-
Секвенирование аднаядзернай РНК
Прагрэс у захопе адной клеткі і тэхніцы стварэння індывідуальнай бібліятэкі ў спалучэнні з высокапрадукцыйным секвенаваннем дазваляе даследаваць экспрэсію генаў па клетках.Гэта забяспечвае больш глыбокі і поўны сістэмны аналіз складаных клетачных папуляцый, у якім ён у значнай ступені пазбягае маскіроўкі іх гетэрагеннасці шляхам сярэдняга значэння ўсіх клетак.
Аднак некаторыя клеткі непрыдатныя для стварэння аднаклетачнай суспензіі, таму неабходныя іншыя метады падрыхтоўкі ўзораў - экстракцыя ядра з тканіны, гэта значыць ядро непасрэдна экстрагуецца з тканіны або клеткі і рыхтуецца да одноядерной суспензіі для аднаго клеткі. секвенирование клетак.
BMK прадастаўляе паслугу секвенирования аднаклеткавай РНК 10× на базе Genomics ChromiumTM.Гэтая паслуга шырока выкарыстоўваецца ў даследаваннях, звязаных з захворваннямі, такімі як дыферэнцыяцыя імунных клетак, гетэрагеннасць пухлін, развіццё тканін і г.д.
Чып прасторавай транскрыпцыі: 10× Genomics
Платформа: платформа Illumina NovaSeq
-
Прасторавая транскрыпцыя BMKMANU S1000
Прасторавая транскрыптаміка знаходзіцца ў авангардзе навуковых інавацый, даючы даследчыкам магчымасць паглыбляцца ў складаныя схемы экспрэсіі генаў у тканінах, захоўваючы пры гэтым іх прасторавы кантэкст.Сярод розных платформаў кампанія BMKGene распрацавала чып прасторавай транскрыпцыі BMKManu S1000, які можа пахваліццапалепшанае дазвол5 мкМ, дасягаючы субклеткавага дыяпазону і дазваляючышматузроўневыя налады дазволу.Чып S1000, які змяшчае каля 2 мільёнаў кропак, выкарыстоўвае мікралункі, наслаеныя шарыкамі, загружанымі зондамі захопу з прасторавым штрых-кодам.Бібліятэка кДНК, узбагачаная прасторавымі штрых-кодамі, рыхтуецца з чыпа S1000 і пасля секвенируется на платформе Illumina NovaSeq.Камбінацыя ўзораў з прасторавым штрых-кодам і UMI забяспечвае дакладнасць і канкрэтнасць атрыманых даных.Унікальная ўласцівасць чыпа BMKManu S1000 заключаецца ў яго ўніверсальнасці, якая прапануе шматузроўневыя налады раздзялення, якія можна дакладна наладзіць на розныя тканіны і ўзроўні дэталізацыі.Такая адаптыўнасць робіць чып выдатным выбарам для разнастайных даследаванняў прасторавай транскрыптамікі, забяспечваючы дакладную прасторавую кластэрызацыю з мінімальным шумам.
Выкарыстоўваючы чып BMKManu S1000 і іншыя тэхналогіі прасторавай транскрыптамікі, даследчыкі могуць атрымаць лепшае разуменне прасторавай арганізацыі клетак і складаных малекулярных узаемадзеянняў, якія адбываюцца ўнутры тканін, даючы неацэнную інфармацыю аб механізмах, якія ляжаць у аснове біялагічных працэсаў у шырокім дыяпазоне абласцей, у тым ліку анкалогія, неўралогія, біялогія развіцця, імуналогія і батанічныя даследаванні.
Платформа: чып BMKManu S1000 і Illumina NovaSeq
-
10x Genomics Visium Spatial Transcriptome
Прасторавая транскрыптаміка - гэта перадавая тэхналогія, якая дазваляе даследчыкам даследаваць мадэлі экспрэсіі генаў у тканінах, захоўваючы іх прасторавы кантэкст.Адной з магутных платформ у гэтай галіне з'яўляецца 10x Genomics Visium у спалучэнні з секвенированием Illumina.Прынцып 10X Visium ляжыць на спецыялізаваным чыпе з пазначанай зонай захопу, дзе размяшчаюцца зрэзы тканін.Гэтая вобласць захопу змяшчае плямы са штрых-кодам, кожная з якіх адпавядае ўнікальнаму прастораваму размяшчэнню ў тканіны.Затым захопленыя малекулы РНК з тканіны пазначаюцца унікальнымі малекулярнымі ідэнтыфікатарамі (UMI) падчас працэсу зваротнай транскрыпцыі.Гэтыя плямы са штрых-кодам і UMI дазваляюць дакладнае прасторавае адлюстраванне і колькасную ацэнку экспрэсіі генаў з дазволам адной клеткі.Камбінацыя ўзораў з прасторавым штрых-кодам і UMI забяспечвае дакладнасць і канкрэтнасць атрыманых даных.Выкарыстоўваючы гэтую тэхналогію Spatial Transcriptomics, даследчыкі могуць атрымаць больш глыбокае разуменне прасторавай арганізацыі клетак і складаных малекулярных узаемадзеянняў, якія адбываюцца ўнутры тканін, прапаноўваючы неацэннае разуменне механізмаў, якія ляжаць у аснове біялагічных працэсаў у розных галінах, уключаючы анкалогію, неўралогіі, біялогію развіцця, імуналогію , і батанічныя даследаванні.
