উচ্চ-থ্রুপুট জিনোটাইপিং, বিশেষ করে বড় আকারের জনসংখ্যার ক্ষেত্রে, জেনেটিক অ্যাসোসিয়েশন অধ্যয়নের একটি মৌলিক পদক্ষেপ, যা কার্যকরী জিন আবিষ্কার, বিবর্তনীয় বিশ্লেষণ ইত্যাদির জন্য জেনেটিক ভিত্তি প্রদান করে। গভীর সমগ্র জিনোম পুনঃক্রমের পরিবর্তে, কম প্রতিনিধিত্ব জিনোম সিকোয়েন্সিং (RRGS) জেনেটিক মার্কার আবিষ্কারে যুক্তিসঙ্গত দক্ষতা বজায় রাখার সময় নমুনা প্রতি সিকোয়েন্সিং খরচ কমানোর জন্য ) চালু করা হয়েছে।এটি সাধারণত প্রদত্ত আকারের সীমার মধ্যে সীমাবদ্ধতা খণ্ড নিষ্কাশন করে অর্জন করা হয়, যার নামকরণ করা হয় হ্রাসকৃত প্রতিনিধিত্ব গ্রন্থাগার (RRL)।স্পেসিফিক-লোকাস এমপ্লিফাইড ফ্র্যাগমেন্ট সিকোয়েন্সিং (SLAF-Seq) হল একটি স্ব-উন্নত কৌশল যা ডি নভো এসএনপি আবিষ্কার এবং বৃহৎ জনগোষ্ঠীর এসএনপি জিনোটাইপিংয়ের জন্য।
প্রযুক্তিগত কর্মপ্রবাহ
SLAF বনাম বিদ্যমান RRL পদ্ধতি
SLAF এর সুবিধা
উচ্চ জেনেটিক মার্কার আবিষ্কার দক্ষতা- উচ্চ-থ্রুপুট সিকোয়েন্সিং প্রযুক্তির সাথে একত্রিত, SLAF-Seq রেফারেন্স জিনোমের সাথে বা আমাদের ছাড়া বিভিন্ন গবেষণা প্রকল্পের অনুরোধ পূরণ করতে পুরো জিনোমের মধ্যে আবিষ্কৃত কয়েক হাজার ট্যাগ অর্জন করতে পারে।
কাস্টমাইজড এবং নমনীয় পরীক্ষামূলক নকশা- বিভিন্ন গবেষণা লক্ষ্য বা প্রজাতির জন্য, একক-এনজাইম, ডুয়াল-এনজাইম এবং মাল্টি-এনজাইম হজম সহ বিভিন্ন এনজাইম্যাটিক হজম কৌশল পাওয়া যায়।একটি সর্বোত্তম এনজাইম ডিজাইন নিশ্চিত করতে সিলিকোতে হজম কৌশলটি প্রাক-মূল্যায়ন করা হবে।
এনজাইমেটিক হজমের উচ্চ দক্ষতা- পূর্ব-পরিকল্পিত এনজাইমেটিক হজম ক্রোমোজোমে আরও সমানভাবে বিতরণ করা SLAF প্রদান করে।খণ্ড সংগ্রহ দক্ষ 95% অর্জন করতে পারে.
