Групиран сегрегационен анализ
Предимства на услугата
Takagi et al., The plant journal, 2013
● Точно локализиране: Смесване на групи от 30+30 до 200+200 индивида за минимизиране на фоновия шум;несинонимично предсказване на регион кандидат, базирано на мутанти.
● Изчерпателен анализ: Задълбочена анотация на функцията на кандидат ген, включително NR, SwissProt, GO, KEGG, COG, KOG и др.
● По-бързо време за изпълнение: Бързо локализиране на ген в рамките на 45 работни дни.
● Богат опит: BMK е допринесъл за локализиране на хиляди черти, обхващащи различни видове като култури, водни продукти, гора, цветя, плодове и др.
Сервизни спецификации
Население:
Разделяне на потомство на родители с противоположни фенотипове.
напр. F2 потомство, обратно кръстосване (BC), рекомбинантна инбредна линия (RIL)
Смесителен басейн
За качествени характеристики: 30 до 50 индивида (минимум 20)/насипно състояние
За количествена характеристика: най-добрите 5% до 10% индивиди с един от двата крайни фенотипа в цялата популация (минимум 30+30).
Препоръчителна дълбочина на секвениране
Най-малко 20X/родител и 1X/потомство индивид (напр. за смесване на поколение потомство от 30+30 индивида, дълбочината на секвениране ще бъде 30X за маса)
Биоинформатични анализи
● Ресеквениране на целия геном
● Обработка на данни
● SNP/Indel повикване
● Проверка на регион кандидат
● Анотация за функцията на кандидат-ген
Примерни изисквания и доставка
Примерни изисквания:
Нуклеотиди:
| gDNA проба | Тъканна проба |
| Концентрация: ≥30 ng/μl | Растения: 1-2гр |
| Количество: ≥2 μg (обем ≥15 μl) | Животни: 0,5-1 g |
| Чистота: OD260/280= 1.6-2.5 | Цяла кръв: 1,5 мл |
Работен поток на услугата
Дизайн на експеримента
Доставка на мостри
Екстракция на РНК
Изграждане на библиотека
Секвениране
Анализ на данни
Следпродажбени услуги
1. База за анализ на асоциациите на Евклидово разстояние (ED) за идентифициране на регион кандидат.На следващата фигура
X-ос: Брой на хромозомите;Всяка точка представлява ED стойност на SNP.Черната линия съответства на монтираната ED стойност.По-високата стойност на ED показва по-значима връзка между мястото и фенотипа.Червената прекъсната линия представлява праг на значима асоциация.
2. Анализ на асоциацията, базиран на SNP-индекс
X-ос: Брой на хромозомите;Всяка точка представлява стойност на SNP-индекс.Черната линия означава монтирана стойност на SNP-индекса.Колкото по-голяма е стойността, толкова по-значима е връзката.
Калъф BMK
Локусът на количествения признак с основен ефект Fnl7.1 кодира изобилен протеин в късната ембриогенеза, свързан с дължината на шийката на плода в краставица
Публикувано: Вестник за растителна биотехнология, 2020 г
Стратегия за последователност:
Родители (Jin5-508, YN): Повторно секвениране на целия геном за 34× и 20×.
ДНК пулове (50 с дълга шия и 50 с къса шия): Повторно секвениране за 61× и 52×
Ключови резултати
В това проучване сегрегиращата популация (F2 и F2:3) е генерирана чрез кръстосване на линия на краставици с дълга шия Jin5-508 и YN с къса шия.Два ДНК басейна бяха конструирани от 50 индивида с екстремна дълга шия и 50 индивида с екстремна къса шия.QTL с основен ефект беше идентифициран на Chr07 чрез BSA анализ и традиционно QTL картографиране.Кандидат регионът беше допълнително стеснен чрез фино картографиране, количествено определяне на генната експресия и трансгенни експерименти, които разкриха ключов ген за контролиране на дължината на врата, CsFnl7.1.В допълнение, беше установено, че полиморфизмът в CsFnl7.1 промоторната област е свързан със съответната експресия.Допълнителен филогенетичен анализ предполага, че Fnl7.1 локусът е много вероятно да произхожда от Индия.
 QTL-картографиране в BSA анализ за идентифициране на регион кандидат, свързан с дължината на шията на краставица |  LOD профили на QTL с дължина на врата на краставица, идентифицирани на Chr07 |
Xu, X., et al.„Локусът на количествения признак с основен ефект Fnl7.1 кодира изобилен протеин в късна ембриогенеза, свързан с дължината на шийката на плода в краставицата.“Вестник за растителна биотехнология 18.7 (2020).
