● পরিবেশগত নমুনাগুলিতে জীবাণু গঠনের বিচ্ছিন্নতা-মুক্ত এবং দ্রুত সনাক্তকরণ
● পরিবেশগত নমুনাগুলিতে কম-প্রচুর উপাদানগুলিতে উচ্চ রেজোলিউশন
● সর্বশেষ QIIME2 ডাটাবেস, টীকা, OTU/ASV এর পরিপ্রেক্ষিতে বিভিন্ন বিশ্লেষণের সাথে বিশ্লেষণের প্রবাহ।
● উচ্চ-থ্রুপুট, উচ্চ নির্ভুলতা
● বিভিন্ন অণুজীব সম্প্রদায় অধ্যয়নের জন্য প্রযোজ্য
● BMK 100,000-এর বেশি নমুনা/বছর, মাটি, জল, গ্যাস, স্লাজ, মল, অন্ত্র, ত্বক, গাঁজন ঘোল, পোকামাকড়, গাছপালা ইত্যাদির সাথে বিস্তৃত অভিজ্ঞতার মালিক।
● BMKCloud 45টি ব্যক্তিগতকৃত বিশ্লেষণ সরঞ্জাম সহ ডেটা ব্যাখ্যার সুবিধা
সিকোয়েন্সিংপ্ল্যাটফর্ম | লাইব্রেরি | প্রস্তাবিত তথ্য ফলন | আনুমানিক ঘূর্ণায়মান সময় |
ইলুমিনা নোভাসেক প্ল্যাটফর্ম | PE250 | 50K/100K/300K ট্যাগ | 30 দিন |
● কাঁচা ডেটা মান নিয়ন্ত্রণ
● OTU ক্লাস্টারিং/ডি-নোইজ(ASV)
● OTU টীকা
● আলফা বৈচিত্র্য
● বিটা বৈচিত্র্য
● আন্তঃগ্রুপ বিশ্লেষণ
● পরীক্ষামূলক কারণের বিরুদ্ধে অ্যাসোসিয়েশন বিশ্লেষণ
● ফাংশন জিন পূর্বাভাস
জন্যডিএনএ নির্যাস:
নমুনার ধরন | পরিমাণ | একাগ্রতা | বিশুদ্ধতা |
ডিএনএ নির্যাস | 30 এনজি | 1 এনজি/μl | OD260/280= 1.6-2.5 |
পরিবেশগত নমুনার জন্য:
নমুনার ধরন | প্রস্তাবিত নমুনা পদ্ধতি |
মাটি | নমুনার পরিমাণ: প্রায়।5 গ্রাম;অবশিষ্ট শুকনো পদার্থ পৃষ্ঠ থেকে অপসারণ করা প্রয়োজন;বড় টুকরা পিষে এবং 2 মিমি ফিল্টার মাধ্যমে পাস;সংরক্ষণের জন্য জীবাণুমুক্ত EP-টিউব বা সাইরোটিউবে অ্যালিকোট নমুনা। |
মল | নমুনার পরিমাণ: প্রায়।5 গ্রাম;সংরক্ষণের জন্য জীবাণুমুক্ত ইপি-টিউব বা ক্রায়োটিউবে নমুনা সংগ্রহ এবং অ্যালিকোট করুন। |
অন্ত্রের বিষয়বস্তু | অ্যাসেপটিক অবস্থার অধীনে নমুনাগুলি প্রক্রিয়া করা দরকার।PBS সঙ্গে সংগৃহীত টিস্যু ধোয়া;পিবিএসকে সেন্ট্রিফিউজ করুন এবং ইপি-টিউবে প্রিপিপিট্যান্ট সংগ্রহ করুন। |
কর্দম | নমুনার পরিমাণ: প্রায়।5 গ্রাম;সংরক্ষণের জন্য জীবাণুমুক্ত ইপি-টিউব বা ক্রায়োটিউবে অ্যালিকোট স্লাজের নমুনা সংগ্রহ করুন |
