Цеплавая карта
Файл матрычных даных выкарыстоўваецца для чарчэння цеплавой карты, якая можа фільтраваць, нармалізаваць і кластэрызаваць даныя матрыцы.Ён у асноўным выкарыстоўваецца для кластарнага аналізу ўзроўню экспрэсіі генаў паміж рознымі ўзорамі.
Анатацыя ген
Анатацыя функцыі гена выконваецца шляхам супастаўлення паслядоўнасцей у файле FASTA з рознымі базамі дадзеных.
Анатацыя ген
Базавы інструмент пошуку лакальнага выраўноўвання
CDS_UTR_Prediction
Гэты інструмент прызначаны для прагназавання кадзіруючых абласцей (CDS) і некадзіруючых абласцей (UTR) у зададзеных паслядоўнасцях транскрыптаў на аснове падрыву супраць вядомай базы дадзеных бялкоў і прагназавання ORF.
Манхэтэнскі ўчастак
Манхэтэнскі графік дазваляе адлюстроўваць даныя з вялікай колькасцю кропак даных.Ён звычайна выкарыстоўваецца ў даследаваннях геномных асацыяцый (GWAS).
Цыркас
Дыяграма CIRCOS дазваляе прама прадставіць размеркаванне SNP, InDeL, SV, CNV у геноме.
GO_Узбагачэнне
TopGO - гэта інструмент, прызначаны для функцыянальнага ўзбагачэння.Пакет TopGO-Bioconductor складаецца з дыферэнцыяльнага аналізу экспрэсіі, аналізу ўзбагачэння GO і візуалізацыі вынікаў.Ён згенеруе папку з выхадам пад назвай "Graph", якая змяшчае вынікі для topGO_BP, topGO_CC і topGO_MF.
WGCNA
WGCNA - гэта шырока выкарыстоўваны метад здабычы дадзеных для выяўлення модуляў сумеснай экспрэсіі генаў.Гэта дастасавальна да розных набораў даных экспрэсіі, уключаючы даныя мікрачыпаў і даныя экспрэсіі генаў, атрыманыя ў выніку секвеніравання наступнага пакалення.
ІнтэрПраСкан
Аналіз і класіфікацыя бялковай паслядоўнасці InterPro
GO_KEGG_Узбагачэнне
Гэты інструмент прызначаны для стварэння гістаграмы ўзбагачэння GO, гістаграмы ўзбагачэння KEGG і шляху ўзбагачэння KEGG на аснове прадстаўленага набору генаў і адпаведнай анатацыі.