-
Tək nüvəli RNT ardıcıllığı
Tək hüceyrə ələ keçirmə və fərdi kitabxana qurma texnikasındakı irəliləyiş yüksək məhsuldarlıq ardıcıllığı ilə birləşərək hüceyrə-hüceyrə əsasında gen ifadəsi tədqiqatlarına imkan verir.O, kompleks hüceyrə populyasiyaları üzərində daha dərin və tam sistem təhlili aparmağa imkan verir ki, burada bütün hüceyrələrin orta hesabını götürməklə onların heterojenliyini maskalamaqdan böyük dərəcədə qaçır.
Bununla belə, bəzi hüceyrələr tək hüceyrəli suspenziyaya çevrilmək üçün uyğun deyil, buna görə də digər nümunə hazırlama üsulları – toxumalardan nüvənin çıxarılması lazımdır, yəni nüvə birbaşa toxumalardan və ya hüceyrədən çıxarılır və tək nüvəli süspansiyona hazırlanır. hüceyrə ardıcıllığı.
BMK 10× Genomics ChromiumTM əsaslı tək hüceyrəli RNT sıralama xidməti təqdim edir.Bu xidmət immun hüceyrələrin differensasiyası, şişin heterojenliyi, toxuma inkişafı və s. kimi xəstəliklərlə bağlı tədqiqatlarda geniş istifadə edilmişdir.
Məkan transkriptom çipi: 10 × Genomika
Platforma: Illumina NovaSeq Platforması
-
Bitki/Heyvan bütöv genomunun ardıcıllığı
WGS olaraq da bilinən bütöv genomun təkrar ardıcıllığı, Tək Nukleotid Polimorfizmi (SNP), Yerləşdirmə Silinməsi (InDel), Struktur dəyişikliyi (SV) və Kopya Sayının Dəyişməsi (CNV) daxil olmaqla, bütün genomda həm ümumi, həm də nadir mutasiyaları aşkar etməyə imkan verir. ).SV-lər SNP-lərə nisbətən variasiya bazasının daha böyük hissəsini təşkil edir və canlı orqanizmlərə əhəmiyyətli təsir göstərən genomlara daha çox təsir göstərir.Uzun müddət oxunan təkrar sıralama böyük fraqmentlərin və mürəkkəb variasiyaların daha dəqiq identifikasiyasına imkan verir, çünki uzun oxunuşlar tandem təkrarları, GC/AT ilə zəngin bölgələr və hiper-dəyişən bölgələr kimi mürəkkəb bölgələr üzərində xromosom keçidini xeyli asanlaşdırır.
Platforma: Illumina, PacBio, Nanopore
-
BMKMANU S1000 Məkan Transkriptomu
Məkan transkriptomikası elmi innovasiyaların önündə dayanır, tədqiqatçılara onların məkan kontekstini qoruyaraq toxumalardakı mürəkkəb gen ifadə nümunələrini araşdırmağa imkan verir.Müxtəlif platformalar arasında BMKGene BMKManu S1000 Spatial Transkriptom Çipini inkişaf etdirdi.təkmilləşdirilmiş qətnamə5µM, hüceyrəaltı diapazona çatır və imkan verirçoxsəviyyəli qətnamə parametrləri.Təxminən 2 milyon ləkəyə malik S1000 çipi, məkan barkodlu tutma zondları ilə yüklənmiş muncuqlarla laylı mikro quyulardan istifadə edir.Məkan barkodları ilə zənginləşdirilmiş cDNT kitabxanası S1000 çipindən hazırlanır və daha sonra Illumina NovaSeq platformasında ardıcıllıqla tərtib edilir.Məkan barkodlu nümunələrin və UMI-lərin birləşməsi yaradılan məlumatların dəqiqliyini və spesifikliyini təmin edir.BMKManu S1000 çipinin unikal atributu müxtəlif toxumalara və təfərrüat səviyyələrinə incə şəkildə tənzimlənə bilən çoxsəviyyəli ayırdetmə parametrləri təklif edən çox yönlüliyindədir.Bu uyğunlaşma çipi müxtəlif məkan transkriptomikası tədqiqatları üçün əla seçim kimi yerləşdirir və minimal səs-küylə dəqiq məkan qruplaşmasını təmin edir.
