Секвениране на генома De Novo на растения/животини
Предимства на услугата
Разработване на платформи за секвениране и биоинформатика вde novoсглобяване на генома
(Amarasinghe SL и др.,Биология на генома, 2020 г.)
● Конструиране на нови геноми и подобряване на съществуващи референтни геноми за представляващи интерес видове.
● По-висока точност, непрекъснатост и пълнота при сглобяване
● Конструиране на основен ресурс за изследване на полиморфизъм на последователности, QTL, редактиране на гени, развъждане и др.
● Оборудван с пълен спектър от платформи за секвениране от трето поколение: решение за сглобяване на геном на едно място
● Гъвкави стратегии за секвениране и сглобяване, изпълняващи различни геноми с различни характеристики
● Висококвалифициран екип от биоинформатици с голям опит в сложни геномни сглобки, включително полиплоиди, гигантски геноми и др.
● Над 100 успешни случая с общ публикуван импакт фактор над 900
● Време за реализация до 3 месеца за сглобяване на геном на ниво хромозома.
● Солидна техническа поддръжка със серия от патенти и софтуерни авторски права както в експерименталната страна, така и в биоинформатиката.
Сервизни спецификации
|
Съдържание
|
Платформа
|
Прочетете дължина
|
Покритие
|
| Проучване на генома
| Illumina NovaSeq
| PE150
| ≥ 50X
|
| Секвениране на генома
| PacBio Revio
| 15 kb HiFi четения
| ≥ 30Х
|
| Здравей-C
| Illumina NovaSeq
| PE150
| ≥100X
|
Работния процес
Примерни изисквания и доставка
Примерни изисквания:
| видове | Тъкан | За PacBio | За Nanopore |
| Животни | Висцерални органи (черен дроб, далак и др.) | ≥ 1,0 g | ≥ 3,5 g |
| Мускул | ≥ 1,5 g | ≥ 5,0 g | |
| Кръв на бозайници | ≥ 1,5 ml | ≥ 5,0 mL | |
| Кръв от риба или птица | ≥ 0,2 ml | ≥ 0,5 ml | |
| растения | Пресни листа | ≥ 1,5 g | ≥ 5,0 g |
| Венчелистче или стъбло | ≥ 3,5 g | ≥ 10,0 g | |
| Корени или семена | ≥ 7,0 g | ≥ 20,0 g | |
| клетки | Клетъчна култура | ≥ 3×107 | ≥ 1×108 |
Препоръчителна доставка на мостри
Контейнер: центрофужна епруветка от 2 ml (не се препоръчва калаено фолио)
За повечето проби препоръчваме да не се съхраняват в етанол.
Етикетиране на проби: Пробите трябва да бъдат ясно етикетирани и идентични с представения формуляр с информация за пробата.
Пратка: Сух лед: Пробите трябва първо да бъдат опаковани в торби и заровени в сух лед.
Работен поток на услугата
Дизайн на експеримента
Доставка на мостри
Екстракция на ДНК
Изграждане на библиотека
Секвениране
Анализ на данни
Следпродажбени услуги
*Показаните тук демонстрационни резултати са от геноми, публикувани с Biomarker Technologies
1. Circos на сглобяване на генома на ниво хромозомаG. rotundifoliumчрез платформа за секвениране на Nanopore
Wang M и др.,Молекулярна биология и еволюция, 2021 г
2. Статистика на сглобяването и анотацията на генома на Weining ръж
Li G и др.,Природна генетика, 2021 г
3.Генно предсказване наSechium eduleгеном, получен от три метода за прогнозиране:De novoпрогнозиране, прогнозиране, базирано на хомология и прогнозиране, базирано на данни на RNA-Seq
Fu A и др.,Изследвания в градинарството, 2021 г
4. Идентифициране на непокътнати дълги крайни повторения в три генома на памук
Wang M и др.,Молекулярна биология и еволюция, 2021 г
5.Hi-C топлинна карта наC. acuminataгеном, показващ взаимодействия между всички в целия геном.Интензивността на Hi-C взаимодействията е пропорционална на линейното разстояние между контигите.Чиста права линия на тази топлинна карта показва много точно закрепване на контигите върху хромозомите.(Коефициент на закотвяне Contig: 96,03%)
kang M и др.,Nature Communications,2021 г
Калъф BMK
Висококачественият геномен комплект подчертава геномните характеристики на ръжта и агрономически важните гени
Публикувано: Природна генетика, 2021 г
Стратегия за последователност:
Сглобяване на генома: PacBio CLR режим с 20 kb библиотека (497 Gb, прибл. 63 ×)
Корекция на последователност: NGS с 270 bp ДНК библиотека (430 Gb, прибл. 54×) на платформа Illumina
Закрепване на контиги: Hi-C библиотека (560 Gb, прибл. 71×) на платформа Illumina
Оптична карта: (779,55 Gb, прибл. 99 ×) на Bionano Irys
Ключови резултати
1. Публикуван е сбор от геном на Weining ръж с общ размер на генома от 7,74 Gb (98,74% от изчисления размер на генома чрез поточна цитометрия).Scaffold N50 на тази сборка постигна 1,04 Gb.93,67% от контигите бяха успешно закотвени на 7 псевдохромозоми.Това сглобяване беше оценено чрез карта на връзката, LAI и BUSCO, което доведе до високи резултати във всички оценки.
2. На базата на този геном бяха извършени допълнителни проучвания върху сравнителна геномика, карта на генетична връзка, транскриптомични изследвания.Бяха разкрити серия от геномни характеристики, свързани с черти, включително дублиране на гени в целия геном и тяхното въздействие върху гените за биосинтеза на нишесте;физическа организация на сложни проламинови локуси, характеристики на генната експресия, лежащи в основата на ранната заглавна черта и предполагаеми свързани с опитомяването хромозомни региони и локуси в ръж.
 Диаграма на Circos за геномни характеристики на генома на Weining ръж |  Еволюционни и хромозомни синтезни анализи на генома на ръжта |
Ли, Г., Уанг, Л., Янг, Дж.et al.Висококачественият геномен комплект подчертава геномните характеристики на ръжта и агрономически важните гени.Нат Генет 53,574–584 (2021).
https://doi.org/10.1038/s41588-021-00808-z
