Новини

Амплификацията на преносими елементи (TE) е призната за движеща сила, медиираща разширяването на размера на генома и еволюцията, но последствията за оформянето на 3D геномната архитектура остават до голяма степен неизвестни в растенията.Тук докладваме референтни геномни сглобки за три вида памук, вариращи три пъти по размер на генома, а именноGossypium rotundifolium(K2),Ж. дендрариум(A2) иG. raimondii(D5), използвайки Oxford Nanopore Technologies.Сравнителните анализи на генома документират подробностите за специфичната за линията TE амплификация, допринасяща за големите разлики в размера на генома (K2, 2,44 Gb; A2, 1,62 Gb; D5, 750,19 Mb), и показват относително запазено генно съдържание и синтенични връзки между геномите.Ние открихме, че приблизително 17% от синтетичните гени показват промяна в статуса на хроматин между активни („А“) и неактивни („В“) отделения, а TE амплификацията е свързана с увеличаването на дела на отделението А в генните региони (~ 7000 гена ) в K2 и A2 спрямо D5.Само 42% от границите на топологично асоцииращ домейн (TAD) са запазени сред трите генома.Нашите данни предполагат скорошно усилване на ТЕ след формирането на специфични за линията TAD граници.Това изследване хвърля светлина върху ролята на медиираното от транспозон разширяване на генома в еволюцията на структурата на хроматина от по-висок ред в растенията.