-
Метагеномно секвениране (NGS)
Метагеномът се отнася до колекция от общ генетичен материал от смесена общност от организми, като метагеном на околната среда, човешки метагеном и др. Той съдържа геноми както на култивируеми, така и на некултивируеми микроорганизми.Метагеномното секвениране е молекулярно средство, използвано за анализ на смесените геномни материали, извлечени от проби от околната среда, което предоставя подробна информация за разнообразието и изобилието на видовете, структура на популацията, филогенетична връзка, функционални гени и корелационна мрежа с фактори на околната среда.
платформа:Illumina NovaSeq6000
-
Метагеномно секвениране-Нанопор
Метагеномиката е молекулярно средство, използвано за анализ на смесените геномни материали, извлечени от проби от околната среда, което предоставя подробна информация за видовото разнообразие и изобилие, структура на популацията, филогенетична връзка, функционални гени и корелационна мрежа с фактори на околната среда и т.н. Наскоро въведе платформа за секвениране на нанопори към метагеномни изследвания.Неговата изключителна производителност по отношение на дължината на четене до голяма степен подобри метагеномния анализ надолу по веригата, особено сглобяването на метагенома.Възползвайки се от предимствата на дължината на четене, базираното на Nanopore метагеномно изследване е в състояние да постигне по-продължително сглобяване в сравнение с метагеномиката на изстрела.Публикувано е, че метагеномиката, базирана на Nanopore, успешно генерира пълни и затворени бактериални геноми от микробиоми (Moss, EL, et. al,Природни биотехнологии, 2020 г.)
платформа:Nanopore PromethION P48
-
16S/18S/ITS Amplicon Sequencing-PacBio
Субединицата на 16S и 18S rRNA, съдържаща както силно запазени, така и хипер-променливи региони, е перфектен молекулен пръстов отпечатък за идентифициране на прокариотни и еукариотни организми.Възползвайки се от секвенирането, тези ампликони могат да бъдат насочени въз основа на запазените части и хипер-променливите региони могат да бъдат напълно характеризирани за микробна идентификация, допринасяйки за изследвания, обхващащи анализ на микробното разнообразие, таксономия, филогенеза и т.н. Едномолекула в реално време (SMRT ) секвенирането на платформата PacBio позволява получаване на високоточни дълги четения, които могат да покрият ампликони с пълна дължина (прибл. 1,5 Kb).Разширеният поглед върху генетичното поле значително подобри разделителната способност в анотацията на видовете в общността на бактерии или гъбички.
платформа:PacBio Продължение II
-
16S/18S/ITS Amplicon Sequencing-NGS
16S/18S/ITS секвенирането на ампликон има за цел да разкрие филогенезата, таксономията и изобилието на видовете в микробната общност чрез изследване на PCR продукти на домакински генетични маркери, които съдържат както силно конверсирани, така и хиперпроменливи части.Въвеждането на тези перфектни молекулярни пръстови отпечатъци от Woeses et al, (1977) дава възможност за профилиране на микробиома без изолация.Последователността на 16S (бактерии), 18S (гъбички) и вътрешен транскрибиран спейсер (ITS, гъби) позволява идентифициране както на изобилни видове, така и на редки и неидентифицирани видове.Тази технология се превърна в широко прилаган и основен инструмент за идентифициране на диференциалния микробен състав в различни среди, като човешка уста, черва, изпражнения и др.
платформа:Illumina NovaSeq6000
-
Повторно секвениране на целия геном на бактерии и гъбички
Повторното секвениране на целия геном на бактерии и гъбички е критичен инструмент за завършване на геномите на известни бактерии и гъби, както и за сравняване на множество геноми или за картографиране на геноми на нови организми.От голямо значение е да се секвенират цели геноми на бактерии и гъбички, за да се генерират точни референтни геноми, да се направи микробна идентификация и други сравнителни геномни изследвания.
Платформа: Illumina NovaSeq 6000
-
Гъбичен геном
Biomarker Technologies осигурява изследване на генома, фин геном и пълен геном на гъбички в зависимост от конкретната цел на изследването.Последователността на генома, сглобяването и функционалната анотация могат да бъдат постигнати чрез комбиниране на секвениране от следващо поколение + секвениране от трето поколение за постигане на сглобяване на генома на високо ниво.Hi-C технологията може също да се използва за улесняване на сглобяването на генома на ниво хромозома.
платформа:PacBio Продължение II
Nanopore PromethION P48
Illumina NovaSeq 6000
-
Пълен геном на бактериите
Biomarker Technologies предоставя услуга за секвениране за конструиране на пълен геном на бактерии с нулева празнина.Основният работен процес на цялостното изграждане на генома на бактериите включва секвениране от трето поколение, сглобяване, функционална анотация и усъвършенстван биоинформационен анализ, изпълняващ специфични изследователски цели.По-изчерпателното профилиране на генома на бактериите дава възможност за разкриване на фундаментални механизми, лежащи в основата на техните биологични процеси, което също може да осигури ценна справка за геномни изследвания при по-висши еукариотни видове
платформа:Nanopore PromethION P48 + Illumina NovaSeq 6000
PacBio Продължение II
