BMKCloud Log in
条形банер-03

Новини

ГЕНОМ

Лого на Nature_Communications

Сглобяване в хромозомен мащаб и анализ на генома на реколтата от биомаса Miscanthus lutarioriparius

Секвениране на нанопори |Илюмина |Hi-C |РНК-секвениране |Филогенеза

В това проучване Biomarker Technologies предостави техническа поддръжка за секвениране на нанопори, сглобяване на геном de novo, асистирано сглобяване на Hi-C и др.

Резюме

Мискантус, коренищно многогодишно растение, има голям потенциал за производство на биоенергия поради високата си биомаса и устойчивост на стрес.Докладваме сглобяване на хромозомна скала наMiscanthus lutarioripariusгеном чрез комбиниране на Oxford Nanopore секвениране и Hi-C технологии.Сглобката от 2,07 Gb покрива 96,64% от генома, с контиг N50 от 1,71 Mb.Последователностите на центромерите и теломерите се сглобяват съответно за всичките 19 хромозоми и хромозома 10.Алотетраплоидният произход на M. lutarioriparius се потвърждава с помощта на центромерни сателитни повторения.Тетраплоидната структура на генома и няколко хромозомни пренареждания по отношение на соргото са ясно демонстрирани.Тандемни дублирани гени наМ. lutarioripariusса функционално обогатени не само по отношение на отговора на стреса, но и биосинтезата на клетъчната стена.Семействата гени, свързани с резистентността към болести, биосинтезата на клетъчната стена и транспортирането на метални йони, са значително разширени и еволюирали.Разширяването на тези семейства може да бъде важна геномна основа за подобряване на забележителни черти наМ. lutarioriparius.

Ключови статистически данни за сглобяването на генома

новини-1
новини-2

Фигура.Преглед на сглобяването на генома на M. lutarioriparius

Новини и Акценти има за цел да сподели най-новите успешни случаи с Biomarker Technologies, да улови нови научни постижения, както и видни техники, приложени по време на проучването.


Време на публикуване: 5 януари 2022 г

Изпратете вашето съобщение до нас: