-
Секвеніраванне поўнай транскрыптама - Illumina
Секвеніраванне поўнага транскрыптому прызначана для прафілявання ўсіх тыпаў малекул РНК, уключаючы кадуючыя (мРНК) і некадуючыя РНК (у тым ліку lncRNA, circRNA і miRNA), якія транскрыбуюцца пэўнымі клеткамі ў пэўны час.Секвеніраванне поўнага транскрыптому, таксама вядомае як «татальнае секвеніраванне РНК», накіравана на выяўленне комплексных рэгулятарных сетак на ўзроўні транскрыптому.Выкарыстоўваючы перавагі тэхналогіі NGS, паслядоўнасці цэлых прадуктаў транскрыптому даступныя для аналізу цэРНК і сумеснага аналізу РНК, што з'яўляецца першым крокам да функцыянальнай характарыстыкі.Выяўленне рэгулятарнай сеткі circRNA-miRNA-mRNA на аснове цэРНК.
-
Імунапрэцыпітацыйнае секвенаванне храмаціну (ChIP-seq)
ChIP-Seq забяспечвае геномнае прафіляванне ДНК-мішэняў для мадыфікацыі гістонаў, фактараў транскрыпцыі і іншых бялкоў, звязаных з ДНК.Ён спалучае ў сабе селектыўнасць імунапрэцыпітацыі храмаціну (ChIP) для аднаўлення спецыфічных комплексаў бялок-ДНК з магутнасцю секвенирования наступнага пакалення (NGS) для высокапрадукцыйнага секвенирования адноўленай ДНК.Акрамя таго, паколькі комплексы бялок-ДНК здабываюцца з жывых клетак, сайты звязвання можна параўнаць у розных тыпах клетак і тканінах або ў розных умовах.Прымяненне вар'іруецца ад рэгуляцыі транскрыпцыі да шляхоў развіцця да механізмаў захворвання і не толькі.
Платформа: платформа Illumina NovaSeq
-
Метагеномнае секвенирование -NGS
Метагеном адносіцца да калекцыі агульнага генетычнага матэрыялу змешанай супольнасці арганізмаў, напрыклад, метагеном навакольнага асяроддзя, метагеном чалавека і г. д. Ён утрымлівае геномы як культываваных, так і некультывавальных мікраарганізмаў.Метагеномнае секвеніраванне - гэта малекулярны інструмент, які выкарыстоўваецца для аналізу змешаных геномных матэрыялаў, выцягнутых з узораў навакольнага асяроддзя, які дае падрабязную інфармацыю пра відавую разнастайнасць і колькасць, структуру папуляцыі, філагенетычныя адносіны, функцыянальныя гены і карэляцыйную сетку з фактарамі навакольнага асяроддзя.
Платформа:Платформа Illumina NovaSeq
-
Метагеномнае секвенирование-Нанапор
Метагеноміка - гэта малекулярны інструмент, які выкарыстоўваецца для аналізу змешаных геномных матэрыялаў, выцягнутых з узораў навакольнага асяроддзя, які дае падрабязную інфармацыю пра відавую разнастайнасць і колькасць, структуру папуляцыі, філагенетычныя ўзаемасувязі, функцыянальныя гены і карэляцыйную сетку з фактарамі навакольнага асяроддзя і г. д. Нядаўна былі прадстаўлены платформы секвенирования нанапор. да метагеномных даследаванняў.Яго выбітная прадукцыйнасць у даўжыні чытання значна палепшыла метагеномны аналіз у далейшым, асабліва зборку метагенома.Карыстаючыся перавагамі даўжыні чытання, метагеномнае даследаванне на аснове Nanopore можа дасягнуць больш бесперапыннай зборкі ў параўнанні з метагеномікай стрэльбы.Было апублікавана, што метагеноміка на аснове Nanopore паспяхова стварыла поўныя і закрытыя бактэрыяльныя геномы з мікрабіёмаў (Мос, Э.Л. і інш.,Біятэхналогія прыроды, 2020)
Платформа:Нанапор PromethION P48
-
Бісульфітнае секвенаванне ўсяго геному
Метыляванне ДНК у пятай пазіцыі ў цытазіне (5-mC) мае фундаментальны ўплыў на экспрэсію генаў і клетачную актыўнасць.Анамальныя схемы метилирования былі звязаны з некалькімі станамі і захворваннямі, такімі як рак.WGBS стаў залатым стандартам для вывучэння агульнагеномнага метылявання пры раздзяленні адной базы.
Платформа: платформа Illumina NovaSeq
-
Аналіз храмаціну, даступнага для транспазазы, з секвенаваннем высокай прапускной здольнасці (ATAC-seq)
ATAC-seq - гэта высокапрадукцыйны метад секвенирования для аналізу агульнагеномнай даступнасці храмаціну, што важна для глабальнага эпігенетычнага кантролю экспрэсіі генаў.Адаптары секвенирования ўстаўляюцца ў адкрытыя вобласці храмаціну гіперактыўнай транспозазы Tn5.Пасля ПЦР-ампліфікацыі ствараецца бібліятэка секвенирования.Усе адкрытыя вобласці храмаціну могуць быць атрыманы ў пэўных прасторава-часавых умовах, а не толькі ў месцах звязвання фактару транскрыпцыі або пэўнай вобласці, мадыфікаванай гістонам.
