Метагеномнае секвенирование-Нанапор
Перавагі абслугоўвання
● Высокая якасць зборкі - павышэнне дакладнасці ідэнтыфікацыі відаў і прагназавання функцыянальных генаў
● Закрытае вылучэнне геному бактэрый
● Больш магутнае і надзейнае прымяненне ў розных галінах, напрыклад, выяўленне патагенных мікраарганізмаў або генаў, звязаных з устойлівасцю да антыбіётыкаў
● Параўнальны метагеномны аналіз
Спецыфікацыі абслугоўвання
| Платформа | Секвеніраванне | Рэкамендуемыя дадзеныя | Час абароту |
| Нанапор | АНТ | 6 Г/10 Г | 65 працоўных дзён |
Біяінфарматычныя аналізы
● Кантроль якасці неапрацаваных дадзеных
● Зборка метагенома
● Нялішні набор генаў і анатацыя
● Аналіз відавой разнастайнасці
● Аналіз разнастайнасці генетычных функцый
● Міжгрупавы аналіз
● Асацыятыўны аналіз супраць эксперыментальных фактараў
Узоры патрабаванняў і пастаўка
Узор патрабаванняў і дастаўкі
Узоры патрабаванняў:
ДляЭкстракты ДНК:
| Тып выбаркі | Сума | Канцэнтрацыя | Чысціня |
| Экстракты ДНК | 1-1,5 мкг | > 20 нг/мкл | OD260/280 = 1,6-2,5 |
Для экалагічных узораў:
| Тып выбаркі | Рэкамендуемая працэдура адбору пробаў |
| глеба | Колькасць выбаркі: прыбл.5 г;Рэшткі засохлага рэчыва неабходна выдаліць з паверхні;Буйныя кавалачкі здрабніць і прапусціць праз 2 мм фільтр;Аліквотныя ўзоры ў стэрыльнай EP-прабірцы або цырапрабірцы для рэзервавання. |
| Фекаліі | Колькасць выбаркі: прыбл.5 г;Збярыце і аліквотуйце ўзоры ў стэрыльную EP-прабірку або крыяпрабірку для рэзервавання. |
| Змесціва кішачніка | Узоры неабходна апрацоўваць у асептычных умовах.Прамыйце сабраную тканіну PBS;Цэнтрыфугуйце PBS і збярыце асадак у EP-прабіркі. |
| Глей | Колькасць выбаркі: прыбл.5 г;Збярыце і аліквотную пробу асадка ў стэрыльную EP-прабірку або крыяпрабірку для рэзервавання |
| Вадаём | Для ўзору з абмежаванай колькасцю мікробаў, напрыклад вадаправоднай вады, калодзежнай вады і г.д., збярыце не менш за 1 л вады і прапусціце праз фільтр 0,22 мкм, каб узбагаціць мікробы на мембране.Захоўваюць мембрану ў стэрыльнай прабірцы. |
| скура | Асцярожна саскрабіце паверхню скуры стэрыльным ватовым тампонам або хірургічным лязом і змесціце яго ў стэрыльную прабірку. |
Рэкамендаваны ўзор дастаўкі
Замарозьце ўзоры ў вадкім азоце на працягу 3-4 гадзін і захоўвайце ў вадкім азоце або -80 градусаў для працяглага захоўвання.Патрабуецца дастаўка ўзору з сухім лёдам.
Працэдура абслугоўвання
Дастаўка ўзораў
Будаўніцтва бібліятэкі
Секвеніраванне
Аналіз дадзеных
Пасляпродажнае абслугоўванне
1.Цеплавая карта: кластарызацыя багацця відаў
2. Функцыянальныя гены, анатаваныя да метабалічных шляхоў KEGG
3.Відавая карэляцыйная сетка
4.Circos генаў устойлівасці да антыбіётыкаў CARD
Справа БМК
Метагеноміка нанапор дазваляе хутка дыягнаставаць бактэрыяльную інфекцыю ніжніх дыхальных шляхоў
Апублікавана:Біятэхналогія прыроды, 2019
Тэхнічныя моманты
Секвенирование: Nanopore MinION
Клінічная метагеноміка, біяінфарматыка: знясіленне ДНК гаспадара, аналіз WIMP і ARMA
Хуткае выяўленне: 6 гадзін
Высокая адчувальнасць: 96,6%
Асноўныя вынікі
У 2006 годзе інфекцыя ніжніх дыхальных шляхоў (LR) стала прычынай смерці 3 мільёнаў людзей ва ўсім свеце.Тыповым метадам выяўлення ўзбуджальніка LR1 з'яўляецца культываванне, якое мае нізкую адчувальнасць, доўгі час звароту і адсутнасць рэкамендацый па ранняй антібіотікотерапіі.Хуткая і дакладная мікробная дыягностыка ўжо даўно стала неабходнасцю.Доктар Джасцін з Універсітэта Усходняй Англіі і яго партнёры паспяхова распрацавалі метагеномны метад на аснове нанапор для выяўлення патагенаў.Згодна з іх працоўным працэсам, 99,99% ДНК гаспадара можа быць знясілена.Выяўленне ўзбуджальнікаў і генаў, устойлівых да антыбіётыкаў, можа быць завершана праз 6 гадзін.
Даведка
Харалампус, Т., Кей, Г. Л., Рычардсан, Х., Айдын, А., і О'Грэйдзі, Дж.(2019).Метагеноміка нанапор дазваляе хутка дыягнаставаць бактэрыяльную інфекцыю ніжніх дыхальных шляхоў.Біятэхналогія прыроды, 37 (7), 1.
