-
Секвениране на едноядрена РНК
Напредъкът в улавянето на единична клетка и техниката за конструиране на индивидуална библиотека, комбинирана с високопроизводително секвениране, позволява изследвания на генната експресия на база клетка по клетка.Той дава възможност за по-задълбочен и пълен системен анализ на сложни клетъчни популации, при който до голяма степен избягва маскирането на тяхната хетерогенност чрез вземане на средна стойност за всички клетки.
Въпреки това, някои клетки не са подходящи за приготвяне на едноклетъчна суспензия, така че са необходими други методи за приготвяне на проби – извличане на ядра от тъкани, т.е. ядрото се извлича директно от тъканите или клетката и се приготвя в едноядрена суспензия за единични клетъчно секвениране.
BMK предоставя 10× Genomics ChromiumTM базирана услуга за секвениране на РНК на една клетка.Тази услуга е широко използвана в проучвания на изследвания, свързани със заболявания, като диференциация на имунни клетки, туморна хетерогенност, развитие на тъкани и др.
Пространствен транскриптомен чип: 10 × Genomics
Платформа: Платформа Illumina NovaSeq
-
Секвениране на целия геном на растение/животно
Повторното секвениране на целия геном, известно още като WGS, дава възможност за разкриване както на често срещани, така и на редки мутации в целия геном, включително единичен нуклеотиден полиморфизъм (SNP), инсерционна делеция (InDel), вариация на структурата (SV) и вариация на броя на копията (CNV). ).SV съставляват по-голяма част от вариационната база от SNP и имат по-голямо въздействие върху генома, което има значителен ефект върху живите организми.Ресеквенирането на дълго четене позволява по-прецизна идентификация на големи фрагменти и сложни вариации, тъй като дългите четения улесняват много хромозомното пресичане на сложни региони, като тандемни повторения, GC/AT-богати региони и хипер-променливи региони.
Платформа: Illumina, PacBio, Nanopore
-
BMKMANU S1000 пространствен транскриптом
Пространствената транскриптомика стои в челните редици на научните иновации, като дава възможност на изследователите да се впуснат в сложни модели на генна експресия в тъканите, като същевременно запазват техния пространствен контекст.Сред различни платформи BMKGene разработи BMKManu S1000 Spatial Transcriptome Chip, който се гордее сподобрена резолюцияот 5 µM, достигайки субклетъчния обхват и позволявайкимногостепенни настройки за резолюция.Чипът S1000, включващ приблизително 2 милиона петна, използва микроямки, наслоени с перли, заредени с пространствено баркодирани улавящи сонди.cDNA библиотека, обогатена с пространствени баркодове, се приготвя от чипа S1000 и впоследствие се секвенира на платформата Illumina NovaSeq.Комбинацията от пространствено баркодирани проби и UMI гарантира точността и специфичността на генерираните данни.Уникалният атрибут на чипа BMKManu S1000 се крие в неговата гъвкавост, предлагайки многостепенни настройки за разделителна способност, които могат да бъдат фино настроени към различни тъкани и нива на детайлност.Тази адаптивност позиционира чипа като изключителен избор за разнообразни пространствени транскриптомични изследвания, осигурявайки прецизно пространствено групиране с минимален шум.
Използвайки чипа BMKManu S1000 и други технологии за пространствена транскриптомия, изследователите могат да разберат по-добре пространствената организация на клетките и сложните молекулярни взаимодействия, които се случват в тъканите, предоставяйки безценна представа за механизмите, които са в основата на биологичните процеси в широк спектър от области, включително онкология, неврология, биология на развитието, имунология и ботанически изследвания.