Платформа: 10X Genomics Visium і Illumina NovaSeq
-
Нанапоры для секвенирования мРНК поўнай даўжыні
У той час як секвенирование мРНК на аснове NGS служыць універсальным інструментам для колькаснага вызначэння экспрэсіі генаў, яго залежнасць ад кароткіх чытанняў абмяжоўвае яго эфектыўнасць у складаных транскрыптамічных аналізах.Секвеніраванне нанапор, з іншага боку, выкарыстоўвае тэхналогію доўгага чытання, якая дазваляе секвенировать поўнаметражныя транскрыпты мРНК.Такі падыход спрыяе комплекснаму вывучэнню альтэрнатыўнага сплайсінгу, зліцця генаў, поліадэнілавання і колькаснага вызначэння ізаформ мРНК.
Секвеніраванне нанапор абапіраецца на электрычныя сігналы адной малекулы нанапор у рэжыме рэальнага часу.Кіруючыся маторнымі вавёркамі, двухцепочечная ДНК звязваецца з вавёркамі нанапор, убудаванымі ў біяплёнку, раскручваючыся пры праходжанні праз канал нанапор пад розніцай напружання.Характэрныя электрычныя сігналы, якія ствараюцца рознымі асновамі ланцуга ДНК, выяўляюцца і класіфікуюцца ў рэжыме рэальнага часу, што спрыяе дакладнаму і бесперапыннаму секвенированию нуклеатыдаў.Гэты інавацыйны падыход пераадольвае абмежаванні кароткага чытання і забяспечвае дынамічную платформу для складанага геномнага аналізу, які ўключае складаныя транскрыптамічныя даследаванні.
Платформа: Nanopore Promethion P48
-
Поўнаметражнае секвенирование мРНК -PacBio
У той час як секвенирование мРНК на аснове NGS з'яўляецца універсальным інструментам для колькаснай ацэнкі экспрэсіі генаў, яго залежнасць ад кароткіх счытванняў абмяжоўвае яго выкарыстанне ў складаных транскрыптамічных аналізах.Секвеніраванне PacBio (Iso-Seq), з іншага боку, выкарыстоўвае тэхналогію доўгага счытвання, што дазваляе секвенировать поўнаметражныя транскрыпты мРНК.Такі падыход спрыяе ўсебаковаму вывучэнню альтэрнатыўнага сплайсінгу, зліццяў генаў і поліадэнілавання, хоць ён не з'яўляецца асноўным выбарам для колькаснага вызначэння экспрэсіі генаў з-за вялікай колькасці неабходных даных.
Тэхналогія секвенирования PacBio абапіраецца на секвенирование адной малекулы ў рэжыме рэальнага часу (SMRT), што дае відавочную перавагу ў захопе поўнаметражных транскрыптаў мРНК.Гэты інавацыйны падыход прадугледжвае выкарыстанне хваляводаў з нулявым рэжымам (ZMW), мікрафабрыкаваных лунак, якія дазваляюць у рэжыме рэальнага часу назіраць за актыўнасцю ДНК-палімеразы падчас секвенирования.У межах гэтых ZMW ДНК-палімераза PacBio сінтэзуе камплементарны ланцуг ДНК, ствараючы доўгія счытванні, якія ахопліваюць усе транскрыпты мРНК.Праца PacBio у рэжыме кругавога кансенсуснага секвенирования (CCS) павышае дакладнасць за кошт шматразовага секвенирования адной і той жа малекулы.Згенераваныя паказанні HiFi маюць дакладнасць, параўнальную з NGS, што дадаткова спрыяе ўсебаковаму і надзейнаму аналізу складаных транскрыптамічных функцый.Платформа: PacBio Sequel II
-
Секвенирование мРНК эукарыятаў-Illumina
Секвенирование мРНК дае магчымасць комплекснага прафілявання ўсіх транскрыптаў мРНК у клетках у пэўных умовах.Гэтая перадавая тэхналогія служыць магутным інструментам, адкрываючы складаныя профілі экспрэсіі генаў, генныя структуры і малекулярныя механізмы, звязаныя з рознымі біялагічнымі працэсамі.Секвеніраванне мРНК, якое шырока распаўсюджана ў фундаментальных даследаваннях, клінічнай дыягностыцы і распрацоўцы лекаў, дазваляе зразумець тонкасці клеткавай дынамікі і генетычнай рэгуляцыі.