BMKManu S1000 çipindən və digər fəza transkriptomik texnologiyalarından istifadə etməklə tədqiqatçılar hüceyrələrin məkan təşkili və toxumalarda baş verən mürəkkəb molekulyar qarşılıqlı təsirləri daha yaxşı başa düşərək geniş sahələrdə, o cümlədən bioloji proseslərin əsasını təşkil edən mexanizmlər haqqında əvəzsiz fikirlər əldə edə bilərlər. onkologiya, nevrologiya, inkişaf biologiyası, immunologiya və botanika tədqiqatları.
Platforma: BMKManu S1000 çipi və Illumina NovaSeq
-
10x Genomics Visium Spatial Transkriptomu
Məkan transkriptomikası tədqiqatçılara onların məkan kontekstini qoruyaraq toxumalarda gen ifadə nümunələrini araşdırmaq imkanı verən qabaqcıl texnologiyadır.Bu domendəki güclü platformalardan biri Illumina ardıcıllığı ilə birlikdə 10x Genomics Visiumdur.10X Visium prinsipi toxuma hissələrinin yerləşdirildiyi təyin olunmuş tutma sahəsi olan xüsusi çip üzərində yerləşir.Bu tutma sahəsində hər biri toxuma daxilində unikal məkan yerinə uyğun gələn barkodlu ləkələr var.Dokudan tutulan RNT molekulları daha sonra əks transkripsiya prosesi zamanı unikal molekulyar identifikatorlar (UMI) ilə etiketlənir.Bu barkodlu ləkələr və UMI-lər dəqiq məkan xəritəsini tərtib etməyə və tək hüceyrəli rezolyusiyada gen ifadəsinin kəmiyyətini təyin etməyə imkan verir.Məkan barkodlu nümunələrin və UMI-lərin birləşməsi yaradılan məlumatların dəqiqliyini və spesifikliyini təmin edir.Bu Məkan Transkriptomikası texnologiyasından istifadə etməklə tədqiqatçılar onkologiya, nevrologiya, inkişaf biologiyası, immunologiya da daxil olmaqla bir çox sahələrdə bioloji proseslərin əsasını təşkil edən mexanizmlər haqqında əvəzolunmaz fikirlər təqdim edərək hüceyrələrin məkan təşkili və toxumalarda baş verən mürəkkəb molekulyar qarşılıqlı əlaqəni daha dərindən başa düşə bilərlər. , və botanika tədqiqatları.
Platforma: 10X Genomics Visium və Illumina NovaSeq
-
Tam uzunluqlu mRNT ardıcıllığı-nanopor
NGS-əsaslı mRNT ardıcıllığı gen ifadəsinin kəmiyyətinin müəyyən edilməsi üçün çox yönlü bir vasitə kimi xidmət etsə də, onun qısa oxunuşlara etibarı mürəkkəb transkriptomik analizlərdə onun effektivliyini məhdudlaşdırır.Nanopore sequencing, digər tərəfdən, tam uzunluqlu mRNT transkriptlərinin ardıcıllığını təmin edən uzun müddət oxunan texnologiyadan istifadə edir.Bu yanaşma alternativ birləşmənin, gen birləşmələrinin, poliadenilasiyanın və mRNT izoformlarının kəmiyyətinin hərtərəfli tədqiqini asanlaşdırır.
Nanopore sequencing nanopore tək molekullu real vaxt elektrik siqnallarına əsaslanır.Mühərrik zülallarının rəhbərliyi altında ikiqat zəncirli DNT gərginlik fərqi altında nanopor kanalından keçərkən açılaraq biofilmdə yerləşdirilmiş nanopor zülallarına bağlanır.DNT zəncirində müxtəlif əsaslar tərəfindən yaradılan fərqli elektrik siqnalları dəqiq və davamlı nukleotid ardıcıllığını asanlaşdıraraq real vaxt rejimində aşkar edilir və təsnif edilir.Bu yenilikçi yanaşma qısa oxuma məhdudiyyətlərini aradan qaldırır və mürəkkəb genomik analiz üçün dinamik platforma təmin edir, kompleks transkriptomik tədqiqatları əhatə edir.
