-
Имунопреципитационно секвениране на хроматин (ChIP-seq)
ChIP-Seq осигурява профилиране в целия геном на ДНК цели за модификация на хистони, транскрипционни фактори и други свързани с ДНК протеини.Той съчетава селективността на имунопреципитацията на хроматин (ChIP) за възстановяване на специфични комплекси протеин-ДНК със силата на секвенирането от следващо поколение (NGS) за високопроизводително секвениране на възстановената ДНК.Освен това, тъй като комплексите протеин-ДНК се възстановяват от живи клетки, местата на свързване могат да бъдат сравнени в различни типове клетки и тъкани или при различни условия.Приложенията варират от регулация на транскрипцията до пътища на развитие до механизми на заболяването и не само.
Платформа: Платформа Illumina NovaSeq
-
Метагеномно секвениране -NGS
Метагеномът се отнася до колекция от общ генетичен материал на смесена общност от организми, като метагеном на околната среда, човешки метагеном и т.н. Той съдържа геноми както на култивируеми, така и на некултивируеми микроорганизми.Метагеномното секвениране е молекулярен инструмент, използван за анализ на смесените геномни материали, извлечени от проби от околната среда, който предоставя подробна информация за разнообразието и изобилието на видовете, структурата на популацията, филогенетична връзка, функционални гени и корелационна мрежа с фактори на околната среда.
Платформа:Платформа Illumina NovaSeq
-
Метагеномно секвениране-нанопора
Метагеномиката е молекулярен инструмент, използван за анализ на смесени геномни материали, извлечени от проби от околната среда, който предоставя подробна информация за разнообразието и изобилието на видовете, структурата на популацията, филогенетична връзка, функционални гени и корелационна мрежа с фактори на околната среда и т.н. Наскоро бяха въведени платформи за секвениране на нанопори към метагеномни изследвания.Неговата изключителна производителност в дължината на четене до голяма степен подобри метагеномния анализ надолу по веригата, особено сглобяването на метагеном.Възползвайки се от предимствата на дължината на четене, базираното на нанопори метагеномно изследване е в състояние да постигне по-непрекъснато сглобяване в сравнение с метагеномиката на пушка.Публикувано е, че базираната на нанопори метагеномика успешно генерира пълни и затворени бактериални геноми от микробиоми (Moss, EL, et. al,Nature Biotech, 2020 г.)
Платформа:Нанопора PromethION P48
-
Бисулфитно секвениране на целия геном
Метилирането на ДНК на петата позиция в цитозина (5-mC) има фундаментално влияние върху генната експресия и клетъчната активност.Анормалните модели на метилиране са свързани с няколко състояния и заболявания, като рак.WGBS се превърна в златен стандарт за изучаване на метилиране в целия геном при разделителна способност с една база.
Платформа: Платформа Illumina NovaSeq
-
Анализ за транспозаза-достъпен хроматин с високопроизводително секвениране (ATAC-seq)
ATAC-seq е високопроизводителен метод за секвениране за анализ на достъпността на хроматина в целия геном, което е важно за глобалния епигенетичен контрол на генната експресия.Секвениращите адаптери се вмъкват в отворени хроматинови региони чрез хиперактивна Tn5 транспозаза.След PCR амплификация се конструира библиотека за секвениране.Всички отворени хроматинови региони могат да бъдат получени при специфични пространствено-времеви условия, не само ограничени до местата на свързване на транскрипционен фактор или определен хистоново модифициран регион.
-
16S/18S/ITS ампликонно секвениране-PacBio
Субединицата на 16S и 18S rRNA, съдържаща както силно запазени, така и хипер-променливи региони, е перфектен молекулярен отпечатък за идентифициране на прокариотни и еукариотни организми.Възползвайки се от секвенирането, тези ампликони могат да бъдат насочени въз основа на запазените части и хипер-променливите региони могат да бъдат напълно характеризирани за микробна идентификация, допринасяйки за проучвания, обхващащи анализ на микробното разнообразие, таксономия, филогенеза и т.н. Едномолекулно реално време (SMRT ) секвенирането на платформата PacBio позволява получаване на високоточни дълги четения, които могат да покрият ампликони с пълна дължина (приблизително 1,5 Kb).Разширеният изглед на генетичното поле значително подобри разделителната способност в анотацията на видовете в общността на бактерии или гъбички.
