Высокапрадукцыйнае генатыпаванне, асабліва на буйнамаштабнай папуляцыі, з'яўляецца фундаментальным этапам у даследаваннях генетычных асацыяцый, які забяспечвае генетычную аснову для адкрыцця функцыянальных генаў, эвалюцыйнага аналізу і г.д. ) уводзіцца, каб мінімізаваць кошт секвенирования на ўзор, захоўваючы разумную эфектыўнасць выяўлення генетычных маркераў.Гэта звычайна дасягаецца шляхам вымання фрагмента абмежавання ў межах зададзенага дыяпазону памераў, які называецца бібліятэкай скарочанага прадстаўлення (RRL).Секвеніраванне ўзмоцненых фрагментаў спецыфічнага локуса (SLAF-Seq) - гэта самастойна распрацаваная стратэгія для адкрыцця SNP de novo і генатыпавання SNP вялікіх папуляцый.
Тэхнічны парадак працы
SLAF супраць існуючых метадаў RRL
Перавагі SLAF
Больш высокая эфектыўнасць выяўлення генетычных маркераў– У спалучэнні з высокапрадукцыйнай тэхналогіяй секвенирования SLAF-Seq можа дасягнуць сотняў тысяч тэгаў, выяўленых ва ўсім геноме, каб выканаць запыт разнастайных даследчых праектаў, як з нашым эталонным геномам, так і без яго.
Індывідуальны і гнуткі эксперыментальны дызайн– Для розных мэт даследавання або відаў даступныя розныя ферментатыўныя стратэгіі пераварвання, у тым ліку аднаферментнае, двухферментнае і мультыферментнае страваванне.Стратэгія пераварвання будзе папярэдне ацэненая in silico, каб забяспечыць аптымальны дызайн ферментаў.
Высокая эфектыўнасць ферментатыўнага стрававання– Папярэдне распрацаванае ферментатыўнае пераварванне забяспечвае больш раўнамернае размеркаванне SLAF на храмасоме.Эфектыўнасць збору фрагментаў можа дасягаць больш за 95%.
Пазбягайце паўтаральнай паслядоўнасці– Працэнт паўтаральнай паслядоўнасці ў дадзеных SLAF-Seq зніжаны да ніжэй за 5%, асабліва ў відаў з высокім узроўнем паўтаральных элементаў, такіх як пшаніца, кукуруза і г.д.
Самастойна распрацаваны біяінфармацыйны працоўны працэс– BMK распрацаваў інтэграваны біяінфарматычны працоўны працэс, прыдатны да тэхналогіі SLAF-Seq, каб забяспечыць надзейнасць і дакладнасць канчатковага вываду.
Прымяненне SLAF
Карта генетычнай сувязі
Пабудова генетычнай карты высокай шчыльнасці і ідэнтыфікацыя локусаў, якія кантралююць прыкметы тыпу кветкі ў хрызантэмы (Chrysanthemum x morifolium Ramat.)
Часопіс: Horticulture Research Апублікавана: 2020.7
GWAS
Ідэнтыфікацыя гена-кандыдата, звязанага з утрыманнем изофавона ў насенні соі, з выкарыстаннем агульнагеномнай асацыяцыі і адлюстравання сувязяў
Часопіс: the Plant Journal Апублікавана: 2020.08
Эвалюцыйная генетыка
Геномны аналіз папуляцыі і зборка de novo раскрываюць паходжанне пустазельнага рысу як эвалюцыйнай гульні
Часопіс: Molecular Plant Апублікавана: 2019.5
Масавы сегрэгантны аналіз (BSA)
GmST1, які кадуе сульфатрансферазу, забяспечвае ўстойлівасць да штамаў віруса мазаікі соі G2 і G3
Часопіс: Plant, Cell&Environment Апублікавана: 2021.04
Даведка
Сунь Х, Лю Д, Чжан Х і інш.SLAF-Seq: эфектыўны метад шырокамаштабнага адкрыцця SNP de novo і генатыпавання з выкарыстаннем высокапрадукцыйнага секвенирования[J].Плос адзін, 2013, 8(3):e58700
Сон Х, Сюй І, Гао К і інш.Пабудова генетычнай карты высокай шчыльнасці і ідэнтыфікацыя локусов, якія кантралююць рысы тыпу кветкі ў хрызантэмы (Chrysanthemum × morifolium Ramat.).Hortic Res.2020; 7: 108.
У Д, Лі Д, Чжао Х і інш.Ідэнтыфікацыя гена-кандыдата, звязанага з утрыманнем изофлавонов ў насенні соі з выкарыстаннем агульнагеномнай асацыяцыі і адлюстравання сувязяў.Расліна Ж. 2020;104 (4): 950-963.
Sun J, Ma D, Tang L і інш.Геномны аналіз папуляцыі і зборка De Novo раскрываюць паходжанне Weedy Rice як эвалюцыйнай гульні.Завод Мол.2019; 12 (5): 632-647.Завод Мол.2018 год;11 (11): 1360-1376.
Чжао X, Jing Y, Luo Z і інш.GmST1, які кадуе сульфатрансферазу, забяспечвае ўстойлівасць да штамаў віруса мазаікі соі G2 і G3.Навакольнае асяроддзе расліннай клеткі.2021;10.1111/pc.14066
Час публікацыі: 04 студзеня 2022 г