16S/18S/ITS ампликонно секвениране-NGS
Предимства на услугата
● Без изолиране и бързо идентифициране на микробния състав в пробите от околната среда
● Висока разделителна способност в компоненти с ниско съдържание в проби от околната среда
● Най-новият QIIME2 анализиращ поток с разнообразни анализи по отношение на база данни, анотация, OTU/ASV.
● Висока производителност, по-висока точност
● Приложимо за различни изследвания на микробна общност
● BMK притежава богат опит с над 100 000 проби годишно, обхващащи почва, вода, газ, утайки, изпражнения, черва, кожа, ферментационен бульон, насекоми, растения и др.
● BMKCloud улеснява интерпретацията на данни, съдържаща 45 персонализирани инструмента за анализ
Сервизни спецификации
| СеквениранеПлатформа | Библиотека | Препоръчителен добив на данни | Очаквано време за изпълнение |
| Платформа Illumina NovaSeq | PE250 | 50K/100K/300K тагове | 30 дни |
Биоинформатични анализи
● Контрол на качеството на необработените данни
● OTU клъстериране/де-шум (ASV)
● OTU анотация
● Алфа разнообразие
● Бета разнообразие
● Междугрупов анализ
● Анализ на асоциацията срещу експериментални фактори
● Предсказване на функцията на гена
Примерни изисквания и доставка
Примерни изисквания:
ЗаДНК екстракти:
| Тип проба | Количество | Концентрация | Чистота |
| ДНК екстракти | > 30 ng | > 1 ng/μl | OD260/280= 1.6-2.5 |
За екологични проби:
| Примерен тип | Препоръчителна процедура за вземане на проби |
| Почва | Количество на пробата: прибл.5 g;Останалото изсъхнало вещество трябва да се отстрани от повърхността;Смелете едри парчета и прекарайте през 2 mm филтър;Аликвотни проби в стерилна EP-епруветка или cyrotube за резервация. |
| Изпражнения | Количество на пробата: прибл.5 g;Съберете и аликвотирайте проби в стерилна ЕР-епруветка или криоепруветка за резервиране. |
| Чревно съдържимо | Пробите трябва да се обработват при асептични условия.Измийте събраната тъкан с PBS;Центрофугирайте PBS и съберете утайката в EP-епруветки. |
| Утайка | Количество на пробата: прибл.5 g;Съберете и аликвотна проба от утайка в стерилна EP-епруветка или криоепруветка за резервиране |
| Водно тяло | За проба с ограничено количество микроби, като чешмяна вода, вода от кладенци и т.н., съберете поне 1 L вода и преминете през 0,22 μm филтър, за да обогатите микробите върху мембраната.Съхранявайте мембраната в стерилна епруветка. |
| кожа | Внимателно изстържете кожната повърхност със стерилен памучен тампон или хирургическо острие и го поставете в стерилна епруветка. |
Препоръчителна доставка на мостри
Замразете пробите в течен азот за 3-4 часа и ги съхранявайте в течен азот или -80 градуса за дългосрочно съхранение.Изисква се мостра за доставка със сух лед.
Работен поток на услугата
Доставка на мостри
Изграждане на библиотека
Секвениране
Анализ на данни
Следпродажбени услуги
1. Видово разпространение
2. Топлинна карта: Групиране на богатството на видовете
3. Крива на рядка фракция
4.NMDS анализ
5.Lefse анализ
Калъф BMK
Затлъстелите индивиди със и без диабет тип 2 показват различен функционален капацитет и състав на чревните микроби
Публикувано:Клетъчен гостоприемник и микроб, 2019 г
Стратегия за последователност:
Слабо без диабет (n=633);Затлъстяване без диабет (n=494);Затлъстяване - диабет тип 2 (n=153);
Целеви регион: 16S rDNA V1-V2
Платформа: Illumina Miseq (NGS-базирано секвениране на ампликони)
Подгрупа от ДНК екстракти бяха подложени на метагеномно секвениране върху Illumina Hiseq
Ключови резултати
Микробните профили на тези метаболитни заболявания бяха успешно диференцирани.
Чрез сравняване на микробни характеристики, генерирани от 16S секвениране, беше установено, че затлъстяването е свързано с промени в микробния състав, индивидуални характеристики, особено значително намаляване на Akkermansia, Faecalibacterium, Oscillibacter, Alistipes и др. В допълнение, T2D беше установено, че е свързано с увеличаване на Escherichia/shigella .
справка
Thingholm, LB, et al.„Затлъстелите хора със и без диабет тип 2 показват различен функционален капацитет и състав на чревните микроби.“Клетъчен гостоприемник и микроб26.2 (2019).
