● দীর্ঘ-পঠিত 16S/18S/ITS-এর পূর্ণ-দৈর্ঘ্যের ক্রম প্রকাশ করে
● PacBio CCS মোড সিকোয়েন্সিং সহ অত্যন্ত নির্ভুল বেস কলিং
● OTU/ASV টীকাতে প্রজাতি-স্তরের রেজোলিউশন
● সর্বশেষ QIIME2 ডাটাবেস, টীকা, OTU/ASV এর পরিপ্রেক্ষিতে বিভিন্ন বিশ্লেষণের সাথে বিশ্লেষণের প্রবাহ।
● বিভিন্ন অণুজীব সম্প্রদায় অধ্যয়নের জন্য প্রযোজ্য
● BMK 100,000-এর বেশি নমুনা/বছর, মাটি, জল, গ্যাস, স্লাজ, মল, অন্ত্র, ত্বক, গাঁজন ঘোল, পোকামাকড়, গাছপালা ইত্যাদির সাথে বিস্তৃত অভিজ্ঞতার মালিক।
● BMKCloud 45টি ব্যক্তিগতকৃত বিশ্লেষণ সরঞ্জাম সহ ডেটা ব্যাখ্যার সুবিধা
সিকোয়েন্সিংপ্ল্যাটফর্ম | লাইব্রেরি | প্রস্তাবিত ডেটা | টার্নরাউন্ড টাইম |
PacBio সিক্যুয়েল II | SMRT-ঘণ্টা | 5K/10K/20K ট্যাগ | 44 কর্মদিবস |
● কাঁচা ডেটা মান নিয়ন্ত্রণ
● OTU ক্লাস্টারিং/ডি-নোইজ(ASV)
● OTU টীকা
● আলফা বৈচিত্র্য
● বিটা বৈচিত্র্য
● আন্তঃগ্রুপ বিশ্লেষণ
● পরীক্ষামূলক কারণের বিরুদ্ধে অ্যাসোসিয়েশন বিশ্লেষণ
● ফাংশন জিন পূর্বাভাস
জন্যডিএনএ নির্যাস:
নমুনার ধরন | পরিমাণ | একাগ্রতা | বিশুদ্ধতা |
ডিএনএ নির্যাস | 1 μg | 20 ng/μl | OD260/280= 1.6-2.5 |
পরিবেশগত নমুনার জন্য:
নমুনার ধরন | প্রস্তাবিত নমুনা পদ্ধতি |
মাটি | নমুনার পরিমাণ: প্রায়।5 গ্রাম;অবশিষ্ট শুকনো পদার্থ পৃষ্ঠ থেকে অপসারণ করা প্রয়োজন;বড় টুকরা পিষে এবং 2 মিমি ফিল্টার মাধ্যমে পাস;সংরক্ষণের জন্য জীবাণুমুক্ত EP-টিউব বা সাইরোটিউবে অ্যালিকোট নমুনা। |
মল | নমুনার পরিমাণ: প্রায়।5 গ্রাম;সংরক্ষণের জন্য জীবাণুমুক্ত ইপি-টিউব বা ক্রায়োটিউবে নমুনা সংগ্রহ এবং অ্যালিকোট করুন। |
অন্ত্রের বিষয়বস্তু | অ্যাসেপটিক অবস্থার অধীনে নমুনাগুলি প্রক্রিয়া করা দরকার।PBS সঙ্গে সংগৃহীত টিস্যু ধোয়া;পিবিএসকে সেন্ট্রিফিউজ করুন এবং ইপি-টিউবে প্রিপিপিট্যান্ট সংগ্রহ করুন। |
কর্দম | নমুনার পরিমাণ: প্রায়।5 গ্রাম;সংরক্ষণের জন্য জীবাণুমুক্ত ইপি-টিউব বা ক্রায়োটিউবে অ্যালিকোট স্লাজের নমুনা সংগ্রহ করুন |
