Продукти

*Показаните тук демонстрационни резултати са от геноми, публикувани с Biomarker Technologies

1. Оценка на времето за вмъкване на LTR: Фигурата показва уникално бимодално разпределение на времената на вмъкване на LTR-RT в генома на Weining ръж, в сравнение с други видове.Най-новият връх се е появил преди около 0,5 милиона години.

Li Guang и др.,Природна генетика, 2021 г

2. Анализ на филогенеза и генна фамилия на чайот (Sechium edule): Чрез анализиране на чайот и другите 13 свързани вида в генното семейство беше установено, че Chayote е най-тясно свързан със змийската кратуна (Trichosanthes anguina).Чайот, получен от змийска кратуна на около 27-45 Mya и дублиране на целия геном (WGD) е наблюдавано в chayote на 25±4 Mya, което е третото WGD събитие в cucuibitaceae.

Fu A и др.,Изследвания в градинарството, 2021 г

3. Синтетичен анализ: Някои гени, свързани с фитохормоните в развитието на плодовете, са открити в чайот, змийска кратуна и тиква.Корелацията между чайот и тиква е малко по-висока от тази между чайот и змийска кратуна.

Fu A и др.,Изследвания в градинарството, 2021 г

4.Анализ на генно семейство: Обогатяването на KEGG върху разширяването и свиването на генното семейство в геномите на G.thurberi и G.davidsonii показва, че гените, свързани с биосинтезата на стероиди и биосинтезата на брасиностероиди, са разширени.

Yang Z и др.,Биология на BMC, 2021 г

5.Анализ на дублиране на целия геном: 4DTV и Ks анализ на разпределението показаха събитие на дублиране на целия геном.Пикове на вътрешновидови показани събития на дублиране.Пикове на междувидови показани събития на видообразуване.Анализът показа, че в сравнение с другите три тясно свързани вида, O. europaea премина през широкомащабно генно дублиране напоследък.

Rao G и др.,Изследвания в градинарството, 2021 г

Калъф BMK

Роза без бодли: геномни прозрения, свързани с адаптирането към влага

Публикувано: Национален научен преглед, 2021 г

Стратегия за последователност:

„На Басибез бодли' (Р.Wichurainan) геном:
Прибл.93 X PacBio + прибл.90 X Nanopore + 267 X Illumina

Ключови резултати

1.Висококачественият геном на R.wichuraiana е конструиран с помощта на техники за секвениране с дълго четене, които дават сбор от 530,07 Mb (Очакваният размер на генома е приблизително 525,9 Mb чрез поточна цитометрия и 525,5 чрез изследване на генома； Хетерозиготността е около 1,03%).Оценката на BUSCO е 93,9%.Сравнявайки със „Old blush“ (haploOB), качеството и пълнотата на този геном беше потвърдено от базова еднобазова точност и LTR индекс на сглобяване (LAI=20.03).Геномът на R.wichuraiana съдържа 32 674 протеинови кодиращи гени.

2. Мулти-омичен съвместен анализ, състоящ се от сравнителна геномика, транскриптомика, QTL анализ на генетична популация, разкрива решаващата спецификация между R. wichuraiana и Rosa chinensis.Също така, вариацията на експресията на свързаните гени в QTL е вероятно да бъде свързана с моделиране на бодли на стъблото.

Сравнителният анализ на геномиката между Basye;s Thornless и Rosa chinensis, включително синтетичен анализ, клъстер на генно семейство, анализ на разширяване и свиване, разкрива голям брой вариации, които са свързани с решаващи характеристики на розите.Уникалната експанзия в семейството на гени NAC и FAR1/FRS е много вероятно да бъде свързана с резистентност към черно петно.

Zhong, M., et al.„Роза без бодли: геномни прозрения, свързани с адаптирането към влагата“Национален научен преглед, 2021;, nwab092.