Платформа:PacBio Продължение II
-
16S/18S/ITS ампликонно секвениране-NGS
Секвенирането на 16S/18S/ITS ампликони има за цел да разкрие филогенеза, таксономия и изобилие на видове в микробна общност чрез изследване на PCR продукти на домакински генетични маркери, които съдържат както силно конверсирани, така и хиперпроменливи части.Въвеждането на тези перфектни молекулни пръстови отпечатъци от Woeses et al (1977) дава възможност за профилиране на микробиоми без изолация.Секвенирането на 16S (бактерии), 18S (гъбички) и вътрешно транскрибиран спейсър (ITS, гъбички) позволява идентифициране както на разпространени видове, така и на редки и неидентифицирани видове.Тази технология се превърна в широко прилаган и основен инструмент за идентифициране на различен микробен състав в различни среди, като човешка уста, черва, изпражнения и др.
Платформа:Платформа Illumina NovaSeq
-
Повторно секвениране на целия геном на бактерии и гъбички
Повторното секвениране на целия геном на бактерии и гъбички е критичен инструмент за завършване на геномите на известни бактерии и гъбички, както и за сравняване на множество геноми или за картографиране на геноми на нови организми.От голямо значение е да се секвенират цели геноми на бактерии и гъбички, за да се генерират точни референтни геноми, да се направи микробна идентификация и други сравнителни геномни изследвания.
Платформа: Платформа Illumina NovaSeq
-
PacBio-пълна дължина 16S/18S/ITS секвениране на ампликони
Платформата Amplicon (16S/18S/ITS) е разработена с дългогодишен опит в анализа на проекти за микробно разнообразие, който съдържа стандартизиран основен анализ и персонализиран анализ: основният анализ обхваща основното съдържание на анализ на настоящите микробни изследвания, съдържанието на анализа е богато и изчерпателно, и резултатите от анализа се представят под формата на доклади по проекта;Съдържанието на персонализирания анализ е разнообразно.Пробите могат да се избират и параметрите могат да се задават гъвкаво според основния доклад за анализ и изследователската цел, за да се реализират персонализирани изисквания.Операционна система Windows, проста и бърза.
-
PacBio-транскриптом с пълна дължина (нереферентен)
Вземайки данни за секвениране на изоформи на Pacific Biosciences (PacBio) като вход, това приложение може да идентифицира последователности на преписи в пълна дължина (без сглобяване).Чрез картографиране на последователности с пълна дължина срещу референтен геном, транскриптите могат да бъдат оптимизирани чрез известни гени, транскрипти, кодиращи региони и т.н. В този случай може да се постигне по-точна идентификация на mRNA структури, като алтернативно снаждане и т.н.Съвместният анализ с данните за секвениране на NGS транскриптоми позволява по-изчерпателна анотация и по-точно количествено определяне на експресията на ниво транскрипт, което до голяма степен облагодетелства диференциалната експресия надолу по веригата и функционалния анализ.
-
Секвениране на бисулфит с намалено представяне (RRBS)
Изследванията на ДНК метилирането винаги са били гореща тема в изследванията на болестите и са тясно свързани с генната експресия и фенотипичните черти.RRBS е точен, ефикасен и икономичен метод за изследване на ДНК метилиране.Обогатяването на промоторни и CpG островни региони чрез ензимно разцепване (Msp I), комбинирано с бисулфитно секвениране, осигурява откриване на ДНК метилиране с висока разделителна способност.
Платформа: Платформа Illumina NovaSeq
-
Секвениране на прокариотна иРНК
Секвенирането на иРНК дава възможност за цялостно профилиране на всички транскрипти на иРНК в клетките при специфични условия.Тази авангардна технология служи като мощен инструмент, разкриващ сложни профили на генна експресия, генни структури и молекулярни механизми, свързани с различни биологични процеси.Широко прието във фундаменталните изследвания, клиничната диагностика и разработването на лекарства, секвенирането на иРНК предлага прозрения в тънкостите на клетъчната динамика и генетичната регулация.Нашата обработка на проби от прокариотна иРНК е пригодена за прокариотни транскриптоми, включваща изчерпване на рРНК и подготовка на насочена библиотека.
Платформа: Illumina NovaSeq X
