুকোসিনোলেট বায়োসিন্থেটিক প্রক্রিয়ার সাথে সম্পর্কিত চিহ্নিত জিনগুলি উল্লেখযোগ্যভাবে অতিরিক্তভাবে উপস্থাপন করা হয়েছিল।
চিত্র 5 বি. ন্যাপাসের ইকোটাইপ উন্নতি নির্বাচনের অধীনে ফুল ফোটার সময় নিয়ন্ত্রণের সংক্ষিপ্ত বিবরণ
আলোচনা
এই অধ্যয়নটি এর উত্স এবং উন্নতির ইতিহাস বোঝার জন্য একটি মূল্যবান সংস্থান সরবরাহ করেছেখ. ন্যাপাসএবং গুরুত্বপূর্ণ কৃষিগত জটিল বৈশিষ্ট্যগুলির জেনেটিক বেসগুলির ব্যবচ্ছেদকে সহজতর করবে।অনুকূল বৈকল্পিক, নির্বাচন সংকেত এবং প্রার্থী জিনগুলির সাথে যুক্ত উল্লেখযোগ্য SNPগুলি ভবিষ্যতে বিশেষ করে এই সাম্প্রতিক অ্যালোপলিপ্লয়েড ফসল এবং এর আত্মীয়দের ফলন, বীজের গুণমান, তেলের পরিমাণ এবং অভিযোজনযোগ্যতা উন্নত করতে অনেকাংশে অবদান রাখবে।
রেফারেন্স
সম্পূর্ণ-জিনোম রিকোয়েন্সিং ব্রাসিকা ন্যাপাস উৎপত্তি এবং জেনেটিক লোকি এর উন্নতির সাথে জড়িত প্রকাশ করে[জে]।প্রকৃতি যোগাযোগ, 2019, 10(1)।
খবর এবং হাইলাইট বায়োমার্কার টেকনোলজিসের সাথে সাম্প্রতিক সফল ঘটনাগুলি ভাগ করে নেওয়ার লক্ষ্য, অভিনব বৈজ্ঞানিক সাফল্যের পাশাপাশি গবেষণার সময় প্রয়োগ করা বিশিষ্ট কৌশলগুলি ক্যাপচার করা।
পোস্টের সময়: জানুয়ারি-০৫-২০২২