ЭВАЛЮЦЫЯ ГЕНОМА
Геном De novo
Зборка|Вызначэнне полу. Уся работа па секвеніраванні і частковыя біяінфарматычныя паслугі былі прадастаўлены Biomarker Techonologies.
Анатацыя
«Знакавы фенатып марскіх драконаў уключае лістападобныя прыдаткі, бяззубы трубчасты рот і цяжарнасць самца, якая прадугледжвае інкубацыю аплодненых яек на адкрытым «вывадку».Мы занава секвенавалі геномы мужчынскіх і жаночых асобін звычайнага марскога дракона (Phyllopteryx taeniolatus) і яго блізкароднаснага віду, рыбы-алігатара (Syngnathoides biaculeatus).Профілі транскрыпцыі з эвалюцыйнай навінкі, лістападобных прыдаткаў, паказваюць, што набор генаў, якія звычайна ўдзельнічаюць у развіцці плаўнікоў, быў кааптаваны, а таксама ўзбагачэнне транскрыптаў для патэнцыйнага аднаўлення тканін і генаў імуннай абароны.Было выяўлена, што ў рыбак-рэрыо-мутантаў scpp5, які страчаны ва ўсіх сінгнатыдах, адсутнічаюць або маюць дэфармаваныя зубы глоткі, што пацвярджае гіпотэзу аб тым, што страта scpp5 спрыяла страце зубоў у сінгнатыдаў.Быў ідэнтыфікаваны меркаваны вызначальны пол локус, які кадуе спецыфічны для самца ген amhr2y, агульны для звычайнага марскога дракона і алігатара. »
Матэрыялы і метады:
Матэрыялы
Fнаш звычайны марскі дракон (P. taeniolatus) і дзве рыбы-алігатары (S. biaculeatus) асобнікі.Дзве асобіны звычайнага марскога дракона (адзін самец і адна самка) і дзве асобіны алігатара (адзін самец і адна самка) былі выкарыстаны для секвеніравання поўнага генома, а яшчэ два самцы звычайнага марскога дракона былі выкарыстаны для паўторнага секвеніравання геному.
Стратэгія секвенирования геному
2Бібліятэка 70/350 bp (Hiseq 2500) + Pacbio 20 Kb (Sequel) або Nanopore 30 Kb (MinION) + Hi-C (NovaSeq 6000). секвеніраванне, і дзве іншыя асобіны мужчынскага полу марскога дракона былі выкарыстаны для паўторнага секвеніравання геному.
Секвеніраванне транскрыптаў
Fабо звычайнага марскога дракона, мозг, вочы, жабры, печань, сэрца, ныркі, брыжэйкі, кішачнік, мышцы, плаўнікі, скура, лістападобныя прыдаткі, яечкі і яечнікі былі сабраны.
Стратэгія зборкі геному de novo
Canu (Выпраўленне) + WTDBG2 (Зборка) + Pilon (польск.) + Lachesis (Hi-C).
Асноўныя вынікі
Мал. 1. Асноўныя характарыстыкі звычайнага марскога дракона (P. taeniolatus) і алігатара (S. biaculeatus) і іх філагенетычнае становішча.
Мал. 2. Марфалогія і генетычны склад лістападобных прыдаткаў звычайнага марскога дракона (P. taeniolatus).
Мал. 3. Меркаваны ген дэтэрмінацыі полу ў звычайнага марскога дракона (P. taeniolatus) і алігатара (S. biaculeatus).
Мал. 4. Фенатыпы глоточных зубоў у гомозиготных мутантаў scpp5 рыбкі даніо.
Час публікацыі: 8 студзеня 2022 г