-
Метагеномно секвениране -NGS
Метагеномът се отнася до колекция от общ генетичен материал на смесена общност от организми, като метагеном на околната среда, човешки метагеном и т.н. Той съдържа геноми както на култивируеми, така и на некултивируеми микроорганизми.Метагеномното секвениране е молекулярен инструмент, използван за анализ на смесените геномни материали, извлечени от проби от околната среда, който предоставя подробна информация за разнообразието и изобилието на видовете, структурата на популацията, филогенетична връзка, функционални гени и корелационна мрежа с фактори на околната среда.
Платформа:Платформа Illumina NovaSeq
-
Метагеномно секвениране-нанопора
Метагеномиката е молекулярен инструмент, използван за анализ на смесени геномни материали, извлечени от проби от околната среда, който предоставя подробна информация за разнообразието и изобилието на видовете, структурата на популацията, филогенетична връзка, функционални гени и корелационна мрежа с фактори на околната среда и т.н. Наскоро бяха въведени платформи за секвениране на нанопори към метагеномни изследвания.Неговата изключителна производителност в дължината на четене до голяма степен подобри метагеномния анализ надолу по веригата, особено сглобяването на метагеном.Възползвайки се от предимствата на дължината на четене, базираното на нанопори метагеномно изследване е в състояние да постигне по-непрекъснато сглобяване в сравнение с метагеномиката на пушка.Публикувано е, че базираната на нанопори метагеномика успешно генерира пълни и затворени бактериални геноми от микробиоми (Moss, EL, et. al,Nature Biotech, 2020 г.)
Платформа:Нанопора PromethION P48
-
16S/18S/ITS ампликонно секвениране-PacBio
Субединицата на 16S и 18S rRNA, съдържаща както силно запазени, така и хипер-променливи региони, е перфектен молекулярен отпечатък за идентифициране на прокариотни и еукариотни организми.Възползвайки се от секвенирането, тези ампликони могат да бъдат насочени въз основа на запазените части и хипер-променливите региони могат да бъдат напълно характеризирани за микробна идентификация, допринасяйки за проучвания, обхващащи анализ на микробното разнообразие, таксономия, филогенеза и т.н. Едномолекулно реално време (SMRT ) секвенирането на платформата PacBio позволява получаване на високоточни дълги четения, които могат да покрият ампликони с пълна дължина (приблизително 1,5 Kb).Разширеният изглед на генетичното поле значително подобри разделителната способност в анотацията на видовете в общността на бактерии или гъбички.
Платформа:PacBio Продължение II
-
16S/18S/ITS ампликонно секвениране-NGS
Секвенирането на 16S/18S/ITS ампликони има за цел да разкрие филогенеза, таксономия и изобилие на видове в микробна общност чрез изследване на PCR продукти на домакински генетични маркери, които съдържат както силно конверсирани, така и хиперпроменливи части.Въвеждането на тези перфектни молекулни пръстови отпечатъци от Woeses et al (1977) дава възможност за профилиране на микробиоми без изолация.Секвенирането на 16S (бактерии), 18S (гъбички) и вътрешно транскрибиран спейсър (ITS, гъбички) позволява идентифициране както на разпространени видове, така и на редки и неидентифицирани видове.Тази технология се превърна в широко прилаган и основен инструмент за идентифициране на различен микробен състав в различни среди, като човешка уста, черва, изпражнения и др.
Платформа:Платформа Illumina NovaSeq
-
Повторно секвениране на целия геном на бактерии и гъбички
Повторното секвениране на целия геном на бактерии и гъбички е критичен инструмент за завършване на геномите на известни бактерии и гъбички, както и за сравняване на множество геноми или за картографиране на геноми на нови организми.От голямо значение е да се секвенират цели геноми на бактерии и гъбички, за да се генерират точни референтни геноми, да се направи микробна идентификация и други сравнителни геномни изследвания.
Платформа: Платформа Illumina NovaSeq
-
Метатранскриптомно секвениране
Секвенирането на метатранскриптоми идентифицира генната експресия на микроби (както еукариоти, така и прокариоти) в естествена среда (т.е. почва, вода, море, изпражнения и черва). По-конкретно, тези услуги ви позволяват да получите цялостно профилиране на генната експресия на сложни микробни общности, таксономичен анализ на видовете, анализ на функционалното обогатяване на различно експресирани гени и др.
Платформа: Платформа Illumina NovaSeq
-
Гъбичен геном
Biomarker Technologies осигурява изследване на генома, фин геном и пълен геном на гъбички в зависимост от конкретната изследователска цел.Секвениране на генома, сглобяване и функционална анотация могат да бъдат постигнати чрез комбиниране на секвениране от следващо поколение + секвениране от трето поколение за постигане на сглобяване на геном на високо ниво.Технологията Hi-C може също да се използва за улесняване на сглобяването на генома на ниво хромозома.
Платформа:PacBio Продължение II
Нанопора PromethION P48
Платформа Illumina NovaSeq
-
Пълен геном на бактерии
Biomarker Technologies предоставя услуга за секвениране за конструиране на пълен геном на бактерии с нулева празнина.Основният работен процес на изграждането на пълен геном на бактерии включва трето поколение секвениране, сглобяване, функционална анотация и усъвършенстван биоинформационен анализ, изпълняващ специфични изследователски цели.По-всеобхватното профилиране на генома на бактериите дава възможност за разкриване на фундаментални механизми, лежащи в основата на техните биологични процеси, което също може да предостави ценна справка за геномни изследвания при висши еукариотни видове
Платформа:Nanopore PromethION P48 + Illumina NovaSeq платформа
PacBio Продължение II
