Паглыбіцеся ў патэнцыял вывучэння разнастайнасці дзікіх даследчых відаў, прыкладам якога з'яўляецца ключавы выпадак ад кліентаў BMKGENE.Нядаўна апублікаваная ў сёлетнім выданні Plant Biotechnology Journal артыкул пад назвай «Геном дзікай гевеі бразільскай на ўзроўні храмасом: пашырэнне магчымасцей геномнай селекцыі і выяўленне жыццёва важных локусаў для павышэння ўраджаю каўчуку» з'яўляецца каштоўнай даведкай.
Бразільскае каўчукавае дрэва (Hevea brasiliensis) з'яўляецца галоўнай крыніцай натуральнага каўчуку.На працягу мінулага стагоддзя традыцыйныя метадалогіі селекцыі выклікалі надзвычайны шасціразовы ўсплёск вытворчасці каўчуку.Тым не менш, генетычная аснова, якая ляжыць у аснове, адказная за патэнцыйнае павышэнне ўраджайнасці каўчуку, застаецца загадкавай.
Гэта даследаванне прыступіла да пабудовы геному на ўзроўні храмасом для дзікага каучукавага дрэва з выкарыстаннем сінэргіі паслядоўнасці доўгага чытання Nanopore, секвеніравання Illumina NGS і тэхналогіі Hi-C.
Адначасова з гэтым была сабрана калекцыя з 147 рэсурсаў зародкавай плазмы, якія ахопліваюць высокапрадукцыйныя варыяцыі, дзікія штамы і роднасныя віды, для ўсебаковага паўторнага секвеніравання поўнага геному (WGS) з выкарыстаннем платформы Illumina.Наступныя дадзеныя секвенирования прайшлі строгі папуляцыйна-генетычны аналіз, што дазволіла вылучыць структуру папуляцыі, разнастайнасць і дысбаланс сувязі.Гэты аналіз праліў святло на варыяцыі прыручэння паміж папуляцыямі.
Далейшыя даследаванні ахоплівалі аналіз, які ахопліваў Fst, π, D Таджымы і LD, з мэтай выявіць сігналы адбору, якія ўзнікаюць у выніку паляпшэння выхаду латекса, асабліва засяроджваючыся на клонах Уікхэма.
Кульмінацыяй аналізу геномных асацыяцый (GWAS) сталі дакладныя маркеры, звязаныя з прыкметамі ўраджайнасці і пасля генамі, звязанымі з ураджайнасцю.Першапачатковая праверка выявіла адметныя транскрыпцыйныя дзеянні ў розных мутантах для двух генаў ERF, даючы папярэдні погляд на іх функцыянальнае значэнне.Далейшае пацверджанне запланавана ў рамках наступных даследаванняў.
BMKGENE ганарыцца тым, што ўнёс свой уклад у шырокае рэсеквеніраванне ўсяго геному гэтай значнай папуляцыі, а таксама істотную ролю ў аналізе біяінфарматыкі.Наш велізарны вопыт уключае секвеніраванне NGS/TGS і мультыомічны біяінфарматычны аналіз у масіве з больш чым 1000 відаў.Мы з нецярпеннем чакаем магчымасці супрацоўнічаць з вамі ў вашых будучых праектах.
Націсніце тут, кабдаведацца больш аб гэтым даследаванні
Час публікацыі: 29 жніўня 2023 г