Метагеномно секвениране -NGS
Предимства на услугата
● Без изолиране и култивиране за профилиране на микробна общност
● Висока разделителна способност при откриване на видове с ниско изобилие в проби от околната среда
● Идеята за „мета-“ интегрира всички биологични характеристики на функционално ниво, ниво на видове и генно ниво, което отразява динамичен поглед, който е по-близо до реалността.
● BMK натрупва огромен опит в различни видове проби с над 10 000 обработени проби.
Сервизни спецификации
| Платформа | Секвениране | Препоръчителни данни | Време за изпълнение |
| Платформа Illumina NovaSeq | PE150 | 6 G/10 G/20 G | 45 работни дни |
Биоинформатични анализи
● Контрол на качеството на необработените данни
● Сглобяване на метагенома
● Неизлишен набор от гени и анотация
● Анализ на видовото разнообразие
● Анализ на разнообразието от генетични функции
● Междугрупов анализ
● Анализ на асоциацията срещу експериментални фактори
Примерни изисквания и доставка
Примерни изисквания:
ЗаДНК екстракти:
| Тип проба | Количество | Концентрация | Чистота |
| ДНК екстракти | > 30 ng | > 1 ng/μl | OD260/280= 1.6-2.5 |
За екологични проби:
| Примерен тип | Препоръчителна процедура за вземане на проби |
| Почва | Количество на пробата: прибл.5 g;Останалото изсъхнало вещество трябва да се отстрани от повърхността;Смелете едри парчета и прекарайте през 2 mm филтър;Аликвотни проби в стерилна EP-епруветка или cyrotube за резервация. |
| Изпражнения | Количество на пробата: прибл.5 g;Съберете и аликвотирайте проби в стерилна ЕР-епруветка или криоепруветка за резервиране. |
| Чревно съдържимо | Пробите трябва да се обработват при асептични условия.Измийте събраната тъкан с PBS;Центрофугирайте PBS и съберете утайката в EP-епруветки. |
| Утайка | Количество на пробата: прибл.5 g;Съберете и аликвотна проба от утайка в стерилна EP-епруветка или криоепруветка за резервиране |
| Водно тяло | За проба с ограничено количество микроби, като чешмяна вода, вода от кладенци и т.н., съберете поне 1 L вода и преминете през 0,22 μm филтър, за да обогатите микробите върху мембраната.Съхранявайте мембраната в стерилна епруветка. |
| кожа | Внимателно изстържете кожната повърхност със стерилен памучен тампон или хирургическо острие и го поставете в стерилна епруветка. |
Препоръчителна доставка на мостри
Замразете пробите в течен азот за 3-4 часа и ги съхранявайте в течен азот или -80 градуса за дългосрочно съхранение.Изисква се мостра за доставка със сух лед.
Работен поток на услугата
Доставка на мостри
Изграждане на библиотека
Секвениране
Анализ на данни
Следпродажбени услуги
1.Хистограма: Разпределение на видовете
2. Функционални гени, анотирани към метаболитните пътища на KEGG
3. Топлинна карта: Диференциални функции, базирани на относителното изобилие на гени
4. Circos на CARD антибиотични резистентни гени
Калъф BMK
Разпространение на гени за резистентност към антибиотици и бактериални патогени по коренния континуум почва-мангрово дърво
Публикувано:Вестник за опасни материали, 2021 г
Стратегия за последователност:
Материали: ДНК екстракти от четири фрагмента от проби, свързани с мангрови корени: незасадена почва, ризосфера, еписфера и ендосфера
Платформа: Illumina HiSeq 2500
Цели: Метагеном
16S rRNA ген V3-V4 регион
Ключови резултати
Метагеномното секвениране и профилирането на метабаркодиране върху континуума почва-корен на мангрови фиданки бяха обработени, за да се проучи разпространението на гени за резистентност към антибиотици (ARG) от почвата в растенията.Метагеномните данни разкриват, че 91,4% от гените за антибиотична резистентност са идентифицирани обикновено във всичките четири почвени отделения, споменати по-горе, което показва непрекъснат начин.Секвенирането на 16S rRNA ампликон генерира 29 285 последователности, представляващи 346 вида.Комбинирайки с профилиране на видовете чрез секвениране на ампликони, беше установено, че това разпространение е независимо от микробиотата, свързана с корена, но може да бъде улеснено от подвижността на генетични елементи.Това проучване идентифицира потока на ARG и патогени от почвата в растенията чрез взаимосвързан континуум почва-корен.
справка
Wang, C., Hu, R., Strong, PJ, Zhuang, W., & Shu, L.(2020 г.).Разпространение на гени за резистентност към антибиотици и бактериални патогени по континуума почва-мангрови корени.Журнал за опасни материали, 408, 124985.