-
16S/18S/ITS Amplicon Sequencing-PacBio
Субадзінка на 16S і 18S рРНК, якая змяшчае як высокакансерватыўныя, так і гіперварыябельныя вобласці, з'яўляецца ідэальным малекулярным адбіткам для ідэнтыфікацыі пракарыётычных і эукарыётычных арганізмаў.Выкарыстоўваючы перавагі секвенирования, гэтыя ампліконы можна нацэліць на аснове кансерватыўных частак, а гіперзменлівыя вобласці можна цалкам ахарактарызаваць для ідэнтыфікацыі мікробаў, што спрыяе даследаванням, якія ахопліваюць аналіз разнастайнасці мікробаў, сістэматыку, філагенію і г.д. Адна малекула ў рэжыме рэальнага часу (SMRT) ) секвенирование платформы PacBio дазваляе атрымліваць вельмі дакладныя доўгія чытанні, якія могуць ахопліваць поўнаметражныя ампліконы (прыблізна 1,5 Кб).Пашырэнне ўяўлення аб генетычным полі значна палепшыла раздзяляльнасць у анатацыях відаў у супольнасці бактэрый і грыбоў.
Платформа:Працяг PacBio II
-
16S/18S/ITS Ампліконнае секвенаванне-NGS
Секвеніраванне ампліконаў 16S/18S/ITS накіравана на выяўленне філагеніі, сістэматыкі і колькасці відаў у мікробнай супольнасці шляхам даследавання ПЦР-прадуктаў генетычных маркераў хатняга ўтрымання, якія ўтрымліваюць як высокаканверсійныя, так і гіперварыябельныя часткі.Прадстаўленне гэтых дасканалых малекулярных адбіткаў пальцаў Woeses і інш. (1977) дае магчымасць прафілявання мікрабіёма без ізаляцыі.Секвеніраванне 16S (бактэрыі), 18S (грыбы) і ўнутраны транскрыбаваны спейсер (ITS, грыбы) дазваляе ідэнтыфікаваць як распаўсюджаныя віды, так і рэдкія і неідэнтыфікаваныя віды.Гэтая тэхналогія стала шырока прымяняемым і асноўным інструментам для вызначэння дыферэнцыяльнага мікробнага складу ў розных асяроддзях, такіх як рот чалавека, кішачнік, фекаліі і г.д.
Платформа:Платформа Illumina NovaSeq
-
Паўторнае секвеніраванне поўнага геному бактэрый і грыбоў
Паўторнае секвеніраванне поўнага генома бактэрый і грыбоў з'яўляецца найважнейшым інструментам для завяршэння геномаў вядомых бактэрый і грыбоў, а таксама для параўнання некалькіх геномаў або нанясення на карту геномаў новых арганізмаў.Вельмі важна секвенировать цэлыя геномы бактэрый і грыбоў, каб стварыць дакладныя эталонныя геномы, правесці ідэнтыфікацыю мікробаў і іншыя параўнальныя даследаванні геному.
Платформа: платформа Illumina NovaSeq
-
PacBio-поўнафарматнае 16S/18S/ITS ампліконнае секвенаванне
Платформа Amplicon (16S/18S/ITS) распрацавана з улікам шматгадовага вопыту ў аналізе праектаў мікробнай разнастайнасці, якая змяшчае стандартызаваны базавы аналіз і персаналізаваны аналіз: базавы аналіз ахоплівае асноўны змест аналізу бягучых мікробных даследаванняў, змест аналізу багаты і поўны, і вынікі аналізу прадстаўляюцца ў выглядзе справаздач аб праекце;Змест персаналізаванага аналізу разнастайны.Можна адбіраць узоры і гнутка ўсталёўваць параметры ў адпаведнасці са справаздачай аб базавым аналізе і мэтамі даследавання, каб рэалізаваць персанальныя патрабаванні.Аперацыйная сістэма Windows, простая і хуткая.
-
PacBio-поўнаметражны транскрыптом (без спасылкі)
Прымаючы ў якасці ўваходных дадзеных секвеніраванне ізаформ Pacific Biosciences (PacBio), гэта дадатак можа ідэнтыфікаваць поўнаметражныя паслядоўнасці транскрыптаў (без зборкі).Шляхам супастаўлення поўнаметражных паслядоўнасцей з эталонным геномам транскрыпты можна аптымізаваць з дапамогай вядомых генаў, транскрыптаў, кадзіруючых абласцей і г. д. У гэтым выпадку можа быць дасягнута больш дакладная ідэнтыфікацыя структур мРНК, напрыклад, альтэрнатыўны сплайсінг і г. д.Сумесны аналіз з дадзенымі секвеніравання транскрыптомаў NGS забяспечвае больш поўную анатацыю і больш дакладную колькасную ацэнку экспрэсіі на ўзроўні стэнаграмы, што ў значнай ступені прыносіць карысць дыферэнцыяльнай экспрэсіі і функцыянальнаму аналізу.
-
Секвеніраванне бісульфітаў са зніжанай рэпрэзентацыяй (RRBS)
Даследаванне метылявання ДНК заўсёды было гарачай тэмай у даследаванні хвароб і цесна звязана з экспрэсіяй генаў і фенатыпічнымі прыкметамі.RRBS - гэта дакладны, эфектыўны і эканамічны метад даследавання метылявання ДНК.Узбагачэнне астраўковых абласцей промотора і CpG ферментатыўным расшчапленнем (Msp I) у спалучэнні з бісульфітным секвенированием забяспечвае выяўленне метылявання ДНК з высокім дазволам.
Платформа: платформа Illumina NovaSeq