Platforma: Nanopore Promethion P48
-
Tam uzunluqlu mRNT ardıcıllığı -PacBio
NGS-əsaslı mRNT ardıcıllığı gen ifadəsinin kəmiyyətini müəyyən etmək üçün çox yönlü bir vasitə olsa da, onun qısa oxunuşlara etibarı mürəkkəb transkriptomik analizlərdə istifadəsini məhdudlaşdırır.PacBio sequencing (Iso-Seq), digər tərəfdən, tam uzunluqlu mRNT transkriptlərinin ardıcıllığını təmin edən uzun oxunuş texnologiyasından istifadə edir.Bu yanaşma, yüksək miqdarda məlumat tələb etdiyinə görə, gen ifadəsinin kəmiyyətinin müəyyən edilməsi üçün əsas seçim olmasa da, alternativ birləşdirmə, gen birləşmələri və poli-adenilasiyanın hərtərəfli tədqiqini asanlaşdırır.
PacBio ardıcıllıq texnologiyası tam uzunluqlu mRNT transkriptlərinin ələ keçirilməsində fərqli üstünlük təmin edən tək molekullu, real vaxt (SMRT) ardıcıllığına əsaslanır.Bu innovativ yanaşma ardıcıllıq zamanı DNT polimeraza aktivliyinin real vaxt rejimində müşahidəsini təmin edən sıfır rejimli dalğa ötürücülərinin (ZMWs), mikrofabrik quyuların istifadəsini nəzərdə tutur.Bu ZMW-lər daxilində PacBio-nun DNT polimerazı DNT-nin tamamlayıcı zəncirini sintez edərək, bütün mRNT transkriptlərini əhatə edən uzun oxunuşlar yaradır.Circular Consensus Sequencing (CCS) rejimində PacBio əməliyyatı eyni molekulu təkrar ardıcıllıqla ardıcıllıqla dəqiqliyi artırır.Yaradılmış HiFi oxunuşları NGS ilə müqayisə edilə bilən dəqiqliyə malikdir və mürəkkəb transkriptomik xüsusiyyətlərin hərtərəfli və etibarlı təhlilinə daha çox kömək edir.Platforma: PacBio Sequel II
-
Eukaryotik mRNT Sequencing-Illumina
mRNT ardıcıllığı, xüsusi şərtlər altında hüceyrələrdəki bütün mRNT transkriptlərinin hərtərəfli profilini təmin edir.Bu qabaqcıl texnologiya mürəkkəb gen ifadə profillərini, gen strukturlarını və müxtəlif bioloji proseslərlə əlaqəli molekulyar mexanizmləri üzə çıxaran güclü bir vasitə kimi xidmət edir.Fundamental tədqiqatlarda, klinik diaqnostikada və dərmanların hazırlanmasında geniş şəkildə tətbiq edilən mRNT ardıcıllığı hüceyrə dinamikası və genetik tənzimləmənin incəliklərinə dair fikirlər təklif edir.
Platforma: Illumina NovaSeq X
-
Qeyri-istinad əsaslı mRNT Sequencing-Illumina
mRNT ardıcıllığı, xüsusi şərtlər altında hüceyrələrdəki bütün mRNT transkriptlərinin hərtərəfli profilini təmin edir.Bu qabaqcıl texnologiya mürəkkəb gen ifadə profillərini, gen strukturlarını və müxtəlif bioloji proseslərlə əlaqəli molekulyar mexanizmləri üzə çıxaran güclü bir vasitə kimi xidmət edir.Fundamental tədqiqatlarda, klinik diaqnostikada və dərmanların hazırlanmasında geniş şəkildə tətbiq edilən mRNT ardıcıllığı hüceyrə dinamikası və genetik tənzimləmənin incəliklərinə dair fikirlər təklif edir.