Платформа: Illumina NovaSeq X
-
Неэталоннае секвенирование мРНК-Illumina
Секвенирование мРНК дае магчымасць комплекснага прафілявання ўсіх транскрыптаў мРНК у клетках у пэўных умовах.Гэтая перадавая тэхналогія служыць магутным інструментам, адкрываючы складаныя профілі экспрэсіі генаў, генныя структуры і малекулярныя механізмы, звязаныя з рознымі біялагічнымі працэсамі.Секвеніраванне мРНК, якое шырока распаўсюджана ў фундаментальных даследаваннях, клінічнай дыягностыцы і распрацоўцы лекаў, дазваляе зразумець тонкасці клеткавай дынамікі і генетычнай рэгуляцыі.
Платформа: Illumina NovaSeq X
-
Доўгае секвенирование без кадавання - Illumina
Доўгія некадуючыя РНК (lncRNA) - гэта РНК даўжынёй больш за 200 нуклеатыдаў, якія валодаюць мінімальным патэнцыялам кадавання і з'яўляюцца ключавымі элементамі ў некадуючай РНК.Гэтыя РНК, якія знаходзяцца ў ядры і цытаплазме, гуляюць вырашальную ролю ў эпігенетычнай, транскрыпцыйнай і посттранскрыпцыйнай рэгуляцыі, што падкрэслівае іх значнасць у фарміраванні клеткавых і малекулярных працэсаў.Секвенирование LncRNA з'яўляецца магутным інструментам у дыферэнцыяцыі клетак, антагенезе і захворваннях чалавека.
Платформа: Illumina NovaSeq
-
Малое секвенирование РНК-Illumina
Малекулы малой РНК (sRNA), звычайна менш за 200 нуклеатыдаў у даўжыню, уключаюць мікраРНК (miRNA), малыя інтэрферуючыя РНК (siRNA) і piwi-узаемадзейнічаючыя РНК (piRNA).Сярод іх мікраРНК даўжынёй каля 20-24 нуклеатыдаў заслугоўваюць асаблівай увагі з-за іх ключавой рэгулятарнай ролі ў розных клеткавых працэсах.Дзякуючы тканкаспецыфічным і стадыйна-спецыфічным мадэлям экспрэсіі, мікраРНК дэманструюць высокую захаванасць у розных відаў.
Платформа: Illumina NovaSeq
-
секвенирование circRNA-Illumina
Секвеніраванне кругавой РНК (circRNA-seq) прызначана для профілювання і аналізу кальцавых РНК, класа малекул РНК, якія ўтвараюць замкнёныя цыклы з-за некананічных падзей сплайсінгу, забяспечваючы гэтым РНК павышаную стабільнасць.У той час як было паказана, што некаторыя цыркРНК дзейнічаюць як губкі мікраРНК, секвестрыруючы мікраРНК і не даючы ім рэгуляваць свае мРНК-мішэні, іншыя цырРНК могуць узаемадзейнічаць з вавёркамі, мадуляваць экспрэсію генаў або гуляць ролю ў клеткавых працэсах.Аналіз экспрэсіі circRNA дазваляе зразумець рэгулятарную ролю гэтых малекул і іх значэнне ў розных клеткавых працэсах, стадыях развіцця і захворваннях, спрыяючы больш глыбокаму разуменню складанасці рэгуляцыі РНК у кантэксце экспрэсіі генаў.
-
Секвеніраванне поўнай транскрыптама - Illumina
Секвеніраванне поўнага транскрыптому прапануе комплексны падыход да прафілявання розных малекул РНК, які ўключае як кадуючыя (мРНК), так і некадуючыя РНК (lncRNA, circRNA і miRNA).Гэты метад фіксуе поўны транскрыптом пэўных клетак у дадзены момант, што дазваляе цэласна зразумець клеткавыя працэсы.Таксама вядомае як «татальнае секвенирование РНК», яно накіравана на раскрыццё складаных рэгулятарных сетак на ўзроўні транскрыптама, што дазваляе праводзіць глыбокі аналіз, напрыклад канкуруючую эндагенную РНК (ceRNA) і сумесны аналіз РНК.Гэта азначае першы крок да функцыянальнай характарыстыкі, асабліва ў разгадванні рэгулятарных сетак, якія ўключаюць узаемадзеянне цэРНК на аснове цырРНК-міРНК-мРНК.
-
Секвенирование мРНК пракарыётаў
Секвенирование мРНК дае магчымасць комплекснага прафілявання ўсіх транскрыптаў мРНК у клетках у пэўных умовах.Гэтая перадавая тэхналогія служыць магутным інструментам, адкрываючы складаныя профілі экспрэсіі генаў, генныя структуры і малекулярныя механізмы, звязаныя з рознымі біялагічнымі працэсамі.Секвеніраванне мРНК, якое шырока распаўсюджана ў фундаментальных даследаваннях, клінічнай дыягностыцы і распрацоўцы лекаў, дазваляе зразумець тонкасці клеткавай дынамікі і генетычнай рэгуляцыі.Наша апрацоўка ўзораў мРНК пракарыётаў прыстасавана для транскрыптомаў пракарыётаў, уключаючы дэплецыю рРНК і падрыхтоўку накіраванай бібліятэкі.
Платформа: Illumina NovaSeq X
