Паслядоўнасць узмоцненых фрагментаў канкрэтнага локуса (SLAF-Seq)
Падрабязнасці абслугоўвання
Тэхнічная схема
Працоўны працэс
Перавагі абслугоўвання
Высокая эфектыўнасць выяўлення маркераў- Высокапрадукцыйная тэхналогія секвенирования дапамагае SLAF-Seq выяўляць сотні тысяч тэгаў ва ўсім геноме.
Нізкая залежнасць ад геному- Гэта можа быць ужыта да відаў як з эталонным геномам, так і без яго.
Гнуткая схема праектавання- Аднаферментнае, двухферментнае, мультыферментнае страваванне і розныя тыпы ферментаў, усе яны могуць быць выбраны для задавальнення розных мэт даследавання або відаў.Папярэдняя ацэнка in silico выкарыстоўваецца для забеспячэння аптымальнай канструкцыі фермента.
Эфектыўнае ферментатыўнае страваванне- Перадэксперымент быў праведзены для аптымізацыі ўмоў, што робіць фармальны эксперымент стабільным і надзейным.Эфектыўнасць збору фрагментаў можа дасягаць больш за 95%.
Раўнамерна размеркаваныя тэгі SLAF- Пазнакі SLAF раўнамерна размеркаваны ва ўсіх храмасомах у найбольшай ступені, дасягаючы ў сярэднім 1 SLAF на 4 кб.
Эфектыўнае пазбяганне паўтораў- Паўтаральная паслядоўнасць у дадзеных SLAF-Seq зніжана да менш чым 5%, асабліва ў відаў з высокім узроўнем паўтораў, такіх як пшаніца, кукуруза і г.д.
Вялікі вопыт-Больш за 2000 закрытых праектаў SLAF-Seq па сотнях відаў раслін, млекакормячых, птушак, насякомых, акваарганізмаў і г.д.
Самастойна распрацаваны біяінфармацыйны працоўны працэс- Інтэграваны біяінфарматычны працоўны працэс для SLAF-Seq быў распрацаваны BMKGENE для забеспячэння надзейнасці і дакладнасці канчатковага вываду.
Спецыфікацыі абслугоўвання
| Платформа | Канц. (нг/гл) | Усяго (ug) | OD260/280 |
| Illumina NovaSeq | >35 | >1.6(Том>15μl) | 1,6-2,5 |
Рэкамендуемая стратэгія паслядоўнасці
Глыбіня секвенирования: 10X/Tag
| Памер геному | Рэкамендуемыя тэгі SLAF |
| < 500 Мб | 100K або WGS |
| 500 Мб - 1 Гб | 100 тыс |
| 1 Гб -2 Гб | 200 тыс |
| Гіганцкія або складаныя геномы | 300 - 400 тыс |
| Прыкладанні
| Рэкамендуецца Маштаб насельніцтва
| Стратэгія паслядоўнасці і глыбіня
| |
| Глыбіня
| Нумар тэга
| ||
| GWAS
| Колькасць выбаркі ≥ 200
| 10X
|
У адпаведнасці з памер геному
|
| Генетычная эвалюцыя
| Асобы кожнага падгрупа ≥ 10; агульная колькасць узораў ≥ 30
| 10X
| |
Рэкамендаваны ўзор дастаўкі
Кантэйнер: цэнтрыфужная прабірка 2 мл
Для большасці ўзораў мы рэкамендуем не захоўваць у этаноле.
Маркіроўка ўзораў: Узоры павінны быць выразна маркіраваны і ідэнтычныя прадстаўленай інфармацыйнай форме ўзору.
Адгрузка: сухі лёд: спачатку ўзоры трэба спакаваць у мяшкі і пахаваць у сухім лёдзе.
Працэс абслугоўвання
Узор КК
Пілотны эксперымент
SLAF-эксперымент
Падрыхтоўка бібліятэкі
Секвеніраванне
Аналіз дадзеных
Пасляпродажнае абслугоўванне
1. Статыстыка выніку карты
2. Развіццё маркера SLAF
3. Варыяцыйная анатацыя
| год | часопіс | IF | Назва | Прыкладанні |
| 2022 год | Сувязі з прыродай | 17,694 | Геномная аснова гіга-храмасом і гіга-генома півоні дрэвападобнага Paeonia ostii | СЛАФ-ГВАС |
| 2015 год | Новы фітолаг | 7,433 | Сляды прыручэння замацоўваюць геномныя рэгіёны, якія маюць агранамічнае значэнне ў соевыя бабы | СЛАФ-ГВАС |
| 2022 год | Часопіс перадавых даследаванняў | 12,822 | Штучныя інтрагрэсіі Gossypium barbadense па ўсім геному ў G. hirsutum выявіць лепшыя локусы для адначасовага паляпшэння якасці і ўраджайнасці баваўнянага валакна рысы | SLAF-Эвалюцыйная генетыка |
| 2019 год | Малекулярны завод | 10.81 | Геномны аналіз папуляцыі і зборка De Novo раскрываюць паходжанне Weedy Райс як эвалюцыйная гульня | SLAF-Эвалюцыйная генетыка |
| 2019 год | Генетыка прыроды | 31,616 | Паслядоўнасць геному і генетычнае разнастайнасць звычайнага карпа, Cyprinus carpio | Карта сувязі SLAF |
| 2014 год | Генетыка прыроды | 25,455 | Геном культурнага арахіса дае ўяўленне аб карыатыпе бабовых, полиплоидных эвалюцыі і акультурвання раслін. | Карта сувязі SLAF |
| 2022 год | Часопіс біятэхналогіі раслін | 9,803 | Ідэнтыфікацыя ST1 паказвае выбар з удзелам аўтаспыну марфалогіі насення і ўтрыманне алею падчас акультурвання соі | Распрацоўка SLAF-Marker |
| 2022 год | Міжнародны часопіс малекулярных навук | 6,208 | Ідэнтыфікацыя і распрацоўка ДНК-маркера для пшанічнага Leymus mollis 2Ns (2D) Дисомическое замяшчэнне храмасом | Распрацоўка SLAF-Marker |
