Hi-C базирано сглобяване на генома
Предимства на услугата
Преглед на Hi-C
(Lieberman-Aiden E et al.,Наука, 2009)
● Няма нужда от конструиране на генетична популация за закрепване на контиг;
● По-висока плътност на маркера, водеща до по-висок коефициент на закотвяне на контиги над 90%;
● Позволява оценка и корекции на съществуващи геномни сборки;
● По-кратко време за изпълнение с по-висока точност при сглобяването на генома;
● Богат опит с над 1000 Hi-C библиотеки, конструирани за над 500 вида;
● Над 100 успешни случая с общ публикуван импакт фактор над 760;
● Геномно сглобяване на базата на Hi-C за полиплоиден геном, 100% степен на закотвяне беше постигната в предишния проект;
● Вътрешни патенти и авторски права върху софтуер за Hi-C експерименти и анализ на данни;
● Саморазработен визуализиран софтуер за настройка на данни, който позволява ръчно преместване на блокове, обръщане, отмяна и повторно изпълнение.
Сервизни спецификации
|
Тип библиотека
|
Платформа | Прочетете дължина | Препоръчайте стратегия |
| Здравей-C | Illumina NovaSeq | PE150 | ≥ 100X |
Биоинформатични анализи
● Контрол на качеството на необработените данни
● Контрол на качеството на библиотеката Hi-C
● Сглобяване на геном на базата на Hi-C
● Оценка след монтажа
Примерни изисквания и доставка
Примерни изисквания:
| Животно | гъбички | растения
|
| Замразена тъкан: 1-2g на библиотека Клетки: 1x 10^7 клетки на библиотека | Замразена тъкан: 1 g на библиотека | Замразена тъкан: 1-2g на библиотека
|
| *Силно препоръчваме да изпратите поне 2 аликвотни части (1 g всяка) за Hi-C експеримента. | ||
Препоръчителна доставка на мостри
Контейнер: центрофужна епруветка от 2 ml (не се препоръчва калаено фолио)
За повечето проби препоръчваме да не се съхраняват в етанол.
Етикетиране на проби: Пробите трябва да бъдат ясно етикетирани и идентични с представения формуляр с информация за пробата.
Пратка: Сух лед: Пробите трябва първо да бъдат опаковани в торби и заровени в сух лед.
Работен поток на услугата
Дизайн на експеримента
Доставка на мостри
Екстракция на ДНК
Изграждане на библиотека
Секвениране
Анализ на данни
Следпродажбени услуги
*Показаните тук демонстрационни резултати са от геноми, публикувани с Biomarker Technologies
1.Hi-C взаимодействие топлинна карта наCamptotheca acuminataгеном.Както е показано на картата, интензивността на взаимодействията е отрицателно свързана с линейното разстояние, което показва високо прецизно сглобяване на ниво хромозома.(Коефициент на закотвяне: 96,03%)
Kang M и др.,Nature Communications, 2021 г
2.Hi-C улесни валидирането на инверсии междуGossypium hirsutumL. TM-1 A06 иЖ. дендрариумChr06
Yang Z и др.,Nature Communications, 2019
3. Сглобяване и двуалелна диференциация на генома на маниока SC205.Hi-C топлинна карта показва ясно разделяне на хомоложни хромозоми.
Hu W и др.,Молекулярно растение, 2021 г
4.Hi-C топлинна карта на генома на два вида Ficus:F.microcarpa(коефициент на закотвяне: 99,3%) иF.hispida (коефициент на закотвяне: 99,7%)
Zhang X и др.,клетка, 2020 г
Калъф BMK
Геномите на Banyan Tree и опрашителната оса дават представа за коеволюцията на смокинята и осата
Публикувано: клетка, 2020 г
Стратегия за последователност:
F. microcarpa геном: Прибл.84 X PacBio RSII (36,87 Gb) + Hi-C (44 Gb)
F. hispidaгеном: Прибл.97 X PacBio RSII (36.12 Gb) + Hi-C (60 Gb)
Eupristina verticillataгеном: Прибл.170 X PacBio RSII (65 Gb)
Ключови резултати
1. Два генома на бананово дърво и един геном на опрашваща оса бяха конструирани с помощта на PacBio секвениране, Hi-C и карта на свързване.
(1)F. microcarpaгеном: Установен е сбор от 426 Mb (97,7% от изчисления размер на генома) с контиг N50 от 908 Kb, BUSCO резултат от 95,6%.Общо 423 Mb последователности бяха закотвени към 13 хромозоми от Hi-C.Анотацията на генома даде 29 416 гени, кодиращи протеини.
(2)F. Hispidaгеном: Сглобка от 360 Mb (97,3% от изчисления размер на генома) е добив с контиг N50 от 492 Kb и BUSCO резултат от 97,4%.Общо 359 Mb последователности бяха закотвени върху 14 хромозоми чрез Hi-C и силно идентични с картата на свързване с висока плътност.
(3)Eupristina verticillataгеном: Установен е сбор от 387 Mb (Очакван размер на генома: 382 Mb) с контиг N50 от 3,1 Mb и BUSCO резултат от 97,7%.
2. Сравнителният геномен анализ разкрива голям брой структурни вариации между двеФикусгеноми, които предоставиха безценен генетичен ресурс за адаптивни еволюционни изследвания.Това проучване за първи път даде представа за коеволюцията на смокиня и оса на геномно ниво.
 Диаграма на Circos за геномни характеристики на двеФикусгеноми, включително хромозоми, сегментни дупликации (SDs), транспозони (LTR, TEs, ДНК TEs), генна експресия и синтения |  Идентифициране на Y хромозомата и кандидат гена за определяне на пола |
Zhang, X., et al.„Геномите на Banyan Tree и осата опрашител дават представа за коеволюцията на смокиня и оса.“Клетка 183.4 (2020).
