Генотипизирането с висока производителност, особено при широкомащабна популация, е фундаментална стъпка в изследванията на генетичните асоциации, която осигурява генетична основа за функционално откриване на гени, еволюционен анализ и т.н. Вместо дълбоко повторно секвениране на целия геном, секвениране на геном с намалено представяне (RRGS ) се въвежда, за да се минимизират разходите за секвениране на проба, като същевременно се поддържа разумна ефективност при откриването на генетични маркери.Това обикновено се постига чрез извличане на рестрикционен фрагмент в даден размерен диапазон, който се нарича библиотека с намалено представяне (RRL).Секвенирането на усилен фрагмент със специфичен локус (SLAF-Seq) е самостоятелно разработена стратегия за откриване на de novo SNP и SNP генотипиране на големи популации.
Технически работен процес
SLAF срещу съществуващи RRL методи
Предимства на SLAF
По-висока ефективност при откриване на генетични маркери– В комбинация с високопроизводителна технология за секвениране, SLAF-Seq може да постигне стотици хиляди тагове, открити в рамките на целия геном, за да изпълни искането на различни изследователски проекти, със или без нашия референтен геном.
Персонализиран и гъвкав експериментален дизайн– За различни изследователски цели или видове са налични различни ензимни стратегии за храносмилане, включително храносмилане с един ензим, с двоен ензим и с много ензими.Стратегията за смилане ще бъде предварително оценена in silico, за да се осигури оптимален ензимен дизайн.
Висока ефективност при ензимно смилане– Предварително проектираното ензимно смилане осигурява по-равномерно разпределени SLAF върху хромозомата.Ефективността на събиране на фрагменти може да достигне над 95%.
Избягвайте повтаряща се последователност– Процентът на повтаряща се последователност в SLAF-Seq данните е намален до по-малко от 5%, особено при видове с високо ниво на повтарящи се елементи, като пшеница, царевица и др.
Самостоятелно разработен биоинформационен работен процес– BMK разработи интегриран биоинформационен работен процес, приложим към технологията SLAF-Seq, за да гарантира надеждност и точност на крайния резултат.
Приложение на SLAF
Карта на генетичната връзка
Изграждане на генетична карта с висока плътност и идентифициране на локуси, контролиращи черти на типа цвете в хризантема (Chrysanthemum x morifolium Ramat.)
Списание: Horticulture Research Публикувано: 7.2020 г
GWAS
Идентифициране на кандидат-ген, свързан със съдържанието на изофавон в соевите семена, използвайки асоцииране в целия геном и картографиране на връзки
Журнал: The Plant Journal Публикуван: 08.2020 г
Еволюционна генетика
Популационният геномен анализ и de novo сглобяването разкриват произхода на плевелния ориз като еволюционна игра
Списание: Molecular Plant Публикувано: 2019.5
Групиран сегрегантен анализ (BSA)
GmST1, който кодира сулфотрансфераза, придава резистентност към щамове G2 и G3 на вируса на соевата мозайка
Журнал: Plant, Cell&Environment Публикуван: 2021.04
справка
Sun X, Liu D, Zhang X и др.SLAF-Seq: ефективен метод за широкомащабно откриване на de novo SNP и генотипиране с помощта на високопроизводително секвениране[J].Plos one, 2013, 8(3):e58700
Song X, Xu Y, Gao K и др.Конструкция на генетична карта с висока плътност и идентифициране на локуси, контролиращи черти на цветен тип в хризантема (Chrysanthemum × morifolium Ramat.).Hortic Res.2020; 7: 108.
Wu D, Li D, Zhao X и др.Идентифициране на кандидат-ген, свързан със съдържанието на изофлавон в соевите семена, като се използва асоциация и картографиране на връзки в целия геном.Plant J. 2020;104 (4): 950-963.
Sun J, Ma D, Tang L, et al.Популационният геномен анализ и сглобяването на De Novo разкриват произхода на Weedy Rice като еволюционна игра.Завод Мол.2019; 12 (5): 632-647.Завод Мол.2018 г.;11(11):1360-1376.
Zhao X, Jing Y, Luo Z и др.GmST1, който кодира сулфотрансфераза, придава резистентност към щамове G2 и G3 на вируса на соевата мозайка.Околна среда на растителна клетка.2021;10.1111/pce.14066
Време на публикуване: 04 януари 2022 г