Секвенирование ДНК/РНК -PacBio Sequencer
Асаблівасці
Два рэжыму секвенсора на секвенсоре PacBio: бесперапыннае доўгае чытанне (CLR) і кругавое кансенсуснае чытанне (CCS)
| Рэжым паслядоўнасці | Памер бібліятэкі | Тэарэтычныя дадзеныяВыхад (на клетку) | АднабазаваяДакладнасць | Прыкладанні |
| CLR | 20Kb, 30Kb і г.д. | Ад 80 Гб да 130 Гб | Прыбл.85% | Нанова, выклік SV і г.д. |
| CCS | 15-20 Кб | Ад 14 да 40 Гб/ячэйку (Працяг II) Ад 70 да 110 Гб/ячэйку (Revio) Залежыць ад узораў | Прыбл.99% | Нанова, выклік SNP/Indel/SV, Iso-Seq, |
Параўнанне прадукцыйнасці і функцый Revio і Sequel II
| Умовы | Сістэма Sequel II | Сістэма Revio | Павялічыць |
| Больш высокая шчыльнасць | 8 мільёнаў ZMW | 25 мільёнаў ZMW | 3x |
| Самастойныя этапы | 1 | 4 | 4x |
| Больш кароткі час працы | 30 гадзін | 24 гадзіны | 1,25x |
| 30X HiFi геномаў чалавека ў год | 88 | 1300 | 15x у цэлым |
Перавагі абслугоўвання
● Больш за 8 гадоў вопыту на платформе секвенирования PacBio з тысячамі закрытых праектаў з рознымі відамі.
● Цалкам абсталяваны найноўшымі платформамі PacBio Sequencing, Revio, каб гарантаваць дастатковую прапускную здольнасць секвеніравання.
● Хутчэйшы час апрацоўкі, большы выхад даных і больш дакладныя даныя.
● Удзельнічаў у сотнях уплывовых публікацый на аснове PacBio.
Узоры патрабаванняў
| Тып выбаркі | Сума | Канцэнтрацыя （Qubit®） | Аб'ём | Чысціня | Іншыя |
| Геномная ДНК | Залежыць ад патрабаванняў да дадзеных | ≥50 НГ/мкл | ≥15 мкл | OD260/280=1,7-2,2; OD260/230=1,8-2,5； Ясны пік пры 260 нм，ніякіх забруджванняў | Канцэнтрацыю неабходна вымяраць кубітам і кубітам/нанапорам = 0,8-2,5 |
| Агульная РНК | ≥1,2 мкг | ≥120 НГ/мкл | ≥15 мкл | OD260/280=1,7-2,5; OD260/230=0,5-2,5；ніякіх забруджванняў | Значэнне RIN ≥7,5 5≥28S/18S≥1 |
Працэс абслугоўвання
Падрыхтоўка пробы
Будаўніцтва бібліятэкі
Секвеніраванне
Аналіз дадзеных
Здача праекта
1. Выхад уласных дадзеных
Дадзеныя, атрыманыя з 63 клетак CCS (з 26 відаў)
| ДАДЗЕНЫЯ-PacBio-CCS-15 Кб | Сярэдні | Макс | Мін | Медыяна |
| Выхад - субчытанні (Гб) | 421.12 | 544,27 | 221,38 | 426,58 |
| Yiled - CCS (Гб) | 25.93 | 38,59 | 10.86 | 25.43 |
| Палімераза N50 | 145651 | 175 430 | 118,118 | 144 689 |
| Падчыткі N50 | 17 509 | 23 924 | 12 485 | 17 584 |
| CCS N50 | 14 490 | 19 034 | 9 876 | 14 747 |
| Сярэдняя даўжыня-Палімераза | 67 995 | 89379 | 49 664 | 66 433 |
| Сярэдняя даўжыня | 15 866 | 21 036 | 11 657 | 16 012 |
| Сярэдняя даўжыня-CCS | 14 489 | 19 074 | 8 575 | 14 655 |
Дадзеныя, атрыманыя з 16 клетак CLR (з 76 відаў)
| DATA-PacBio-CLR-30Kb | Сярэдні | Макс | Мін | Медыяна |
| Выхад - субчытанні (Гб) | 142,20 | 291,40 | 50,55 | 142,49 |
| Палімераза N50 | 39 456 | 121,191 | 15 389 | 35 231 |
| Падчыткі N50 | 28 490 | 41 012 | 14 430 | 29 063 |
| Сярэдняя даўжыня-Палімераза | 22 063 | 48 886 | 8 747 | 21 555 |
| Сярэдняя даўжыня | 17 720 | 27 225 | 8 293 | 17 779 |
2. Дадзеныя QC – ДэмаСтатыстыка выхаду дадзеных
| Узор | ccs Чытае нумар | Агульная колькасць ccs баз (bp) | ccs Чытае N50 (bp) | ccs Сярэдняя даўжыня (bp) | ccs Самае доўгае чытанне (bp) | субчытае базы (bp) | стаўка ccs (%) |
| PB_BMKxxx | 3,444,159 | 54,164,122,586 | 15 728 | 15 726 | 36,110 | 863326330465 | 6.27 |
