Метагеномно секвениране-нанопора
Предимства на услугата
● Висококачествено сглобяване - Подобряване на точността на идентификацията на видовете и прогнозирането на функционалните гени
● Затворено изолиране на бактериален геном
● По-мощно и надеждно приложение в различни области, напр. откриване на патогенни микроорганизми или гени, свързани с резистентност към антибиотици
● Сравнителен метагеномен анализ
Сервизни спецификации
| Платформа | Секвениране | Препоръчителни данни | Време за изпълнение |
| Нанопора | ОНТ | 6 G/10 G | 65 работни дни |
Биоинформатични анализи
● Контрол на качеството на необработените данни
● Сглобяване на метагенома
● Неизлишен набор от гени и анотация
● Анализ на видовото разнообразие
● Анализ на разнообразието от генетични функции
● Междугрупов анализ
● Анализ на асоциацията срещу експериментални фактори
Примерни изисквания и доставка
Изисквания за мостри и доставка
Примерни изисквания:
ЗаДНК екстракти:
| Тип проба | Количество | Концентрация | Чистота |
| ДНК екстракти | 1-1,5 μg | > 20 ng/μl | OD260/280= 1.6-2.5 |
За екологични проби:
| Примерен тип | Препоръчителна процедура за вземане на проби |
| Почва | Количество на пробата: прибл.5 g;Останалото изсъхнало вещество трябва да се отстрани от повърхността;Смелете едри парчета и прекарайте през 2 mm филтър;Аликвотни проби в стерилна EP-епруветка или cyrotube за резервация. |
| Изпражнения | Количество на пробата: прибл.5 g;Съберете и аликвотирайте проби в стерилна ЕР-епруветка или криоепруветка за резервиране. |
| Чревно съдържимо | Пробите трябва да се обработват при асептични условия.Измийте събраната тъкан с PBS;Центрофугирайте PBS и съберете утайката в EP-епруветки. |
| Утайка | Количество на пробата: прибл.5 g;Съберете и аликвотна проба от утайка в стерилна EP-епруветка или криоепруветка за резервиране |
| Водно тяло | За проба с ограничено количество микроби, като чешмяна вода, вода от кладенци и т.н., съберете поне 1 L вода и преминете през 0,22 μm филтър, за да обогатите микробите върху мембраната.Съхранявайте мембраната в стерилна епруветка. |
| кожа | Внимателно изстържете кожната повърхност със стерилен памучен тампон или хирургическо острие и го поставете в стерилна епруветка. |
Препоръчителна доставка на мостри
Замразете пробите в течен азот за 3-4 часа и ги съхранявайте в течен азот или -80 градуса за дългосрочно съхранение.Изисква се мостра за доставка със сух лед.
Работен поток на услугата
Доставка на мостри
Изграждане на библиотека
Секвениране
Анализ на данни
Следпродажбени услуги
1. Heatmap: Групиране на богатството на видовете
2. Функционални гени, анотирани към метаболитните пътища на KEGG
3.Видова корелационна мрежа
4. Circos на CARD антибиотични резистентни гени
Калъф BMK
Метагеномиката на нанопорите позволява бърза клинична диагностика на бактериална инфекция на долните дихателни пътища
Публикувано:Nature Biotechnology, 2019
Технически акценти
Секвениране: Nanopore MinION
Клинична метагеномика, биоинформатика: изчерпване на ДНК на гостоприемника, WIMP и ARMA анализ
Бързо откриване: 6 часа
Висока чувствителност: 96,6%
Ключови резултати
През 2006 г. инфекцията на долните дихателни пътища (LR) причини смъртта на 3 милиона души в световен мащаб.Типичният метод за откриване на LR1 патоген е култивиране, което има слаба чувствителност, дълго време за обръщане и липса на насоки за ранна антибиотична терапия.Бързата и точна микробна диагностика отдавна е неотложна необходимост.Д-р Джъстин от Университета на Източна Англия и неговите партньори успешно разработиха базиран на нанопори метагеномен метод за откриване на патогени.Според техния работен процес 99,99% от ДНК на гостоприемника може да бъде изчерпана.Откриването в патогени и антибиотично резистентни гени може да бъде завършено за 6 часа.
справка
Харалампус, Т., Кей, Г. Л., Ричардсън, Х., Айдън, А. и О'Грейди, Дж.(2019 г.).Метагеномиката на нанопорите позволява бърза клинична диагностика на бактериална инфекция на долните дихателни пътища.Nature Biotechnology, 37(7), 1.
