DNA/RNA সিকোয়েন্সিং -PacBio সিকোয়েন্সার
বৈশিষ্ট্য
PacBio সিকোয়েন্সারে দুটি সিকোয়েন্সিং মোড: কন্টিনিউয়াস লং রিড (সিএলআর) এবং সার্কুলার কনসেনসাস রিড (সিসিএস)
| সিকোয়েন্সিং মোড | লাইব্রেরির আকার | তাত্ত্বিক তথ্যফলন (প্রতি সেল) | একক-বেসসঠিকতা | অ্যাপ্লিকেশন |
| সিএলআর | 20Kb, 30Kb, ইত্যাদি | 80 জিবি থেকে 130 জিবি | প্রায়.৮৫% | নতুন, SV কলিং, ইত্যাদি |
| সিসিএস | 15-20 Kb | 14 থেকে 40 জিবি/সেল (সিক্যুয়েল II) 70 থেকে 110 জিবি/সেল (রিভিও) নমুনার উপর নির্ভর করে | প্রায়.99% | নতুন, SNP/Indel/SV কলিং, Iso-Seq, |
Revio এবং Sequel II-এর পারফরম্যান্স এবং বৈশিষ্ট্যের তুলনা
| শর্তাবলী | সিক্যুয়েল II সিস্টেম | রিভিও সিস্টেম | বৃদ্ধি |
| উচ্চ ঘনত্ব | 8 মিলিয়ন ZMW | 25 মিলিয়ন ZMW | 3x |
| স্বাধীন পর্যায় | 1 | 4 | 4x |
| সংক্ষিপ্ত রান সময় | 30 ঘন্টা | ২ 4 ঘন্টা | 1.25x |
| 30X হাইফাই মানব জিনোম / বছর | 88 | 1,300 | 1সামগ্রিকভাবে 5x |
পরিষেবার সুবিধা
● PacBio সিকোয়েন্সিং প্ল্যাটফর্মে 8 বছরের বেশি অভিজ্ঞতা বিভিন্ন প্রজাতির সহ হাজার হাজার বন্ধ প্রকল্পের সাথে।
● পর্যাপ্ত সিকোয়েন্সিং থ্রুপুট গ্যারান্টি দিতে সাম্প্রতিক PacBio সিকোয়েন্সিং প্ল্যাটফর্মের সাথে সম্পূর্ণভাবে সজ্জিত, Revio।
● দ্রুত ঘোরানো সময়, উচ্চতর ডেটা ফলন এবং আরও সঠিক ডেটা।
● শত শত উচ্চ-প্রভাবিত PacBio-ভিত্তিক প্রকাশনায় অবদান।
নমুনা প্রয়োজনীয়তা
| নমুনার ধরন | পরিমাণ | ঘনত্ব (Qubit®) | আয়তন | বিশুদ্ধতা | অন্যান্য |
| জিনোমিক ডিএনএ | ডেটা প্রয়োজনীয়তার উপর নির্ভর করে | ≥50 ng/μl | ≥15μl | OD260/280=1.7-2.2; OD260/230=1.8-2.5； 260 nm এ পরিষ্কার শিখর,কোন দূষণ | ঘনত্ব Qubit এবং Qubit/Nanopore = 0.8-2.5 দ্বারা পরিমাপ করা প্রয়োজন |
| মোট আরএনএ | ≥1.2μg | ≥120 ng/μl | ≥15μl | OD260/280=1.7-2.5; OD260/230=0.5-2.5；কোন দূষণ | RIN মান ≥7.5 5≥28S/18S≥1 |
পরিষেবা কর্মপ্রবাহ
নমুনা প্রস্তুতি
গ্রন্থাগার নির্মাণ
সিকোয়েন্সিং
তথ্য বিশ্লেষণ
প্রজেক্ট ডেলিভারি
1. ইন-হাউস ডেটা ফলন
63টি সিসিএস কোষ থেকে (26টি প্রজাতি থেকে) ডেটা তৈরি করা হয়েছে
| ডেটা-PacBio-CCS-15 Kb | গড় | সর্বোচ্চ | মিন | মধ্যমা |
| ফলন - সাবরিড (Gb) | 421.12 | 544.27 | 221.38 | 426.58 |
| Yiled - CCS(Gb) | 25.93 | 38.59 | 10.86 | 25.43 |
| পলিমারেজ N50 | 145,651 | 175,430 | 118,118 | 144,689 |
| সাবব্রেড N50 | 17,509 | 23,924 | 12,485 | 17,584 |
| CCS N50 | 14,490 | 19,034 | ৯,৮৭৬ | 14,747 |
| গড় দৈর্ঘ্য-পলিমারেজ | 67,995 | ৮৯,৩৭৯ | 49,664 | ৬৬,৪৩৩ |
| গড় দৈর্ঘ্য-সাবব্রেড | 15,866 | 21,036 | 11,657 | 16,012 |
| গড় দৈর্ঘ্য-CCS | 14,489 | 19,074 | 8,575 | 14,655 |
16টি CLR কোষ থেকে (76টি প্রজাতি থেকে) ডেটা তৈরি করা হয়েছে
| DATA-PacBio-CLR-30Kb | গড় | সর্বোচ্চ | মিন | মধ্যমা |
| ফলন - সাবরিড (Gb) | 142.20 | 291.40 | 50.55 | 142.49 |
| পলিমারেজ N50 | 39,456 | 121,191 | 15,389 | 35,231 |
| সাবব্রেড N50 | 28,490 | 41,012 | 14,430 | ২৯,০৬৩ |
| গড় দৈর্ঘ্য-পলিমারেজ | 22,063 | 48,886 | ৮,৭৪৭ | 21,555 |
| গড় দৈর্ঘ্য-সাবব্রেড | 17,720 | 27,225 | 8,293 | 17,779 |
2. ডেটা QC - ডেমোতথ্য ফলন পরিসংখ্যান
| নমুনা | ccs পড়ার সংখ্যা | মোট সিসি বেস (বিপি) | ccs রিডস N50 (bp) | ccs গড় দৈর্ঘ্য (bp) | ccs দীর্ঘতম পঠিত (bp) | সাবরিড বেস (বিপি) | সিসি রেট(%) |
| PB_BMKxxx | ৩,৪৪৪,১৫৯ | 54,164,122,586 | 15,728 | 15,726 | 36,110 | 863,326,330,465 | 6.27 |