পুনরাবৃত্তিমূলক ক্রম এড়িয়ে চলুন- SLAF-Seq ডেটাতে পুনরাবৃত্তিমূলক অনুক্রমের শতাংশ 5%-এর চেয়ে কম হয়েছে, বিশেষ করে উচ্চ স্তরের পুনরাবৃত্তিমূলক উপাদানের প্রজাতিতে, যেমন গম, ভুট্টা ইত্যাদি।
স্ব-উন্নত বায়োইনফরম্যাটিক ওয়ার্কফ্লো- চূড়ান্ত আউটপুটের নির্ভরযোগ্যতা এবং নির্ভুলতা নিশ্চিত করতে BMK SLAF-Seq প্রযুক্তিতে প্রযোজ্য একটি সমন্বিত বায়োইনফরম্যাটিক ওয়ার্কফ্লো তৈরি করেছে।
SLAF এর আবেদন
জেনেটিক লিঙ্কেজ মানচিত্র
উচ্চ-ঘনত্বের জেনেটিক মানচিত্র নির্মাণ এবং চন্দ্রমল্লিকা (ক্রাইস্যান্থেমাম x মরিফোলিয়াম রামাট।) এ ফুল-টাইপ বৈশিষ্ট্য নিয়ন্ত্রণকারী স্থানের সনাক্তকরণ।
জার্নাল: হর্টিকালচার রিসার্চ প্রকাশিত: 2020.7
জিডব্লিউএএস
জিনোম-ওয়াইড অ্যাসোসিয়েশন এবং লিঙ্কেজ ম্যাপিং ব্যবহার করে সয়াবিন বীজে আইসোফাভোন সামগ্রীর সাথে যুক্ত প্রার্থী জিনের সনাক্তকরণ
জার্নাল: প্ল্যান্ট জার্নাল প্রকাশিত: 2020.08
বিবর্তনীয় জেনেটিক্স
জনসংখ্যা জিনোমিক বিশ্লেষণ এবং ডি নভো সমাবেশ একটি বিবর্তনীয় খেলা হিসাবে আগাছা ধানের উত্স প্রকাশ করে
জার্নাল: মলিকুলার প্ল্যান্ট প্রকাশিত: 2019.5
বাল্কড সেগ্রিগ্যান্ট অ্যানালাইসিস (বিএসএ)
GmST1, যা একটি সালফোট্রান্সফেরেজ এনকোড করে, সয়াবিন মোজাইক ভাইরাস স্ট্রেন G2 এবং G3 প্রতিরোধ করে
জার্নাল: উদ্ভিদ, কোষ এবং পরিবেশ প্রকাশিত: 2021.04
রেফারেন্স
সান এক্স, লিউ ডি, ঝাং এক্স, এবং অন্যান্য।SLAF-Seq: উচ্চ-থ্রুপুট সিকোয়েন্সিং ব্যবহার করে বড় আকারের ডি নভো এসএনপি আবিষ্কার এবং জিনোটাইপিংয়ের একটি কার্যকর পদ্ধতি।প্লাস ওয়ান, 2013, 8(3):e58700
গান X, Xu Y, Gao K, et al.উচ্চ-ঘনত্বের জেনেটিক মানচিত্র নির্মাণ এবং চন্দ্রমল্লিকা (ক্রাইস্যান্থেমাম × মোরিফোলিয়াম রামাট।) এ ফুল-টাইপ বৈশিষ্ট্য নিয়ন্ত্রণকারী লোকি সনাক্তকরণ।Hortic Res.2020; 7:108।
Wu D, Li D, Zhao X, et al.জিনোম-ওয়াইড অ্যাসোসিয়েশন এবং লিঙ্কেজ ম্যাপিং ব্যবহার করে সয়াবিন বীজে আইসোফ্ল্যাভোন সামগ্রীর সাথে যুক্ত প্রার্থী জিনের সনাক্তকরণ।প্ল্যান্ট জে. 2020;104(4): 950-963।
Sun J, Ma D, Tang L, et al.পপুলেশন জিনোমিক অ্যানালাইসিস এবং ডি নভো অ্যাসেম্বলি একটি বিবর্তনীয় খেলা হিসাবে আগাছা ধানের উত্স প্রকাশ করে।মোল প্ল্যান্ট।2019;12(5):632-647।মোল প্ল্যান্ট।2018;11(11):1360-1376।
Zhao X, Jing Y, Luo Z, et al.GmST1, যা একটি সালফোট্রান্সফেরেজ এনকোড করে, সয়াবিন মোজাইক ভাইরাস স্ট্রেন G2 এবং G3 প্রতিরোধ করে।উদ্ভিদ কোষ পরিবেশ।2021;10.1111/pce.14066
পোস্টের সময়: জানুয়ারি-০৪-২০২২