Платформа: BMKManu S1000 чип и Illumina NovaSeq
-
10x пространствен транскриптом на Genomics Visium
Пространствената транскриптомика е авангардна технология, която позволява на изследователите да изследват моделите на генна експресия в тъканите, като същевременно запазват техния пространствен контекст.Една мощна платформа в тази област е 10x Genomics Visium, съчетана със секвениране на Illumina.Принципът на 10X Visium се основава на специализиран чип с определена зона за улавяне, където се поставят тъканни срезове.Тази зона за улавяне съдържа петна с баркод, всяко от които съответства на уникално пространствено местоположение в тъканта.След това уловените РНК молекули от тъканта се маркират с уникални молекулни идентификатори (UMI) по време на процеса на обратна транскрипция.Тези петна с баркод и UMI позволяват прецизно пространствено картографиране и количествено определяне на генната експресия при разделителна способност на една клетка.Комбинацията от пространствено баркодирани проби и UMI гарантира точността и специфичността на генерираните данни.Използвайки тази технология Spatial Transcriptomics, изследователите могат да придобият по-задълбочено разбиране за пространствената организация на клетките и сложните молекулярни взаимодействия, протичащи в тъканите, предлагайки безценна представа за механизмите, лежащи в основата на биологичните процеси в множество области, включително онкология, невронауки, биология на развитието, имунология и ботанически изследвания.
Платформа: 10X Genomics Visium и Illumina NovaSeq
-
Пълна дължина на иРНК секвениране-нанопора
Докато базираното на NGS mRNA секвениране служи като универсален инструмент за количествено определяне на генната експресия, неговото разчитане на кратки четения ограничава неговата ефикасност при сложни транскриптомични анализи.Нанопорното секвениране, от друга страна, използва технология за дълго четене, позволяваща секвенирането на транскрипти на мРНК с пълна дължина.Този подход улеснява цялостно изследване на алтернативно снаждане, сливане на гени, полиаденилиране и количествено определяне на изоформите на иРНК.
Секвенирането на нанопорите разчита на електрически сигнали в реално време с една молекула на нанопори.Водена от моторни протеини, двойноверижната ДНК се свързва с нанопорни протеини, вградени в биофилм, като се развива, докато преминава през нанопорния канал при разлика в напрежението.Отличителните електрически сигнали, генерирани от различни бази на ДНК веригата, се откриват и класифицират в реално време, което улеснява точното и непрекъснато секвениране на нуклеотидите.Този иновативен подход преодолява ограниченията за кратко четене и осигурява динамична платформа за сложен геномен анализ, включващ сложни транскриптомни изследвания.
Платформа: Nanopore Promethion P48
-
Секвениране на иРНК в пълна дължина -PacBio
Докато NGS-базираната mRNA секвенция е универсален инструмент за количествено определяне на генната експресия, нейната зависимост от кратки четения ограничава използването му в сложни транскриптомни анализи.Секвенирането на PacBio (Iso-Seq), от друга страна, използва технология за дълго четене, което позволява секвенирането на транскрипти на мРНК с пълна дължина.Този подход улеснява цялостно изследване на алтернативно снаждане, сливане на гени и полиаденилиране, въпреки че не е основният избор за количествено определяне на генната експресия, поради голямото количество необходими данни.
Технологията за секвениране на PacBio разчита на секвениране в реално време (SMRT) на една молекула, осигурявайки ясно предимство при улавяне на транскрипти на мРНК с пълна дължина.Този иновативен подход включва използването на вълноводи с нулев режим (ZMWs), микроизработени ямки, които позволяват наблюдение в реално време на активността на ДНК полимераза по време на секвениране.В рамките на тези ZMW, ДНК полимеразата на PacBio синтезира комплементарна верига от ДНК, генерирайки дълги четения, които обхващат цялата иРНК транскрипция.Работата на PacBio в режим Circular Consensus Sequencing (CCS) подобрява точността чрез многократно секвениране на една и съща молекула.Генерираните HiFi показания имат точност, сравнима с NGS, което допълнително допринася за цялостен и надежден анализ на сложни транскриптомни характеристики.Платформа: PacBio Sequel II
-
Еукариотно иРНК секвениране-Illumina
Секвенирането на иРНК дава възможност за цялостно профилиране на всички транскрипти на иРНК в клетките при специфични условия.Тази авангардна технология служи като мощен инструмент, разкриващ сложни профили на генна експресия, генни структури и молекулярни механизми, свързани с различни биологични процеси.Широко прието във фундаменталните изследвания, клиничната диагностика и разработването на лекарства, секвенирането на иРНК предлага прозрения в тънкостите на клетъчната динамика и генетичната регулация.
