Висока ефективност на откриване на маркери- Технологията за секвениране с висока производителност подпомага SLAF-Seq при откриването на стотици хиляди тагове в целия геном.
Ниска зависимост от генома- Може да се прилага към видове със или без референтен геном.
Дизайн на гъвкава схема- Храносмилане с един ензим, с два ензима, с много ензими и различни видове ензими, всички могат да бъдат избрани за постигане на различни изследователски цели или видове.Предварителната оценка in silico се използва, за да се осигури оптимален ензимен дизайн.
Ефективно ензимно храносмилане- Беше проведен предварителен експеримент за оптимизиране на условията, което прави официалния експеримент стабилен и надежден.Ефективността на събиране на фрагменти може да достигне над 95%.
Равномерно разпределени SLAF тагове- SLAF таговете са равномерно разпределени във всички хромозоми в най-голяма степен, постигайки средно 1 SLAF на 4 kb.
Ефективно избягване на повторения- Повтарящата се последователност в SLAF-Seq данните е намалена до по-малко от 5%, особено при видове с високо ниво на повторения, като пшеница, царевица и др.
Богат опит-Над 2000 затворени SLAF-Seq проекта за стотици видове, обхващащи растения, бозайници, птици, насекоми, водни организми и др.
Самостоятелно разработен биоинформационен работен процес- Интегриран биоинформационен работен процес за SLAF-Seq е разработен от BMKGENE, за да се гарантира надеждност и точност на крайния резултат.
Платформа | Конц. (ng/gl) | Обща сума (ug) | OD260/280 |
Illumina NovaSeq | >35 | >1.6(Том>15μl) | 1,6-2,5 |
Дълбочина на секвениране: 10X/Tag
Размер на генома | Препоръчителни етикети SLAF |
< 500 Mb | 100K или WGS |
500 Mb- 1 Gb | 100 К |
1 Gb -2 Gb | 200 К |
Гигантски или сложни геноми | 300 - 400K |
Приложения
| Препоръчва се Мащаб на населението
| Стратегия за последователност и дълбочина
| |
Дълбочина
| Номер на етикет
| ||
GWAS
| Номер на пробата ≥ 200
| 10X
|
Според размер на генома
|
Генетична еволюция
| Индивиди на всеки подгрупа ≥ 10; общо проби ≥ 30
| 10X
|
Контейнер: центрофужна епруветка от 2 ml
За повечето проби препоръчваме да не се съхраняват в етанол.
Етикетиране на проби: Пробите трябва да бъдат ясно етикетирани и идентични с представения формуляр с информация за пробата.
Пратка: Сух лед: Пробите трябва първо да бъдат опаковани в торби и заровени в сух лед.
1. Статистика на резултата от картата
2. Разработване на SLAF маркер
3. Вариационна анотация
година | Журнал | IF | Заглавие | Приложения |
2022 г | Комуникации с природата | 17,694 | Геномна основа на гига-хромозомите и гига-генома на дървесния божур Paeonia ostii | SLAF-GWAS |
2015 г | Нов фитолог | 7,433 | Отпечатъците от опитомяване закрепват геномни региони от агрономическо значение в соя | SLAF-GWAS |
2022 г | Вестник за напреднали изследвания | 12,822 | Изкуствени интрогресии на Gossypium barbadense в целия геном в G. hirsutum разкриват превъзходни локуси за едновременно подобряване на качеството и добива на памучни влакна черти | SLAF-Еволюционна генетика |
2019 г | Молекулярно растение | 10.81 | Популационният геномен анализ и сглобяването на De Novo разкриват произхода на Weedy Оризът като еволюционна игра | SLAF-Еволюционна генетика |
2019 г | Природна генетика | 31,616 | Геномна последователност и генетично разнообразие на обикновения шаран, Cyprinus carpio | SLAF-Карта на свързване |
2014 г | Природна генетика | 25,455 | Геномът на култивирания фъстък дава представа за кариотипите на бобовите растения, полиплоид еволюция и опитомяване на културите. | SLAF-Карта на свързване |
2022 г | Вестник за растителна биотехнология | 9,803 | Идентифицирането на ST1 разкрива селекция, включваща промяна на морфологията на семената и съдържание на масло по време на опитомяването на соята | Разработка на SLAF-Маркер |
2022 г | Международен журнал за молекулярни науки | 6.208 | Идентифициране и развитие на ДНК маркер за пшеница-Leymus mollis 2Ns (2D) Дисомична хромозомна субституция | Разработка на SLAF-Маркер |