পানি শরীর | সীমিত পরিমাণে মাইক্রোবিয়ালের নমুনার জন্য, যেমন ট্যাপের জল, কূপের জল, ইত্যাদি, কমপক্ষে 1 লিটার জল সংগ্রহ করুন এবং ঝিল্লিতে মাইক্রোবিয়ালকে সমৃদ্ধ করতে 0.22 μm ফিল্টারের মধ্য দিয়ে যান।জীবাণুমুক্ত টিউবে ঝিল্লি সংরক্ষণ করুন। |
চামড়া | জীবাণুমুক্ত তুলো সোয়াব বা সার্জিক্যাল ব্লেড দিয়ে ত্বকের পৃষ্ঠকে সাবধানে স্ক্র্যাপ করুন এবং জীবাণুমুক্ত টিউবে রাখুন। |
নমুনাগুলিকে তরল নাইট্রোজেনে 3-4 ঘন্টার জন্য হিমায়িত করুন এবং তরল নাইট্রোজেন বা -80 ডিগ্রিতে দীর্ঘমেয়াদী সংরক্ষণে সংরক্ষণ করুন।শুষ্ক-বরফ সহ নমুনা শিপিং প্রয়োজন।
1. প্রজাতি বিতরণ
2.তাপ মানচিত্র: প্রজাতির সমৃদ্ধি ক্লাস্টারিং
3. বিরল উপদল বক্ররেখা
4.NMDS বিশ্লেষণ
5.Lefse বিশ্লেষণ
বিএমকে কেস
টাইপ 2 ডায়াবেটিস সহ এবং ব্যতীত স্থূল ব্যক্তিরা বিভিন্ন অন্ত্রের মাইক্রোবিয়াল কার্যকরী ক্ষমতা এবং গঠন দেখায়
প্রকাশিত:সেল হোস্ট এবং মাইক্রোব, 2019
সিকোয়েন্সিং কৌশল:
চর্বিহীন অ-ডায়াবেটিস (n=633);স্থূল অ-ডায়াবেটিস (n=494);স্থূল-টাইপ 2 ডায়াবেটিস (n=153);
লক্ষ্য অঞ্চল: 16S rDNA V1-V2
প্ল্যাটফর্ম: ইলুমিনা মিসেক (এনজিএস-ভিত্তিক অ্যামপ্লিকন সিকোয়েন্সিং)
ডিএনএ নির্যাসের উপসেট ইলুমিনা হিসেকে মেটাজেনমিক সিকোয়েন্সিংয়ের শিকার হয়েছিল
মূল ফলাফল
এই বিপাকীয় রোগগুলির মাইক্রোবিয়াল প্রোফাইলিংগুলি সফলভাবে পৃথক করা হয়েছিল।
16S সিকোয়েন্সিং দ্বারা উত্পন্ন মাইক্রোবিয়াল বৈশিষ্ট্যগুলির তুলনা করে, স্থূলতা মাইক্রোবিয়াল গঠনের পরিবর্তন, স্বতন্ত্র বৈশিষ্ট্য, বিশেষ করে আকেরম্যানসিয়া, ফেক্যালিব্যাকটেরিয়াম, অসিলিব্যাক্টর, অ্যালিস্টিপস ইত্যাদির উল্লেখযোগ্য হ্রাসের সাথে যুক্ত পাওয়া গেছে। উপরন্তু, T2D Escherichia/shigella বৃদ্ধির সাথে যুক্ত পাওয়া গেছে। .
রেফারেন্স
Thingholm, LB, et al."টাইপ 2 ডায়াবেটিস সহ এবং ছাড়া স্থূল ব্যক্তিরা বিভিন্ন অন্ত্রের মাইক্রোবিয়াল কার্যকরী ক্ষমতা এবং গঠন দেখায়।"সেল হোস্ট এবং মাইক্রোব26.2 (2019)।