Платформа: Illumina NovaSeq X
-
Нереферентно базирано mRNA секвениране-Illumina
Секвенирането на иРНК дава възможност за цялостно профилиране на всички транскрипти на иРНК в клетките при специфични условия.Тази авангардна технология служи като мощен инструмент, разкриващ сложни профили на генна експресия, генни структури и молекулярни механизми, свързани с различни биологични процеси.Широко прието във фундаменталните изследвания, клиничната диагностика и разработването на лекарства, секвенирането на иРНК предлага прозрения в тънкостите на клетъчната динамика и генетичната регулация.
Платформа: Illumina NovaSeq X
-
Дълго некодиращо секвениране-Illumina
Дългите некодиращи РНК (lncRNA) са РНК, по-дълги от 200 нуклеотида, които притежават минимален кодиращ потенциал и са основни елементи в некодиращата РНК.Намерени в ядрото и цитоплазмата, тези РНК играят решаваща роля в епигенетичната, транскрипционната и посттранскрипционната регулация, подчертавайки тяхното значение при оформянето на клетъчни и молекулярни процеси.Секвенирането на LncRNA е мощен инструмент в клетъчната диференциация, онтогенезата и човешките заболявания.
Платформа: Illumina NovaSeq
-
Секвениране на малка РНК-Illumina
Малките РНК (sRNA) молекули, обикновено с дължина под 200 нуклеотида, включват микроРНК (miRNA), малки интерфериращи РНК (siRNA) и piwi-взаимодействащи РНК (piRNA).Сред тях miPHKs, дълги около 20-24 нуклеотида, са особено забележителни за техните основни регулаторни роли в различни клетъчни процеси.С тъканно-специфични и стадийно-специфични модели на експресия, miPHKs показват високо запазване при различни видове.
Платформа: Illumina NovaSeq
-
circRNA секвениране-Illumina
Циркулярното РНК секвениране (circRNA-seq) е за профилиране и анализиране на кръгови РНК, клас от РНК молекули, които образуват затворени вериги поради неканонични сплайсинг събития, осигурявайки на тези РНК повишена стабилност.Докато някои circRNAs са показали, че действат като микроРНК гъби, изолират микроРНК и им пречат да регулират техните целеви иРНК, други circRNA могат да взаимодействат с протеини, да модулират генната експресия или да играят роля в клетъчните процеси.Анализът на експресията на circRNA дава представа за регулаторните роли на тези молекули и тяхното значение в различни клетъчни процеси, етапи на развитие и болестни състояния, като допринася за по-задълбочено разбиране на сложността на регулацията на РНК в контекста на генната експресия.
-
Секвениране на целия транскриптом – Illumina
Секвенирането на целия транскриптом предлага цялостен подход за профилиране на различни РНК молекули, обхващащ както кодиращи (mRNA), така и некодиращи РНК (lncRNA, circRNA и miRNA).Тази техника улавя пълния транскриптом на специфични клетки в даден момент, позволявайки холистично разбиране на клетъчните процеси.Известен също като „тотално РНК секвениране“, той има за цел да разкрие сложни регулаторни мрежи на ниво транскриптоми, позволявайки задълбочен анализ като конкурентна ендогенна РНК (ceRNA) и съвместен РНК анализ.Това бележи началната стъпка към функционална характеристика, особено при разкриването на регулаторните мрежи, включващи circRNA-miRNA-mRNA-базирани ceRNA взаимодействия.
