Навіны

Ампліфікацыя пераносных элементаў (TE) была прызнана рухаючай сілай, якая спрыяе пашырэнню памеру і эвалюцыі геному, але наступствы для фарміравання 3D-геномнай архітэктуры раслін застаюцца ў значнай ступені невядомымі.Тут мы паведамляем аб наборах геномаў эталоннага класа для трох відаў бавоўны з памерам геному ў тры разы, а менавітаGossypium rotundifolium(K2),Г. дэндрарый(A2), іG. raimondii(D5), з выкарыстаннем Oxford Nanopore Technologies.Параўнальны аналіз геному дакументуе падрабязнасці спецыфічнай для лініі ампліфікацыі TE, якая спрыяе вялікім адрозненням у памерах геному (K2, 2,44 Гб; A2, 1,62 Гб; D5, 750,19 Мб), і паказвае на адносна кансерватыўнае ўтрыманне генаў і сінтэнічныя адносіны паміж геномамі.Мы выявілі, што прыкладна 17% сінтэтычных генаў дэманструюць змяненне статусу храмаціну паміж актыўным ("A") і неактыўным ("B") аддзеламі, а ампліфікацыя TE была звязана з павелічэннем долі аддзела A ў генных абласцях (~ 7000 генаў ) у K2 і A2 адносна D5.Толькі 42% межаў тапалагічна асацыяванага дамена (TAD) былі захаваны сярод трох геномаў.Нашы дадзеныя сведчаць аб нядаўняй ампліфікацыі TEs пасля фарміравання спецыфічных для роду межаў TAD.Гэта даследаванне пралівае святло на ролю апасродкаванага транспазонам пашырэння геному ў эвалюцыі структуры храмаціну вышэйшага парадку ў раслін.