-
উদ্ভিদ/প্রাণী ডি নভো জিনোম সিকোয়েন্সিং
নতুনসিকোয়েন্সিং বলতে একটি রেফারেন্স জিনোমের অনুপস্থিতিতে সিকোয়েন্সিং প্রযুক্তি, যেমন PacBio, Nanopore, NGS ইত্যাদি ব্যবহার করে একটি প্রজাতির সম্পূর্ণ জিনোম নির্মাণকে বোঝায়।তৃতীয় প্রজন্মের সিকোয়েন্সিং প্রযুক্তির পঠন দৈর্ঘ্যের উল্লেখযোগ্য উন্নতি জটিল জিনোমগুলিকে একত্রিত করার নতুন সুযোগ এনেছে, যেমন উচ্চ হেটেরোজাইগোসিটি, উচ্চ পুনরাবৃত্ত অঞ্চলের অনুপাত, পলিপ্লয়েড ইত্যাদি। পুনরাবৃত্তিমূলক উপাদান, অস্বাভাবিক GC বিষয়বস্তু সহ অঞ্চল এবং অন্যান্য অত্যন্ত জটিল অঞ্চলগুলির সমাধান করা।
প্ল্যাটফর্ম: PacBio সিক্যুয়েল II / ন্যানোপোর প্রমিথিওন P48 / ইলুমিনা নোভাসেক6000
-
হাই-সি ভিত্তিক জিনোম সমাবেশ
হাই-সি হল প্রোবিং প্রক্সিমিটি-ভিত্তিক মিথস্ক্রিয়া এবং উচ্চ-থ্রুপুট সিকোয়েন্সিংকে একত্রিত করে ক্রোমোজোম কনফিগারেশন ক্যাপচার করার জন্য ডিজাইন করা একটি পদ্ধতি।এই মিথস্ক্রিয়াগুলির তীব্রতা ক্রোমোজোমের শারীরিক দূরত্বের সাথে নেতিবাচকভাবে সম্পর্কযুক্ত বলে বিশ্বাস করা হয়।অতএব, হাই-সি ডেটা একটি খসড়া জিনোমে একত্রিত সিকোয়েন্সের ক্লাস্টারিং, অর্ডারিং এবং ওরিয়েন্টিং এবং নির্দিষ্ট সংখ্যক ক্রোমোজোমের উপর নোঙ্গর করার জন্য গাইড করতে পারে।এই প্রযুক্তি জনসংখ্যা-ভিত্তিক জেনেটিক মানচিত্রের অনুপস্থিতিতে একটি ক্রোমোজোম-স্তরের জিনোম সমাবেশকে শক্তিশালী করে।প্রতিটি জিনোমের একটি হাই-সি প্রয়োজন।
প্ল্যাটফর্ম: ইলুমিনা নোভাসেক6000 / ডিএনবিএসইকিউ
-
বিবর্তনীয় জেনেটিক্স
বিবর্তনীয় জেনেটিক্স হল একটি প্যাকড সিকোয়েন্সিং পরিষেবা যা SNPs, InDels, SVs এবং CNVs সহ জেনেটিক বৈচিত্রের উপর ভিত্তি করে প্রদত্ত উপাদানগুলির বিবর্তনীয় তথ্যের একটি ব্যাপক ব্যাখ্যা প্রদানের জন্য ডিজাইন করা হয়েছে।এটি বিবর্তনীয় পরিবর্তন এবং জনসংখ্যার জিনগত বৈশিষ্ট্য, যেমন জনসংখ্যার গঠন, জিনগত বৈচিত্র্য, ফাইলোজেনি সম্পর্ক ইত্যাদি বর্ণনা করার জন্য প্রয়োজনীয় সমস্ত মৌলিক বিশ্লেষণ প্রদান করে। এতে জিন প্রবাহের উপর অধ্যয়নও রয়েছে, যা কার্যকর জনসংখ্যার আকার, অপসারণের সময় অনুমানকে শক্তিশালী করে।
-
তুলনামূলক জিনোমিক্স
তুলনামূলক জিনোমিক্সের আক্ষরিক অর্থ হল বিভিন্ন প্রজাতির সম্পূর্ণ জিনোম সিকোয়েন্স এবং কাঠামোর তুলনা করা।এই শৃঙ্খলার লক্ষ্য হল প্রজাতির বিবর্তন, জিনের কার্যকারিতা, জিনোম স্তরে জিন নিয়ন্ত্রক প্রক্রিয়া প্রকাশ করা এবং বিভিন্ন প্রজাতির মধ্যে সংরক্ষিত বা পার্থক্যকারী ক্রম কাঠামো এবং উপাদানগুলি সনাক্ত করা।সাধারণ তুলনামূলক জিনোমিক্স অধ্যয়নের মধ্যে জিন পরিবারের বিশ্লেষণ, বিবর্তনীয় বিকাশ, সম্পূর্ণ জিনোম অনুলিপি, নির্বাচনী চাপ ইত্যাদি অন্তর্ভুক্ত থাকে।
-
বাল্কড সেগ্রিগ্যান্ট বিশ্লেষণ
বাল্কড সেগ্রিগ্যান্ট অ্যানালাইসিস (বিএসএ) হল একটি কৌশল যা ফিনোটাইপ সম্পর্কিত জেনেটিক মার্কারগুলিকে দ্রুত সনাক্ত করার জন্য নিযুক্ত করা হয়।বিএসএ-এর প্রধান কর্মপ্রবাহের মধ্যে রয়েছে অত্যন্ত বিরোধী ফেনোটাইপযুক্ত ব্যক্তিদের দুটি গ্রুপ নির্বাচন করা, সমস্ত ব্যক্তির ডিএনএ একত্রিত করে দুইটি বাল্ক ডিএনএ গঠন করা, দুটি পুলের মধ্যে ডিফারেনশিয়াল সিকোয়েন্স চিহ্নিত করা।এই কৌশলটি উদ্ভিদ/প্রাণীর জিনোমে লক্ষ্যযুক্ত জিন দ্বারা দৃঢ়ভাবে যুক্ত জেনেটিক মার্কার সনাক্ত করার জন্য ব্যাপকভাবে নিযুক্ত করা হয়েছে।
