Доўгае секвенирование без кадавання - Illumina
Перавагі абслугоўвання
● Перавагі абслугоўвання
● Спецыфічныя для клетак і тканін
● Канкрэтная стадыя выражае і прадстаўляе дынамічную змену экспрэсіі
● Дакладныя схемы выражэння часу і прасторы
● Сумесны аналіз з дадзенымі мРНК.
● Дастаўка вынікаў на аснове BMKCloud: індывідуальны аналіз даных даступны на платформе.
● Пасляпродажнае абслугоўванне дзейнічае на працягу 3 месяцаў пасля завяршэння праекта
Узоры патрабаванняў і пастаўка
| Бібліятэка | Платформа | Рэкамендуемыя дадзеныя | КК даных |
| знясіленне рРНК | Illumina PE150 | 10 Гб | Q30≥85% |
| Канц. (нг/мкл) | Колькасць (мкг) | Чысціня | Сумленнасць |
| ≥ 100 | ≥ 0,5 | OD260/280=1,7-2,5 OD260/230=0,5-2,5 Забруджванне бялком або ДНК на гелі абмежавана або адсутнічае. | Для раслін: RIN≥6,5; Для жывёл: RIN≥7,0; 5,0≥28S/18S≥1,0; абмежаванае павышэнне зыходнага ўзроўню або яго адсутнасць |
Нуклеатыды:
Тканіна: Вага (сухі): ≥1 г
*Для тканіны, меншай за 5 мг, мы рэкамендуем адправіць хутка замарожаны (у вадкім азоце) узор тканіны.
Завісь клетак: колькасць клетак = 3×107
*Мы рэкамендуем адпраўляць замарожаны лізат клетак.У выпадку, калі колькасць клетак менш 5×105, рэкамендуецца хуткая замарозка ў вадкім азоце.
Узоры крыві:
PA×geneBloodRNATube;
6mLTRIzol і 2mL крыві (TRIzol:Кроў=3:1)
Рэкамендаваны ўзор дастаўкі
Кантэйнер: цэнтрыфужная прабірка аб'ёмам 2 мл (фальга не рэкамендуецца)
Прыклад маркіроўкі: група+рэплікацыя, напрыклад, A1, A2, A3;B1, B2, B3... ...
Адгрузка:
1. Сухі лёд: Узоры трэба спакаваць у пакеты і закапаць у сухі лёд.
2. Прабіркі для стабільнай РНК: узоры РНК можна высушыць у прабірцы для стабілізацыі РНК (напрыклад, RNAstable®) і адправіць пры пакаёвай тэмпературы.
Працэдура абслугоўвання
Дызайн эксперыменту
Дастаўка ўзору
Вылучэнне РНК
Будаўніцтва бібліятэкі
Секвеніраванне
Аналіз дадзеных
Пасляпродажнае абслугоўванне
Біяінфарматыка
1. Класіфікацыя LncRNA
LncRNA, прадказаная чатырма праграмнымі праграмамі вышэй, была падзелена на 4 катэгорыі: lincRNA, антысэнс-LncRNA, intronic-LncRNA;пачуццёвая LncRNA.Класіфікацыя LncRNA была паказана на гістаграме ніжэй.
Класіфікацыя LncRNA
2.Ціс-накіраваныя гены аналізу ўзбагачэння DE-lncRNA
ClusterProfiler выкарыстоўваўся ў аналізе ўзбагачэння GO цыс-нацэленых генаў дыферэнцыяльна экспрэсіраванай lncRNA (DE-lncRNA) з пункту гледжання біялагічных працэсаў, малекулярных функцый і клеткавых кампанентаў.Аналіз узбагачэння GO - гэта працэс ідэнтыфікацыі значна ўзбагачаных тэрмінаў GO, накіраваных на DEG, у параўнанні з цэлым геномам.Узбагачаныя тэрміны былі прадстаўлены ў выглядзе гістаграмы, пузырьковой дыяграмы і г.д., як паказана ніжэй.
Цис-накіраваныя гены DE-lncRNA ўзбагачэння аналізу - Bubble дыяграма
3. Параўноўваючы даўжыню, нумар экзона, ORF і колькасць экспрэсіі мРНК і lncRNA, мы можам зразумець адрозненні ў іх структуры, паслядоўнасці і гэтак далей, а таксама праверыць, ці адпавядае прадказаная намі новая lncRNA агульным характарыстыкам.
Справа БМК
Дэрэгуляваны профіль экспрэсіі lncRNA у адэнакарцыномах лёгкіх мышэй з мутацыяй KRAS-G12D і накаўтам P53
Апублікавана:Часопіс клетачнай і малекулярнай медыцыны，2019 год
Стратэгія паслядоўнасці
Ілюміна
Калекцыя ўзораў
Клеткі NONMMUT015812-knockdown KP (shRNA-2) і клеткі адмоўнага кантролю (sh-Scr) былі атрыманы на 6-ы дзень пэўнай віруснай інфекцыі.
Асноўныя вынікі
Гэта даследаванне даследуе аберрантную экспрэсію lncRNAs у аденокарциноме лёгкага мышы з накаўтам P53 і мутацыяй KrasG12D.
1,6424 lncRNA былі дыферэнцыравана экспрэсаваныя (≥ 2-кратнае змяненне, P <0,05).
2. Сярод усіх 210 lncRNA (FC≥8) экспрэсія 11 lncRNA рэгулюецца P53, 33 lncRNA KRAS і 13 lncRNA гіпаксіяй у першасных клетках KP адпаведна.
3.NONMMUT015812, які значна павышаўся ў адэнакарцыноме лёгкіх мышэй і адмоўна рэгуляваўся паўторнай экспрэсіяй P53, быў выяўлены для аналізу яго клетачнай функцыі.
4. Накдаўн NONMMUT015812 shRNAs зніжае праліферацыю і міграцыйныя здольнасці клетак KP.NONMMUT015812 быў патэнцыйным анкагенам.
 Аналіз шляху KEGG дыферэнцыяльна экспрэсіраваных генаў у накдаўнаваных клетках КП NONMMUT015812 |  Аналіз геннай анталогіі генаў з дыферэнцыяльнай экспрэсіяй у накдаўнаваных клетках КП NONMMUT015812 |
Даведка
Дэрэгуляваны профіль экспрэсіі lncRNA у адэнакарцыномах лёгкіх мышэй з мутацыяй KRAS-G12D і накаўтам P53 [J].Часопіс клеткавай і малекулярнай медыцыны, 2019, 23 (10).DOI: 10.1111/jcmm.14584
