Малое секвенирование РНК-Illumina
Перавагі абслугоўвання
● першая аснова на 5'-канцы аддае моцную перавагу U для атрымання спецыфічных РНК
● прагназаванне гена-мішэні мікраРНК
● Дадзеныя выкарыстоўваюцца для правядзення сумеснага аналізу з мРНК
● дыферэнцыяльная экспрэсія мікраРНК
● прагназаванне гена-мішэні мікраРНК
● Дастаўка вынікаў на аснове BMKCloud: індывідуальны аналіз даных даступны на платформе
● Пасляпродажнае абслугоўванне дзейнічае на працягу 3 месяцаў пасля завяршэння праекта
Узоры патрабаванняў і пастаўка
| Бібліятэка | Платформа | Рэкамендуемыя дадзеныя | КК даных |
| сРНК | Illumina SE50 | 10M/20M чытанняў | Q30≥85% |
Узоры патрабаванняў:
Нуклеатыды:
| Канц. (нг/мкл) | Колькасць (мкг) | Чысціня | Сумленнасць |
| ≥ 80 | ≥ 0,5 | OD260/280=1,7-2,5 OD260/230=0,5-2,5 Забруджванне бялком або ДНК на гелі абмежавана або адсутнічае. | Для раслін: RIN≥7,5; Для жывёл: RIN≥8,0; 5,0≥28S/18S≥1,0; абмежаванае павышэнне зыходнага ўзроўню або яго адсутнасць |
*Для тканіны, меншай за 5 мг, мы рэкамендуем адправіць хутка замарожаны (у вадкім азоце) узор тканіны.
Завісь клетак: колькасць клетак = 3×107
*Мы рэкамендуем адпраўляць замарожаны лізат клетак.У выпадку, калі колькасць клетак менш 5×105, рэкамендуецца хуткая замарозка ў вадкім азоце.
Узоры крыві:
PA×geneBloodRNATube;
6mLTRIzol і 2mL крыві (TRIzol:Кроў=3:1)
Рэкамендаваны ўзор дастаўкі
Кантэйнер:
Цэнтрыфужная прабірка на 2 мл (не рэкамендуецца выкарыстоўваць алавяную фальгу)
Прыклад маркіроўкі: група+рэплікацыя, напрыклад, A1, A2, A3;B1, B2, B3... ...
Адгрузка:
1. Сухі лёд: Узоры трэба спакаваць у пакеты і закапаць у сухі лёд.
2. Прабіркі для стабільнай РНК: узоры РНК можна высушыць у прабірцы для стабілізацыі РНК (напрыклад, RNAstable®) і адправіць пры пакаёвай тэмпературы.
Працэдура абслугоўвання
Дызайн эксперыменту
Дастаўка ўзору
Вылучэнне РНК
Будаўніцтва бібліятэкі
Секвеніраванне
Аналіз дадзеных
Пасляпродажнае абслугоўванне
Біяінфарматыка
1. Ідэнтыфікацыя miRNA
Кожны кандыдат-папярэднік новых мікраРНК, прадказаных miRDeep2, мае малюнак у фармаце PDF, які паказвае яго структуру і глыбіню секвенирования.
структура папярэдніка мікраРНК і глыбіня секвенирования
2. Узбагачэнне KEGG мэтавымі генамі DE-міРНК
У гэтай сесіі Biomarker спачатку вывучыў, ці з'яўляюцца шляхі празмернай прэзентацыяй генаў, накіраваных на DE-міРНК.Каэфіцыенты ўзбагачэння і тэст Фішэра былі ўжытыя для вызначэння ступені ўзбагачэння і значнасці шляху.Раўнанне разліку ўзбагачэння паказана ніжэй.
Узбагачэнне шляху KEGG на генах, накіраваных на DE-міРНК
3.GO Enrichment Analysis на DE-miRNA Target Genes
clusterProfiler быў выкарыстаны ў аналізе ўзбагачэння GO на генах, накіраваных на DE-miRNA.Накіраваны ацыклічны граф узбагачаных тэрмінаў быў створаны, каб паказаць іерархічную структуру тэрмінаў.На малюнку кірунак стрэлак паказвае адносіны ўключэння паміж тэрмінамі, г.зн. вузлы больш канкрэтныя, чым іх верхнія вузлы.Накіраваны ацылічны графік генаў, накіраваных на DE-міРНК, паказаны на малюнку ніжэй.
Накіраваны TopGO ацыклічны графік генаў, накіраваных на DE-міРНК
Справа БМК
Комплексны аналіз МіРНК і генаў, звязаных з якасцю мяса, паказвае, што Gga-MiR-140-5p уплывае на нутрацягліцавае адкладанне тлушчу ў курэй
Апублікавана:Клеткавая фізіялогія і біяхімія,2018 год
Асноўныя вынікі
У курэй позняга перыяду яйценоскость назіраўся больш нізкі ўзровень глабальнай экспрэсіі микроРНК, чым у маладняку.
Была пабудавана рэгулятарная сетка мірНК-мРНК, якая можа паўплываць на якасць мяса
gga-miR-140-5p спрыяе дыферэнцыяцыі адыпацытаў, зніжаючы рэгуляцыю RXRG.
 gga-miR-140-5p спрыяе нутрацягліцавай дыферэнцыяцыі прэадыпацытаў курыцы шляхам нацэльвання на 3'UTR RXRG |
Даведка
Чжан М, Лі ДХ, Лі Ф і інш.Комплексны аналіз МіРНК і генаў, звязаных з якасцю мяса, паказвае, што Gga-MiR-140-5p уплывае на нутрацягліцавае адкладанне тлушчу ў курэй [J].Клеткавая фізіялогія і біяхімія, 2018:2421-2433.DOI: 10.1159/000489649
