-
Секвениране на геном на растения/животни De novo
De novoсеквенирането се отнася до изграждане на целия геном на вида, използвайки технологии за секвениране, напр. PacBio, Nanopore, NGS и др., при липса на референтен геном.Забележителното подобрение в дължината на четене на технологиите за секвениране от трето поколение донесе нови възможности за сглобяване на сложни геноми, като тези с висока хетерозиготност, високо съотношение на повтарящи се региони, полиплоиди и т.н. разрешаване на повтарящи се елементи, региони с анормално съдържание на GC и други силно сложни региони.
Платформа: PacBio Sequel II /Nanopore PromethION P48/ Illumina NovaSeq6000
-
Hi-C базирано сглобяване на генома
Hi-C е метод, предназначен за улавяне на хромозомна конфигурация чрез комбиниране на сондиране на базирани на близост взаимодействия и високопроизводително секвениране.Смята се, че интензивността на тези взаимодействия е в отрицателна връзка с физическото разстояние на хромозомите.Следователно, Hi-C данните могат да ръководят групирането, подреждането и ориентирането на сглобените последователности в черновата на генома и закрепването им върху определен брой хромозоми.Тази технология дава възможност за сглобяване на генома на ниво хромозома при липса на генетична карта, базирана на популацията.Всеки един геном се нуждае от Hi-C.
Платформа: Illumina NovaSeq6000 / DNBSEQ
-
Еволюционна генетика
Еволюционната генетика е пакетирана услуга за секвениране, предназначена за предоставяне на изчерпателна интерпретация на еволюционната информация на дадени материали въз основа на генетични вариации, включително SNP, InDels, SVs и CNV.Той предоставя всички фундаментални анализи, необходими за описване на еволюционни промени и генетични характеристики на популациите, като структура на популацията, генетично разнообразие, филогенезни връзки и т.н. Той също така съдържа изследвания върху потока на гените, което дава възможност за оценка на ефективния размер на популацията, времето на дивергенция.
-
Сравнителна геномика
Сравнителната геномика буквално означава сравняване на пълните геномни последователности и структури на различни видове.Тази дисциплина има за цел да разкрие еволюцията на видовете, генната функция, генния регулаторен механизъм на ниво геном чрез идентифициране на структурите на последователността и елементите, които се запазват или диференцират при различните видове.Типичното сравнително изследване на геномиката включва анализи в генното семейство, еволюционното развитие, дублирането на целия геном, селективното налягане и т.н.
-
Обобщен анализ на Segregant
Обемният сегрегантен анализ (BSA) е техника, използвана за бързо идентифициране на генетични маркери, свързани с фенотипа.Основният работен процес на BSA съдържа избор на две групи индивиди с изключително противоположни фенотипове, обединяване на ДНК на всички индивиди, за да се образуват две части от ДНК, идентифициране на диференциални последователности между два пула.Тази техника е широко използвана за идентифициране на генетични маркери, силно свързани с целеви гени в растителни/животински геноми.