Platforma: Illumina NovaSeq X
-
Uzun kodlaşdırılmayan ardıcıllıq-Illumina
Uzun kodlaşdırmayan RNT-lər (lncRNAs) minimum kodlaşdırma potensialına malik olan və kodlaşdırılmayan RNT-nin əsas elementləri olan 200 nukleotiddən uzun RNT-lərdir.Nüvədə və sitoplazmada olan bu RNT-lər epigenetik, transkripsiya və post-transkripsiya tənzimləməsində mühüm rol oynayır və onların hüceyrə və molekulyar proseslərin formalaşmasında əhəmiyyətini vurğulayır.LncRNA ardıcıllığı Hüceyrə diferensiasiyası, Ontogenez və İnsan xəstəliklərində güclü vasitədir.
Platforma: Illumina NovaSeq
-
Kiçik RNT ardıcıllığı-Illumina
Kiçik RNT (sRNA) molekulları, adətən uzunluğu 200 nukleotiddən azdır, mikroRNA-lar (miRNA-lar), kiçik müdaxilə edən RNT-lər (siRNA-lar) və piwi-qarşılıqlı RNT-lər (piRNA-lar) daxildir.Bunların arasında, təxminən 20-24 nukleotid uzunluğunda olan miRNA-lar müxtəlif hüceyrə proseslərində əsas tənzimləyici rolları ilə xüsusilə diqqətəlayiqdir.Toxuma-spesifik və mərhələ-spesifik ifadə nümunələri ilə miRNA-lar müxtəlif növlər arasında yüksək qorunma nümayiş etdirirlər.
Platforma: Illumina NovaSeq
-
circRNA ardıcıllığı-Illumina
Dairəvi RNT ardıcıllığı (circRNA-seq) qeyri-kanonik birləşmə hadisələri səbəbindən qapalı dövrələr əmələ gətirən RNT molekulları sinfi olan dairəvi RNT-lərin profilini çıxarmaq və təhlil etməkdir və bu RNT-ni artan sabitlik ilə təmin edir.Bəzi sirkRNA-ların mikroRNT süngərləri kimi fəaliyyət göstərdiyi, mikroRNA-ları sekvestr etdiyi və onların hədəf mRNA-larını tənzimləməsinə mane olduğu göstərilsə də, digər sirkRNA-lar zülallarla qarşılıqlı əlaqədə ola, gen ifadəsini modullaşdıra və ya hüceyrə proseslərində rol oynaya bilər.circRNA ifadə analizi bu molekulların tənzimləyici rolları və onların müxtəlif hüceyrə prosesləri, inkişaf mərhələləri və xəstəlik şərtlərindəki əhəmiyyəti haqqında məlumat verir, gen ifadəsi kontekstində RNT tənzimlənməsinin mürəkkəbliyini daha dərindən başa düşməyə kömək edir.
-
Bütün transkriptomun ardıcıllığı - Illumina
Tam transkriptom ardıcıllığı həm kodlaşdıran (mRNA), həm də kodlaşdırmayan RNT-ləri (lncRNA, circRNA və miRNA) əhatə edən müxtəlif RNT molekullarının profilini yaratmaq üçün hərtərəfli yanaşma təklif edir.Bu texnika müəyyən bir anda xüsusi hüceyrələrin tam transkriptomunu çəkir və hüceyrə proseslərini vahid şəkildə başa düşməyə imkan verir.“Ümumi RNT ardıcıllığı” olaraq da bilinən o, transkriptom səviyyəsində mürəkkəb tənzimləyici şəbəkələri açmaq məqsədi daşıyır və rəqabətli endogen RNT (ceRNA) və birgə RNT analizi kimi dərin təhlilə imkan verir.Bu, xüsusən circRNA-miRNA-mRNA-əsaslı ceRNA qarşılıqlı təsirlərini əhatə edən tənzimləyici şəbəkələrin açılmasında funksional xarakteristikaya doğru ilkin addımdır.