পানি শরীর | সীমিত পরিমাণে মাইক্রোবিয়ালের নমুনার জন্য, যেমন ট্যাপের জল, কূপের জল, ইত্যাদি, কমপক্ষে 1 লিটার জল সংগ্রহ করুন এবং ঝিল্লিতে মাইক্রোবিয়ালকে সমৃদ্ধ করতে 0.22 μm ফিল্টারের মধ্য দিয়ে যান।জীবাণুমুক্ত টিউবে ঝিল্লি সংরক্ষণ করুন। |
চামড়া | জীবাণুমুক্ত তুলো সোয়াব বা সার্জিক্যাল ব্লেড দিয়ে ত্বকের পৃষ্ঠকে সাবধানে স্ক্র্যাপ করুন এবং জীবাণুমুক্ত টিউবে রাখুন। |
নমুনাগুলিকে তরল নাইট্রোজেনে 3-4 ঘন্টার জন্য হিমায়িত করুন এবং তরল নাইট্রোজেন বা -80 ডিগ্রিতে দীর্ঘমেয়াদী সংরক্ষণে সংরক্ষণ করুন।শুষ্ক-বরফ সহ নমুনা শিপিং প্রয়োজন।
1. V3+V4(ইলুমিনা)-ভিত্তিক মাইক্রোবিয়াল কমিউনিটি প্রোফাইলিং বনাম পূর্ণ-দৈর্ঘ্য (PacBio)-ভিত্তিক প্রোফাইলিং-এর টীকা হার।
(30টি এলোমেলোভাবে বাছাই করা প্রকল্পের ডেটা পরিসংখ্যানের জন্য প্রয়োগ করা হয়েছিল)
2.বিভিন্ন নমুনা প্রকারে প্রজাতি-স্তরে পূর্ণ-দৈর্ঘ্যের অ্যামপ্লিকন সিকোয়েন্সিংয়ের টীকা হার
3. প্রজাতি বিতরণ
4.ফাইলোজেনেটিক গাছ
বিএমকে কেস
আর্সেনিক এক্সপোজার অন্ত্রের বাধা ক্ষতি এবং এর ফলে অন্ত্র-লিভার অক্ষের সক্রিয়তা প্ররোচিত করে যা হাঁসের মধ্যে লিভারের প্রদাহ এবং পাইরোপ্টোসিসের দিকে পরিচালিত করে
প্রকাশিত:মোট পরিবেশের বিজ্ঞান,2021
সিকোয়েন্সিং কৌশল:
নমুনা: নিয়ন্ত্রণ বনাম 8 মিলিগ্রাম/কেজি ATO উন্মুক্ত গ্রুপ
সিকোয়েন্সিং ডেটা ইল্ড: মোট 102,583 কাঁচা CCS সিকোয়েন্স
নিয়ন্ত্রণ: 54,518 ± 747 কার্যকর সিসিএস
ATO- উন্মুক্ত : 45,050 ± 1675 কার্যকরী CCS
মূল ফলাফল
আলফা বৈচিত্র্য:ATO এক্সপোজার উল্লেখযোগ্যভাবে হাঁসের মধ্যে অন্ত্রের মাইক্রোবিয়াল সমৃদ্ধি এবং বৈচিত্র্য পরিবর্তন করেছে।
মেটাস্ট্যাট বিশ্লেষণ:
ফাইলাম স্তরে: 2টি ব্যাকটেরিয়া ফাইলা শুধুমাত্র নিয়ন্ত্রণ গ্রুপে সনাক্ত করা হয়েছে
জিনাস স্তরে: 6টি জেনার আপেক্ষিক প্রাচুর্যের মধ্যে উল্লেখযোগ্যভাবে আলাদা পাওয়া গেছে
প্রজাতির স্তরে: মোট 36টি প্রজাতি শনাক্ত করা হয়েছিল, যার মধ্যে 6টি রিলেভিভ প্রাচুর্যে উল্লেখযোগ্যভাবে আলাদা
রেফারেন্স
Thingholm, LB, et al."টাইপ 2 ডায়াবেটিস সহ এবং ছাড়া স্থূল ব্যক্তিরা বিভিন্ন অন্ত্রের মাইক্রোবিয়াল কার্যকরী ক্ষমতা এবং গঠন দেখায়।"সেল হোস্ট এবং মাইক্রোব26.2 (2019)।