Потопете се в потенциала за изучаване на диво разнообразие от изследователски видове, илюстрирано от основен случай от клиенти на BMKGENE.Наскоро публикувана в тазгодишното издание на Plant Biotechnology Journal, статията, озаглавена „Геном на дива Hevea brasiliensis на ниво хромозома: овластяване на геномно-подпомогнато размножаване и разкриване на жизненоважни локуси за повишен добив на каучук“ е ценна справка.
Бразилското каучуково дърво (Hevea brasiliensis) стои високо като основен източник на естествен каучук.През миналия век традиционните методологии за отглеждане предизвикаха забележителен шесткратен скок в производството на каучук.И все пак основната генетична основа, отговорна за потенциалното повишаване на добива на каучук, остава загадъчна.
Това проучване се зае с конструирането на геном на ниво хромозома за дивото каучуково дърво, използвайки синергия от секвениране с дълго четене на Nanopore, секвениране на Illumina NGS и Hi-C технология.
Успоредно с това, набор от 147 ресурса на зародишна плазма, включващ вариации с висок добив, диви щамове и свързани видове, беше събран за цялостно повторно секвениране на целия геном (WGS) с помощта на платформата Illumina.Последвалите данни за секвениране бяха подложени на строг популационен генетичен анализ, позволяващ дисекция на структурата на популацията, разнообразието и неравновесието на връзката.Този анализ хвърли светлина върху вариациите в опитомяването сред популациите.
По-нататъшни изследвания обхващат анализ, включващ Fst, π, D и LD на Tajima, целящи да разкрият сигнали за селекция, произтичащи от подобрен добив на латекс, по-специално съсредоточени върху клоновете на Wickham.
Кулминирайки в анализ на асоциацията в целия геном (GWAS), маркерите, свързани с характеристиките на добива и впоследствие гените, свързани с добива, бяха точно определени.Първоначалното валидиране разкри отличителни транскрипционни дейности в различни мутанти за два ERF гена, предоставяйки предварителен поглед върху тяхното функционално значение.По-нататъшно потвърждение е насрочено в рамките на предстоящи изследвания.
BMKGENE се гордее с приноса си за обширното пресеквениране на целия геном на тази значителна популация, заедно със съществена роля в биоинформационния анализ.Нашият огромен опит обхваща NGS/TGS секвениране и мултиомичен биоинформатичен анализ в набор от 1000+ вида.Очакваме с нетърпение перспективата да си партнираме с вас във вашите предстоящи проекти.
Щракнете тук, за данаучете повече за това проучване
Време на публикуване: 29 август 2023 г