● উচ্চ-মানের সমাবেশ-প্রজাতি সনাক্তকরণ এবং কার্যকরী জিনের পূর্বাভাসের সঠিকতা বৃদ্ধি করা
● বন্ধ ব্যাকটেরিয়া জিনোম বিচ্ছিন্নতা
● বিভিন্ন এলাকায় আরও শক্তিশালী এবং নির্ভরযোগ্য প্রয়োগ, যেমন প্যাথোজেনিক অণুজীব বা অ্যান্টিবায়োটিক প্রতিরোধের সাথে সম্পর্কিত জিন সনাক্তকরণ
● তুলনামূলক মেটাজেনোম বিশ্লেষণ
প্ল্যাটফর্ম | সিকোয়েন্সিং | প্রস্তাবিত ডেটা | টার্নরাউন্ড টাইম |
ন্যানোপুর | ওএনটি | 6 G/10 G | 65 কার্যদিবস |
● কাঁচা ডেটা মান নিয়ন্ত্রণ
● মেটাজেনোম সমাবেশ
● অ-অপ্রয়োজনীয় জিন সেট এবং টীকা
● প্রজাতির বৈচিত্র্য বিশ্লেষণ
● জেনেটিক ফাংশন বৈচিত্র্য বিশ্লেষণ
● আন্তঃগ্রুপ বিশ্লেষণ
● পরীক্ষামূলক কারণের বিরুদ্ধে অ্যাসোসিয়েশন বিশ্লেষণ
নমুনা প্রয়োজনীয়তা:
জন্যডিএনএ নির্যাস:
নমুনার ধরন | পরিমাণ | একাগ্রতা | বিশুদ্ধতা |
ডিএনএ নির্যাস | 1-1.5 μg | 20 ng/μl | OD260/280= 1.6-2.5 |
পরিবেশগত নমুনার জন্য:
নমুনার ধরন | প্রস্তাবিত নমুনা পদ্ধতি |
মাটি | নমুনার পরিমাণ: প্রায়।5 গ্রাম;অবশিষ্ট শুকনো পদার্থ পৃষ্ঠ থেকে অপসারণ করা প্রয়োজন;বড় টুকরা পিষে এবং 2 মিমি ফিল্টার মাধ্যমে পাস;সংরক্ষণের জন্য জীবাণুমুক্ত EP-টিউব বা সাইরোটিউবে অ্যালিকোট নমুনা। |
মল | নমুনার পরিমাণ: প্রায়।5 গ্রাম;সংরক্ষণের জন্য জীবাণুমুক্ত ইপি-টিউব বা ক্রায়োটিউবে নমুনা সংগ্রহ এবং অ্যালিকোট করুন। |
অন্ত্রের বিষয়বস্তু | অ্যাসেপটিক অবস্থার অধীনে নমুনাগুলি প্রক্রিয়া করা দরকার।PBS সঙ্গে সংগৃহীত টিস্যু ধোয়া;পিবিএসকে সেন্ট্রিফিউজ করুন এবং ইপি-টিউবে প্রিপিপিট্যান্ট সংগ্রহ করুন। |
কর্দম | নমুনার পরিমাণ: প্রায়।5 গ্রাম;সংরক্ষণের জন্য জীবাণুমুক্ত ইপি-টিউব বা ক্রায়োটিউবে অ্যালিকোট স্লাজের নমুনা সংগ্রহ করুন |
পানি শরীর | সীমিত পরিমাণে মাইক্রোবিয়ালের নমুনার জন্য, যেমন ট্যাপের জল, কূপের জল, ইত্যাদি, কমপক্ষে 1 লিটার জল সংগ্রহ করুন এবং ঝিল্লিতে মাইক্রোবিয়ালকে সমৃদ্ধ করতে 0.22 μm ফিল্টারের মধ্য দিয়ে যান।জীবাণুমুক্ত টিউবে ঝিল্লি সংরক্ষণ করুন। |
