Зборка геному на аснове Hi-C
Перавагі абслугоўвання
Агляд Hi-C
(Ліберман-Айдэн Э і інш.,Навука, 2009)
● Няма неабходнасці ў стварэнні генетычнай папуляцыі для замацавання кантыгаў;
● Больш высокая шчыльнасць маркераў вядзе да больш высокага каэфіцыента замацавання кантыгаў вышэй за 90%;
● Дазваляе ацэнку і карэкціроўку існуючых зборак геному;
● Больш кароткі час апрацоўкі з больш высокай дакладнасцю зборкі геному;
● Багаты досвед працы з больш чым 1000 бібліятэкамі Hi-C, створанымі для больш чым 500 відаў;
● Больш за 100 паспяховых выпадкаў з агульным апублікаваным імпакт-каэфіцыентам больш за 760;
● Зборка геному на аснове Hi-C для паліплоіднага геному, 100% хуткасць замацавання была дасягнута ў папярэднім праекце;
● Унутраныя патэнты і аўтарскія правы на праграмнае забеспячэнне для эксперыментаў Hi-C і аналізу даных;
● Праграмнае забеспячэнне для візуалізаванай налады дадзеных уласнай распрацоўкі дазваляе ручное перамяшчэнне блока, зваротны ход, адкліканне і паўторнае выкананне.
Спецыфікацыі абслугоўвання
|
Тып бібліятэкі
|
Платформа | Прачытайце даўжыню | Рэкамендаваць стратэгію |
| Прывітанне-C | Illumina NovaSeq | PE150 | ≥ 100X |
Біяінфарматычныя аналізы
● Кантроль якасці неапрацаваных дадзеных
● Кантроль якасці бібліятэкі Hi-C
● Зборка геному на аснове Hi-C
● Ацэнка пасля зборкі
Узоры патрабаванняў і пастаўка
Узоры патрабаванняў:
| жывёла | Грыбок | Расліны
|
| Замарожаная тканіна: 1-2 г на бібліятэку Ячэйкі: 1x 10^7 вочак на бібліятэку | Замарожаная тканіна: 1 г на бібліятэку | Замарожаная тканіна: 1-2 г на бібліятэку
|
| *Мы настойліва рэкамендуем адправіць як мінімум 2 аліквоты (1 г кожная) для эксперыменту Hi-C. | ||
Рэкамендаваны ўзор дастаўкі
Кантэйнер: цэнтрыфужная прабірка аб'ёмам 2 мл (фальга не рэкамендуецца)
Для большасці ўзораў мы рэкамендуем не захоўваць у этаноле.
Маркіроўка ўзораў: Узоры павінны быць выразна маркіраваны і ідэнтычныя прадстаўленай інфармацыйнай форме ўзору.
Адгрузка: сухі лёд: спачатку ўзоры трэба спакаваць у мяшкі і пахаваць у сухім лёдзе.
Працэдура абслугоўвання
Дызайн эксперыменту
Дастаўка ўзораў
Вылучэнне ДНК
Будаўніцтва бібліятэкі
Секвеніраванне
Аналіз дадзеных
Пасляпродажнае абслугоўванне
*Дэманстрацыйныя вынікі, паказаныя тут, усе з геномаў, апублікаваных з дапамогай Biomarker Technologies
1. Цеплавая карта ўзаемадзеяння Hi-CКамптатэка востраканцоваягеном.Як паказана на карце, інтэнсіўнасць узаемадзеянняў адмоўна карэлюе з лінейнай адлегласцю, што паказвае на вельмі дакладную зборку на ўзроўні храмасом.(Каэфіцыент замацавання: 96,03%)
Кан М і інш.,Камунікацыі прыроды, 2021 год
2.Hi-C палегчыў праверку інверсій паміжGossypium hirsutumЛ. ТМ-1 А06 іГ. дэндрарыйChr06
Ян З і інш.,Nature Communications, 2019
3. Зборка і двухалельная дыферэнцыяцыя геному SC205 маніёкі.Цеплавая карта Hi-C паказвае выразнае расшчапленне гамалагічных храмасом.
Hu W і інш.,Малекулярны завод, 2021 год
4. Цеплавая карта Hi-C на зборцы геному двух відаў фікуса:F.microcarpa(каэфіцыент замацавання: 99,3%) іF.hispida (каэфіцыент замацавання: 99,7%)
Чжан Х і інш.,Сотавы, 2020 год
Справа БМК
Геномы баньянавага дрэва і восы-апыляльніка даюць зразумець каэвалюцыю фігавай восы
Апублікавана: Сотавы, 2020 год
Стратэгія паслядоўнасці:
F. microcarpa геном: прыбл.84 X PacBio RSII (36,87 Гб) + Hi-C (44 Гб)
F. hispidaгеном: прыбл.97 X PacBio RSII (36,12 Гб) + Hi-C (60 Гб)
Eupristina verticillataгеном: прыбл.170 X PacBio RSII (65 Гб)
Асноўныя вынікі
1. Два генома баньяна і адзін геном восы-апыляльніка былі пабудаваны з выкарыстаннем секвенирования PacBio, Hi-C і карты сувязі.
(1)F. microcarpaгеном: зборка памерам 426 Мб (97,7% ад разліковага памеру геному) была створана з кантыгам N50 908 Кб, ацэнка BUSCO 95,6%.У агульнай складанасці 423 Mb паслядоўнасці былі прывязаны да 13 храмасомам Hi-C.Анатацыя геному дала 29 416 генаў, якія кадуюць бялок.
(2)Ф. Гіспідагеном: зборка памерам 360 Мбайт (97,3% ад разліковага памеру геному) мела выхад з кантыгам N50 492 Кбайт і ацэнкай BUSCO 97,4%.У агульнай складанасці паслядоўнасці памерам 359 Мб былі замацаваны на 14 храмасомах з дапамогай Hi-C і вельмі ідэнтычныя карце сувязі высокай шчыльнасці.
(3)Eupristina verticillataгеном: зборка памерам 387 Мб (прыблізны памер геному: 382 Мб) была створана з кантыгам N50 3,1 Мб і балам BUSCO 97,7%.
2. Параўнальны аналіз геномікі выявіў вялікую колькасць структурных варыяцый паміж двумаФікусыгеномы, якія забяспечылі неацэнны генетычны рэсурс для даследаванняў адаптыўнай эвалюцыі.Гэта даследаванне ўпершыню дазволіла зразумець каэвалюцыю інжыра і восы на геномным узроўні.
 Дыяграма Circos на геномных прыкметах двухФікусыгеномы, у тым ліку храмасомы, сегментарныя дуплікацыі (SD), транспазоны (LTR, TE, ДНК TE), экспрэсія генаў і сінтэнія |  Ідэнтыфікацыя Y-храмасомы і гена-кандыдата ў вызначэнні полу |
Чжан, X., і інш.«Геномы баньянавага дрэва і восы-апыляльніка даюць уяўленне аб каэвалюцыі інжыра і восы».Ячэйка 183.4 (2020).