চামড়া | জীবাণুমুক্ত তুলো সোয়াব বা সার্জিক্যাল ব্লেড দিয়ে ত্বকের পৃষ্ঠকে সাবধানে স্ক্র্যাপ করুন এবং জীবাণুমুক্ত টিউবে রাখুন। |
নমুনাগুলিকে তরল নাইট্রোজেনে 3-4 ঘন্টার জন্য হিমায়িত করুন এবং তরল নাইট্রোজেন বা -80 ডিগ্রিতে দীর্ঘমেয়াদী সংরক্ষণে সংরক্ষণ করুন।শুষ্ক-বরফ সহ নমুনা শিপিং প্রয়োজন।
1. হিটম্যাপ: প্রজাতির সমৃদ্ধি ক্লাস্টারিং2. কার্যকরী জিনগুলি কেইজিজি বিপাকীয় পথগুলিতে টীকা করা হয়েছে৷3. প্রজাতির পারস্পরিক সম্পর্ক নেটওয়ার্ক4. CARD অ্যান্টিবায়োটিক প্রতিরোধী জিনের সার্কোস
বিএমকে কেস
ন্যানোপোর মেটাজেনোমিক্স ব্যাকটেরিয়া নিম্ন শ্বাসযন্ত্রের সংক্রমণের দ্রুত ক্লিনিকাল নির্ণয় সক্ষম করে
প্রকাশিত:প্রকৃতি বায়োটেকনোলজি, 2019
প্রযুক্তিগত হাইলাইট
সিকোয়েন্সিং: ন্যানোপুর মিনিয়ন
ক্লিনিকাল মেটাজেনোমিক্স বায়োইনফরমেটিক্স: হোস্ট ডিএনএ হ্রাস, WIMP এবং ARMA বিশ্লেষণ
দ্রুত সনাক্তকরণ: 6 ঘন্টা
উচ্চ সংবেদনশীলতা: 96.6%
মূল ফলাফল
2006 সালে, নিম্ন শ্বাসযন্ত্রের সংক্রমণ (LR) বিশ্বব্যাপী 3 মিলিয়ন মানুষের মৃত্যু ঘটায়।LR1 রোগজীবাণু শনাক্তকরণের সাধারণ পদ্ধতি হল চাষাবাদ, যার দুর্বল সংবেদনশীলতা, দীর্ঘ সময় ধরে চলা এবং প্রাথমিক অ্যান্টিবায়োটিক থেরাপিতে নির্দেশনার অভাব।একটি দ্রুত এবং সঠিক জীবাণু নির্ণয়ের দীর্ঘদিনের জরুরী প্রয়োজন।ইউনিভার্সিটি অফ ইস্ট অ্যাংলিয়ার ডাঃ জাস্টিন এবং তার সহযোগীরা সফলভাবে প্যাথোজেন সনাক্তকরণের জন্য একটি ন্যানোপোর-ভিত্তিক মেটাজেনমিক পদ্ধতি তৈরি করেছেন।তাদের কর্মপ্রবাহ অনুসারে, হোস্ট ডিএনএর 99.99% ক্ষয় হতে পারে।প্যাথোজেন এবং অ্যান্টিবায়োটিক প্রতিরোধী জিন সনাক্তকরণ 6 ঘন্টার মধ্যে শেষ করা যেতে পারে।
রেফারেন্স
চারালম্পাস, টি., কে, জিএল, রিচার্ডসন, এইচ., আইডিন, এ. এবং ও'গ্রাডি, জে.(2019)।ন্যানোপোর মেটাজেনোমিক্স ব্যাকটেরিয়া নিম্ন শ্বাসযন্ত্রের সংক্রমণের দ্রুত ক্লিনিকাল নির্ণয় সক্ষম করে।প্রকৃতি জৈবপ্রযুক্তি, 37(7), 1.